ABYSS - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

ABYSS - הרכיבו קריאה קצרה לקונטיגים

תַקצִיר

ABYSS [אוֹפְּצִיָה] ... קובץ...

תיאור

הרכיבו את כל קבצי הקלט, FILE, שיכולים להיות ב-FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM או
בפורמט BAM ועשוי להיות דחוס עם gz, bz2 או xz ועשוי להיות מזופת.

למשתמשים המעוניינים להריץ אסמבלינג מלא עם ABySS מומלץ להשתמש ב-abyss-pe בתור שלהם
נקודת כניסה ולא תוכנית ABYSS. abyss-pe הוא Makefile שמתאם רבים
מכלי ABySS (כולל ABYSS) על מנת להפעיל את צינור ההרכבה המלא של ABySS.
abyss-pe מסוגל לעשות הרבה דברים ש-ABYSS לא, כמו מינוף של
מידע על מרחק מסופק על ידי קריאות קצה מזווגות וקריאות זוגיות.

--צְנִיעוּת
בטל קריאות לא צנועות [ברירת מחדל]

--ללא צניעות
אין להשליך קריאות לא טהורות

--מסכה גזורה
גזוז בסיסים רעולי פנים מקצוות קריאות [ברירת מחדל]

--ללא מסיכה
אל תקצץ בסיסים רעולי פנים מקצות הקריאה

-q, --איכות חיתוך=מפתן
לקצץ בסיסים מקצוות קריאות שאיכותם נמוכה מהסף

-Q, --איכות המסכה=מפתן
מסווה את כל הבסיסים בקריאה שהאיכות שלהם נמוכה מהסף

--איכות סטנדרטית
איכות אפס היא `!' (33)
ברירת מחדל עבור קבצי FASTQ ו-SAM

--אילומינה
איכות אפס היא `@' (64)
ברירת מחדל עבור קבצי qseq ויצוא

-o, --הַחוּצָה=קובץ
כתוב את ה-contigs ל-FILE

-k, --קמר=KMER_SIZE
גודל k-mer

-t, --אורך חיתוך=TRIM_LENGTH
אורך מקסימלי של קצוות משתלשלים לקיצוץ

-c, -- כיסוי=סיקור
הסר contigs עם כיסוי k-mer ממוצע נמוך מסף זה

-b, --בועות=N
בועות פופ קצרות מ-N bp (ברירת מחדל: 3*k).

-b0, --ללא בועות
אל תפוצץ בועות

-e, --לשחוק=סיקור
שוחקים בסיסים בקצוות של contigs קהים עם כיסוי נמוך מסף זה

-E, --שוחק-גדיל=סיקור
לשחוק בסיסים בקצוות של contigs קהה עם כיסוי נמוך מסף זה על
או גדיל

--כיסוי-היסט=קובץ
להקליט את היסטוגרמת הכיסוי של k-mer ב-FILE

-g, --גרָף=קובץ
ליצור גרף בפורמט נקודות

-s, --snp=קובץ
להקליט בועות שצצו ב-FILE

-v, --מִלוּלִי
להציג פלט מילולי

- עזרה להציג עזרה זה וצא

--גִרְסָה
פרטי גרסת תפוקה ויציאה

השתמש ב-ABYSS באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net