ืืืื ืืคืงืืื abacas ืฉื ืืชื ืืืคืขืื ืืกืคืง ืืืืจืื ืืืื ืื ืฉื OnWorks ืืืืฆืขืืช ืืืช ืืชืื ืืช ืืขืืืื ืืืงืืื ืืช ืืืจืืืืช ืฉืื ื, ืืืื Ubuntu Online, Fedora Online, ืืืืืืืจ ืืงืืื ืฉื Windows ืื ืืืืืืืจ ืืงืืื ืฉื MAC OS
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abacas - ืฆืืจืืฃ ืืืืืืื ืืืืกืก ืืืืืจืืชื ืฉื ืจืฆืคืื ืืืจืืืื
ืชึทืงืฆึดืืจ
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OR
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ื "ืฆ ืจืฆืฃ ืืคื ืืืช ืืงืืืฅ fasta ืืืื
qs contigs ืืคืืจืื ืืืืื-ืคืืกืื
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PSF pseudomolecule/ืงืืืฅ ืจืฆืฃ ืืกืืืจ ืืคืืจืื fasta
ืืคืฉืจืืืืช
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-d ืืฉืชืืฉ ืืคืจืืืจืื ืฉื nucmer/promer ืืืจืืจืช ืืืื
-s int ืืืจื ืืื ืืืื ืฉื ืืืื ืืืชืืื ืืืืืงืช (ืืจืืจืช ืืืื nucmer = 12, ืืจืืจืช ืืืื ืฉื promer
= 4)
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-v ืืืกืื ืืื ืืืื ืงืื tig [ืืจืืจืช ืืืื 40]
-V ืืคืจืฉ ืืืกืื ืืื ืืืื ื-intig [ืืจืืจืช ืืืื 1]
-l int minimum contig length [ืืจืืจืช ืืืื 1]
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-g ืืืจืืืช (ืฉื ืงืืืฅ) ืืืคืก ืืืืจืื (ืคืขืจืื) ืื ืืืืกืื ืืืชืืืืกืืช ืืฉื ืืงืืืฅ
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350)
-R int Run mummer [ืืจืืจืช ืืืื 1, ืืฉืชืืฉ -R 0 ืืื ืื ืืจืืฅ ืืืืจ]
-e Escape contig ืืืื ื ืืืืืจ ืืืืช ืืขืืฆืื ืคืจืืืืจ
-c ืจืฆืฃ ืืืชืืืืกืืช ืืื ืืขืืื
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primers ืืกืืืจืช ืคืขืจืื ืืจืืืืื ืืืจืืืื ืืจืืื ืฆืื ืืืืืกืกืื ืขื ืจืฆืฃ ืืชืืืืกืืช.
ABACAS ืืฉืชืืฉืช ื- MUMmer ืืื ืืืฆืื ืืืงืืื ืืืฉืืจ ืืืืืืช ืืืืืจืื ืฉื ืจืืืืื ืืืจืืืื
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ืฆืืคืืืช ืืคืขืจืื ืืืคืคืื ืืืฉืืื. ABACAS ืืืืฆืจ ืงืืืฅ ืืฉืืืื ืฉืืืื
ืืฉืืฉ ืืื ืืืืืืฉ ืงืื ืืืืื ืืกืืืจืื ืืืืืื ืื ื-ACT. Synteny ืืืืฆื ืขื ืืื ืืืื
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ืืืืงืื ืืืืื. ืืืืข ืขื ืงืื ืืืืื ืืืื ืืืืืื, ืืืื ืืืืช,
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ืงืืืฅ ืชืืื ื ื-ACT.
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