abyss-pe - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

abyss-pe - הרכיב קריאות לקונטיגים

תַקצִיר

תהום-פה [אוֹפְּצִיָה]... [פרמטר=ערך]... [MAKE_TARGET] ...

תיאור

הרכיבו את הקריאות של קבצי הקלט לתוך contigs. הקריאה עשויה להיות ב-FASTA, FASTQ,
פורמט qseq, export, SRA, SAM או BAM ועשוי להיות דחוס עם gz, bz2 או xz ויכול להיות
מְזוּפָּת.

abyss-pe הוא סקריפט של Makefile. ניתן להשתמש בכל האופציות של תוצרת גם עם abyss-pe.

פרמטרים of תהום-פה
שם, שם העבודה
שם האסיפה הזו. הפיגומים שיתקבלו יאוחסנו ב
${name}-scaffolds.fa.

in קבצי קלט. השתמש במשתנה זה בעת הרכבת נתונים מספריה אחת.

lib רשימה מצוטטת של שמות ספריות עם קצה זוגי מופרד ברווחים לבנים. השתמש במשתנה זה
בעת הרכבת נתונים מספריות מרובות קצה זווג. עבור כל שם ספרייה ב
lib, המשתמש חייב להגדיר משתנה בשורת הפקודה עם אותו שם, אשר
מציין את קבצי הקריאה עבור אותה ספרייה. לִרְאוֹת דוגמאות למטה לבטון
דוגמה לשימוש.

pe רשימה של ספריות קצה זוגיות שישמשו רק למיזוג יחידות לתוך
מתחבר ולא יתרום לרצף הקונצנזוס.

mp רשימה של ספריות זוגיות שישמשו עבור פיגומים. ספריות זוג זוגיות
אינם תורמים לרצף הקונצנזוס.

ארוך רשימה של ספריות רצף ארוך שישמשו לפיגום מחדש. רצף ארוך
ספריות אינן תורמות לרצף הקונצנזוס.

se קבצים המכילים קריאה בקצה אחד

a המספר המרבי של ענפים של בועה [2]

b אורך מקסימלי של בועה (bp) [10000]

c מינימום כיסוי k-mer ממוצע של unitig [מ"ר(חֲצִיוֹן)]

d שגיאה מותרת של אומדן מרחק (bp) [6]

e מינימום שחיקה כיסוי k-mer [מ"ר(חֲצִיוֹן)]

E מינימום שחיקה כיסוי k-mer לכל גדיל [1]

j מספר שרשורים [2]

k גודל של k-mer (כאשר K אינו מוגדר) או טווח של זוג k-mer (כאשר K מוגדר)

K גודל של k-mer בודד בזוג k-mer (bp)

l אורך יישור מינימלי של קריאה (bp) [k]

m חפיפה מינימלית של שתי יחידות (bp) [30]

n המספר המינימלי של זוגות הדרוש לבניית קונטיגים [10]

N מספר זוגות מינימלי הנדרש לבניית פיגומים [n]

p זהות רצף מינימלית של בועה [0.9]

q איכות בסיס מינימלית בעת חיתוך [3]
חתוך בסיסים מקצוות קריאות שאיכותם פחותה q.

Q איכות בסיס מינימלית [0]
מסווה את כל הבסיסים של קריאות שהאיכות שלהם קטנה מ-Q בתור 'N'.

s גודל יחידה מינימלי הנדרש לבניית קונטיגים (bp) [200]
אורך הזרע צריך להיות לפחות פי שניים מערכו של k. אם יותר רצף הוא
מורכב מגודל הגנום הצפוי, נסה להגדיל את s.

S גודל קונטיג מינימלי הנדרש לבניית פיגומים (bp) [s]

SS SS=--SS להרכבה במצב ספציפי לגדיל
דורש שכל הספריות הן ספריות RNA-Seq ספציפיות לגדילים. מניח זאת
הקריאה הראשונה בזוג קריאה מתהפכת WRT התמלילים ברצף.

t גודל טיפ מינימלי (bp) [2k]

v v=-v כדי לאפשר רישום מילולי

np, NSLOTS
מספר התהליכים של מכלול MPI

מפירון הדרך למפירון

מיישר
התוכנית שבה יש להשתמש כדי ליישר את הקריאות ל-contigs [מפה].
הערכים המותרים הם: map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. ראה את
DIDA הסעיף למטה למידע נוסף על אפשרות Dida.

cs המרת קונטיגים של מרחב צבע לקונטיגים של נוקלאוטידים לאחר ההרכבה

אפשרויות of לעשות
-n, --ריצה יבשה
הדפס את הפקודות שיבוצעו, אך אל תבצע אותן.

לעשות מטרות ל תהום-פה
ברירת מחדל
שווה ערך ל-'scaffolds scaffolds-dot stats'.

unitigs
להרכיב יחידות.

unitigs-dot
פלט את גרף החפיפה של unitig.

פ-סאם מפה קצה מזווג קריאות ל-unitigs ופלט קובץ SAM. קובץ SAM יהיה רק
מכיל מיפוי קריאה לקבוצות שונות, ואת מזהה הקריאה, הרצף והאיכות
מחרוזות יוחלפו בתווים '*'.

פ-באם מפה קצה מזווג קריאות ל-unitigs ופלט קובץ BAM. קובץ BAM יהיה רק
מכיל מיפוי קריאה לקבוצות שונות, ואת מזהה הקריאה, הרצף והאיכות
מחרוזות יוחלפו בתווים '*'.

מדד pe
צור אינדקס של יחידות המשמשות את abyss-map.

contigs
הרכיבו קונטיגים.

contigs-dot
פלט את גרף החפיפה הקונטיגי.

mp-sam Map partner-pair קורא ל-contigs ומוציא קובץ SAM. קובץ SAM יהיה רק
מכיל מיפוי קריאה לקבוצות שונות, ואת מזהה הקריאה, הרצף והאיכות
מחרוזות יוחלפו בתווים '*'.

mp-באם מפה זוג-זוג קורא ל-contigs ומוציא קובץ BAM. קובץ BAM יהיה רק
מכיל מיפוי קריאה לקבוצות שונות, ואת מזהה הקריאה, הרצף והאיכות
מחרוזות יוחלפו בתווים '*'.

mp-index
צור אינדקס של הקונטיגים המשמשים את abyss-map.

פיגומים
להרכיב פיגומים.

פיגומים-נקודה
פלט את גרף החפיפה של הפיגום.

ספטיגים
לשבור פיגומים וליצור קובץ AGP.

פיגומים ארוכים
פיגום מחדש באמצעות רכיבי RNA-Seq מורכבים.

ארוכות-פיגומים-נקודה
פלט את גרף החפיפה של פיגום RNA.

סטטיסטיקות הצגת נתונים סטטיסטיים על רצף הרכבה.

לְנַקוֹת הסר קבצי ביניים.

גרסה
הצג את הגרסה של abyss-pe.

גירסאות
הצג את הגרסאות של כל התוכנות שבהן משתמש abyss-pe.

לעזור הצג הודעה מועילה.

DIDA

ABySS תומך בשימוש ב-DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment), מבוסס MPI
מסגרת יישור עבור מחשוב יישור רצף על פני מספר מכונות. להשתמש
DIDA עם ABySS, ראשית הורד והתקן את DIDA מ
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, לאחר מכן ציין 'דידה' כערך של
מה היא מיישר פרמטר תהום-פה.

קשור ל-DIDA תהום-פה פרמטרים
DIDA_MPIRUN
הפקודה 'mpirun' משמשת להפעלת משימות DIDA.

DIDA_RUN_OPTIONS
אפשרויות זמן ריצה כגון מספר שרשורים לכל דירוג MPI וערכי סביבה
משתנים (למשל PATH, LD_LIBRARY_PATH). הפעל את `abyss-dida --help` עבור רשימה של
אפשרויות זמינות.

DIDA_OPTIONS
אפשרויות המועברות ישירות לבינארי DIDA. לדוגמה, ניתן להשתמש בזה
כדי לשלוט בסף אורך היישור המינימלי. הפעל `dida-wrapper --help` עבור א
רשימה של אפשרויות זמינות.

מנורות תְאִימוּת
עקב השימוש בריבוי שרשורים, DIDA ידעה בעיות קפאון עם OpenMPI. באמצעות
ספריית MPICH MPI מומלצת בחום בעת הפעלת assemblies עם DIDA. בדיקה
נעשה עם MPICH 3.1.3, הידור עם --enable-threads=funneled.

דוגמא
תצורת זמן הריצה המומלצת עבור DIDA היא דירוג MPI 1 לכל מכונה וחוט אחד לכל
ליבת מעבד. לדוגמה, כדי להריץ מכלול על פני 3 צמתי אשכול עם 12 ליבות כל אחד, בצע:

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to board'

דוגמה זו משתמשת באפשרויות שורת הפקודה MPICH עבור `mpirun`. כאן, `-np 3` מציין
מספר דרגות MPI, `-ppn 1` מציין את מספר דרגות MPI לכל "צומת", וכן
`-bind-to board` מגדיר "צומת" להיות לוח אם (כלומר מכונה מלאה).

הסביבה וריאציות

ניתן לציין כל פרמטר שניתן לציין בשורת הפקודה גם ב-an
משתנה הסביבה.

נתיב חייב להכיל את הספרייה שבה מותקנים קובצי ההפעלה של ABySS. השתמש ב'תהום-
pe versions` כדי לבדוק ש-PATH מוגדר כהלכה.

TMPDIR מציין ספרייה לשימוש עבור קבצים זמניים

מתזמן השתלבות
ABySS משתלב היטב עם מתזמני עבודה באשכולות, כגון:
* SGE (Sun Grid Engine)
* מערכת אצווה ניידת (PBS)
* מתקן שיתוף עומסים (LSF)
* IBM LoadLeveler

ניתן להשתמש במשתני סביבת SGE JOB_NAME, SGE_TASK_ID ו-NSLOTS כדי לציין את
פרמטרים name, k ו-np, בהתאמה, ובדומה עבור מתזמנים אחרים.

דוגמאות

אחת קצה זוגי ספריה
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

מְרוּבֶּה קצה זוגי ספריות
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

קצה מזווג ו זוג-זוג ספריות
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

כולל RNA-Seq אסיפות
abyss-pe k=64 name=ecoli lib=pe1 mp=mp1 long=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1=long1.fa

מנורות
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

השתמש ב-abyss-pe באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net