Questa è l'app Linux denominata TaxOnTree la cui ultima versione può essere scaricata come TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata TaxOnTree con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
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TasseSuAlbero
DESCRIZIONE
TaxOnTree è un programma filogenetico per associare informazioni tassonomiche in un albero filogenetico.
L'output è un file ad albero in formato NEX configurato per essere aperto in FigTree, che gli utenti possono colorare prontamente da qualsiasi taxa o dall'ancestralità condivisa dalle sequenze con query. L'input può essere un file formattato Fasta da utilizzare in una ricerca BLAST o un elenco di sequenze rappresentate dai loro identificatori (UniProtAC o NCBI gi), se è già disponibile un cluster. Inoltre, un file newick prodotto con software utente e impostazioni specifiche può essere utilizzato per procedere con l'etichettatura tassonomica. TaxOnTree trasforma il suo utente in un esperto di tassonomia. TaxOnTree corregge anche l'assenza di alcuni taxa nella tassonomia NCBI. Il programma a riga di comando è facile da configurare e può essere abbinato a diversi strumenti di bioinformatica, producendo un albero colorato in formato PDF. TaxOnTree è disponibile come strumento web in http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree per lavori poco impegnativi.
Caratteristiche
- Inserisci una query in formato fasta (o il suo ID) e genera un albero filogenetico
- Il database RefSeq con solo proteine complete e proteoni di riferimento UniProt sono distribuiti con TaxOnTree
- L'allineamento multiplo può essere eseguito con MUSCLE, PRANK, Clustal Omega o Kalign
- In alternativa, è possibile utilizzare come input cluster di omologhi come KO, eggNOG, OrthoMCL-DB, PANTHER, ecc.
- TaxOnTree può trattare l'allineamento con TrimAl e costruisce un albero con FastTree
- Tuttavia, un albero creato dall'utente in formato newick può essere utilizzato come input per TaxOnTree
- TaxOnTree produce un file NEXUS da aprire con FigTree
- L'applicazione può eseguire FigTree dalla riga di comando ed esportare un albero analizzato in PDF
- Per l'uso singolo, è disponibile uno strumento Web e il relativo codice è reso disponibile anche per l'installazione locale
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Perl
Ambiente database
Perl DBI/DBD, MySQL
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/taxontree/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
