זוהי הפקודה allversusalle שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
allversusall - נתוני דמיון ברצף מהשוואה של הכל לעומת הכל.
תַקצִיר
הכל נגד הכל -seqinpath רשימת מטה [-מַטרִיצָה matrixf] [-gapoopen לצוף] [-gapextend לצוף]
-dataoutdir outdir -קובץ לוג אוסף
הכל נגד הכל עזרה
תיאור
הכל נגד הכל היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "Utils:Database creation".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-seqinpath רשימת מטה
ערך ברירת מחדל: ./
-מַטרִיצָה matrixf
אפשרות זו מציינת את מטריצת החלפת השאריות המשמשת עבור רצף
השוואה. ערך ברירת מחדל: EBLOSUM62
דרוש סעיף
נוסף סעיף
-gapoopen לצוף
אפשרות זו מציינת את עונש הכנסת הפער. עונש הכנסת הפער הוא ה-
ניקוד נמחק כאשר נוצר פער. הערך הטוב ביותר תלוי בבחירה של
מטריצת השוואה. ערך ברירת המחדל מניח שאתה משתמש במטריצת EBLOSUM62 עבור
רצפי חלבונים, ומטריצת EDNAFULL עבור רצפי נוקלאוטידים. ערך ברירת מחדל: 10
-gapextend לצוף
אפשרות זו מציינת את עונש הרחבת הפער. עונש הרחבת הפער נוסף
לעונש הפער הסטנדרטי עבור כל בסיס או שארית בפער. זהו אורך הפערים
נענשים. בדרך כלל תצפו לכמה פערים ארוכים ולא להרבה פערים קצרים, כך
עונש הארכת הפער צריך להיות נמוך יותר מעונש הפער. יוצא מן הכלל הוא כאשר
רצף אחד או שניהם הם קריאות בודדות עם שגיאות ריצוף אפשריות, ובמקרה כזה
היית מצפה לפערים רבים בבסיס בודד. ניתן לקבל תוצאה זו על ידי הגדרת הפער
עונש פתוח לאפס (או נמוך מאוד) ושימוש בעונש הארכת הפער כדי לשלוט בפער
ניקוד. ערך ברירת מחדל: 0.5
תְפוּקָה סעיף
-dataoutdir outdir
אפשרות זו מציינת את מיקום קבצי נתוני דמיון רצפים (פלט). ברירת מחדל
ערך: ./
-קובץ לוג אוסף
אפשרות זו מציינת את שם קובץ היומן של ALLVERSUSALL (פלט). קובץ היומן
מכיל הודעות על כל שגיאה המתרחשת בזמן הפעלת ALLVERSUSALL. ערך ברירת מחדל:
allversusall.log
השתמש ב-allversusalle באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
