alien_hunter - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

alien_hunter - מוטיבים מסדר משתנה אינטרפולציה לזיהוי אופקית
DNA נרכש

תַקצִיר

צייד_חייזרים [אפשרויות]

תיאור

Alien_hunter הוא אפליקציה לחיזוי של העברת גנים אופקית משוערת
אירועים (HGT) עם הטמעת מוטיבים של סדר משתנה אינטרפולציה (IVOMs). א
גישת IVOM מנצלת הטיות קומפוזיציה תוך שימוש בהפצות מוטיבים מסדר משתנה ו
לוכד בצורה מהימנה יותר את ההרכב המקומי של רצף בהשוואה לסדר קבוע
שיטות. לחלופין, ניתן לנתח את התחזיות למרקוב מוסתר מסדר שני של 2 מצבים
מודל (HMM), במסגרת זיהוי נקודת שינוי, כדי לייעל את הלוקליזציה של
גבולות האזורים החזויים. התחזיות (פורמט embl) יכולות להיות אוטומטיות
נטען לתוך מציג הגנום של ארטמיס זמין בחינם בכתובת:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

קלט: רצף גנומי גולמי תחזית: אזורי HGT המבוססים על סדר משתנה אינטרפולציה
טיעוני מוטיבים (IVOMs):


רצף גנומי גולמי


שם קובץ עבור נתוני פלט

טיעונים אופציונליים:

-a כדי לטעון את קובץ החיזוי לארטמיס

-c לייעל את הגבולות החזויים עם זיהוי נקודת שינוי 2 מצב HMM מסדר שני

קבצי פלט:


תחזיות (קובץ טאב) בפורמט embl

.העדיף
חיזויים מותאמים (HMM) (קובץ טאב) בפורמט embl

.עלילה
תחזיות בתבנית Artemis User Plot לטעינה ידנית באמצעות גרף -> הוסף
עלילת משתמש...

.opt.plot
חיזויים מותאמים (HMM) בפורמט Artemis User Plot לטעינה ידנית באמצעות
גרף -> הוסף עלילת משתמש...

.sco
הציונים על כל חלונות ההזזה - לבדיקת חלוקת ציונים

הערה: תחזיות החופפות לאופרון rRNA מוזכרות במוקד ההערה

השתמש ב-alien_hunter באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net