Questa è l'app Windows denominata Universal-mer la cui ultima versione può essere scaricata come Universal-MerV1.0.0.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata Universal-mer con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avvia qualsiasi emulatore online OS OnWorks da questo sito Web, ma migliore emulatore online Windows.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Windows che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione e installala.
- 7. Scarica Wine dai repository software delle tue distribuzioni Linux. Una volta installato, puoi quindi fare doppio clic sull'app per eseguirli con Wine. Puoi anche provare PlayOnLinux, un'interfaccia fantasiosa su Wine che ti aiuterà a installare programmi e giochi Windows popolari.
Wine è un modo per eseguire il software Windows su Linux, ma senza Windows richiesto. Wine è un livello di compatibilità Windows open source in grado di eseguire programmi Windows direttamente su qualsiasi desktop Linux. Essenzialmente, Wine sta cercando di re-implementare abbastanza Windows da zero in modo che possa eseguire tutte quelle applicazioni Windows senza effettivamente bisogno di Windows.
IMMAGINI
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Universal-mer
DESCRIZIONE
Universal-Mer è uno strumento di conteggio k-mer per tutte le possibili dimensioni di k contemporaneamente. Più dei tipici strumenti di conteggio k-mer, il programma può riassumere il risultato esatto del conteggio da 1-mer a l-mer contemporaneamente dove l = la lunghezza della sottostringa ripetuta più lunga nella sequenza di input dove ora la lunghezza massima è impostata su 100000- mers. Il programma può riportare esattamente il numero di tutti i mers ripetuti (freq>1) e unici (freq = 1) e il numero di tutte le possibili sottostringhe di sequenze senza interrompere alcun mers a bassa frequenza.
I file di input possono essere in formato testo o fasta. L'alfabeto di input ora è solo {A, C, G, T}. I file di testo in ingresso saranno considerati in formato fasta senza riga descrittiva. Dopo aver completato il conteggio e la creazione del database di tutta la possibile lunghezza k di k-mer, l'utente può scegliere nel menu qualsiasi dimensione di k per contare un istogramma, scaricare k-mer, interrogare una sottostringa e riepilogare tutti i possibili k.
Caratteristiche
- Riassume gli 1-mer distinti e unici ripetuti in l-mer dove l = la lunghezza più lunga delle ripetizioni
- Conta un istogramma di k-meri dove 1<=k<= la lunghezza di una sequenza di input
- Contare un istogramma di k-meri canonici dove 1<=k<= la lunghezza di una sequenza di input
- Scarica k-meri dove 1<=k<= la lunghezza di una sequenza di input
- Scarica i k-meri canonici dove 1<=k<= la lunghezza di una sequenza di input
- Interroga un k-mer di qualsiasi dimensione di k dove k<=200000 nelle sequenze di input.
- Trova la sottostringa ripetuta più lunga di una sequenza di input.
Interfaccia utente
Console/terminale, riga di comando
Linguaggio di programmazione
C
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere recuperata anche da https://sourceforge.net/projects/universal-mer/. È stato ospitato su OnWorks per poter essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.