Questa è l'app Linux denominata Virmid la cui ultima versione può essere scaricata come Virmid-1.2.0.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata Virmid con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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Virmide
DESCRIZIONE
NEWS:
11-07-2013 È stata caricata una nuova versione Virmid 1.1.0.
08-29-2013 L'articolo di Virmid è ora pubblicato su Genome Biology.
Kim S et al, "Virmid: rilevamento accurato di mutazioni somatiche con inferenza di impurità del campione", Genome Biology 2013, 14: R90
http://genomebiology.com/2013/14/8/R90/abstract
Virmid (Virtual Microdissection for SNP calling) è un variant caller basato su Java progettato per campioni abbinati al controllo della malattia. Virmid è anche specializzato nell'identificazione del potenziale all'interno della contaminazione individuale in cui il campione della malattia non può essere purificato a sufficienza. Sebbene il tasso di chiamata SNP sia gravemente compromesso da questa eterogeneità, Virmid può scoprire SNP con bassa frequenza allelica considerando il livello di contaminazione (alfa). Le caratteristiche importanti di Virmid sono:
•Stima della proporzione accurata del campione di controllo in un campione di malattia (mista).
•SNP migliorato e chiamata di mutazione somatica rispetto alla proporzione stimata
Caratteristiche
- Individuazione di mutazioni somatiche
- Esempio di inferenza di impurità
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Java
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/virmid/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri Sistemi Operativi gratuiti.
