Questa è l'app Windows denominata Gen3D la cui ultima versione può essere scaricata come gen3d.cpp. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata Gen3D con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avvia qualsiasi emulatore online OS OnWorks da questo sito Web, ma migliore emulatore online Windows.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Windows che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione e installala.
- 7. Scarica Wine dai repository software delle tue distribuzioni Linux. Una volta installato, puoi quindi fare doppio clic sull'app per eseguirli con Wine. Puoi anche provare PlayOnLinux, un'interfaccia fantasiosa su Wine che ti aiuterà a installare programmi e giochi Windows popolari.
Wine è un modo per eseguire il software Windows su Linux, ma senza Windows richiesto. Wine è un livello di compatibilità Windows open source in grado di eseguire programmi Windows direttamente su qualsiasi desktop Linux. Essenzialmente, Wine sta cercando di re-implementare abbastanza Windows da zero in modo che possa eseguire tutte quelle applicazioni Windows senza effettivamente bisogno di Windows.
IMMAGINI
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Gen3D
DESCRIZIONE
Gen3D è un'applicazione progettata per determinare modelli tridimensionali del genoma e del cromosoma. Utilizza i dati di contatto cromosomici per costruire conformazioni tridimensionali. Questo metodo può generare modelli cromosomici tridimensionali che soddisfano un'ampia porzione di contatti cromosomici.
Il software è sviluppato nel Laboratorio di Bioinformatica, Data Mining e Machine Learning del Prof. Jianlin Cheng nel Dipartimento di Informatica dell'Università del Missouri - Columbia, USA. Il progetto è sostenuto dalla National Science Foundation (sovvenzione n. DBI1149224).
Se usi Gen3D nella tua ricerca, per favore cita:
Nowotny, Jackson, Sharif Ahmed, Lingfei Xu, Oluwatosin Oluwadare, Hannah Chen, Noelan Hensley, Tuan Trieu, Renzhi Cao e Jianlin Cheng. "Ricostruzione iterativa di modelli tridimensionali di cromosomi umani da dati di contatto cromosomici". BMC bioinformatica 16, n. 1 (2015): 338.
Caratteristiche
- Utilizza i dati di contatto cromosomici acquisiti con la tecnica Hi-C
- Costruisci genoma strutturale 3D e modelli cromosomici dai dati di contatto cromosomici
- Inizializzare le coordinate utilizzando un approccio probabilistico
- Nuovo metodo per rappresentare i contatti soddisfatti nella matrice di mappe di calore
- Schemi di punteggio per capire i contatti a lungo e corto raggio
- Rispetto ad altri metodi esistenti e convalidato anche con le caratteristiche del genoma
Pubblico
Scienza/Ricerca, Ingegneria
Linguaggio di programmazione
C++
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/gen3d/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.