זוהי הפקודה andi שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
andi - מעריך מרחק אבולוציוני
תַקצִיר
אנדי [-jlv] [-b INT] [-p לצוף] [-m דגם] [-t INT] קבצים...
תיאור
אנדי מעריך את המרחק האבולוציוני בין גנומים קרובים. לזה אנדי
קורא את רצפי הקלט מ פאסטה קובץ ומחשב את מרחק העוגן בזוגיות. ה
הרעיון מאחורי זה מוסבר במאמר של Haubold et al. (ראה למטה).
תפוקה
הפלט הוא מטריצת מרחק סימטרית ב PHYLIP פורמט, כאשר כל ערך מייצג
סטייה עם מספר אמיתי חיובי. מרחק של אפס אומר ששני רצפים הם
זהים, בעוד שערכים אחרים הם אומדנים עבור שיעור החלפת הנוקלאוטידים (Jukes-
חזן תיקן). מסיבות טכניות ההשוואה עלולה להיכשל ואין הערכה
מחושבים. במקרים כאלו נאן מודפס. זה אומר שרצפי הקלט היו
קצר מדי (<200bp) או מגוון מדי (K>0.5) כדי שהשיטה שלנו תעבוד כמו שצריך.
אפשרויות
-ב, -- רצועת אתחול
חשב מטריצות מרחק מרובות, עם n-1 מגפיים מהראשון. ראה את
נייר Klötzl & Haubold (2016, בסקירה) להסבר מפורט.
-j, --לְהִצְטַרֵף
השתמש במצב זה אם כל אחד משלך פאסטה קבצים מייצגים אסיפה אחת עם מספר רב של קבצים
contigs. אנדי לאחר מכן יתייחס לכל הרצפים הכלולים לכל קובץ כיחיד
גנום. במצב זה יש לספק לפחות שם קובץ אחד באמצעות שורת הפקודה
טיעונים. עבור הפלט, שם הקובץ משמש לזיהוי כל רצף.
-l, --זיכרון נמוך
במצב ריבוי חוטים, אנדי דורש זיכרון ליניארי לכמות החוטים. ה
מצב זיכרון נמוך משנה זאת לדרישה קבועה ללא תלות במספר בשימוש
של חוטים. למרבה הצער, זה כרוך בעלות זמן ריצה משמעותית.
-m, --דֶגֶם
מודלים שונים של התפתחות נוקלאוטידים נתמכים. כברירת מחדל, Jukes-Cantor
נעשה שימוש בתיקון.
-p
המשמעות של זוג עוגן; ברירת מחדל: 0.05.
-t
מספר החוטים שבהם יש להשתמש; כברירת מחדל, נעשה שימוש בכל המעבדים הזמינים.
ריבוי השחלות זמין רק אם אנדי הורכב עם תמיכה ב-OpenMP.
-v, --מִלוּלִי
מדפיס מידע נוסף. יש להחיל מספר פעמים עבור ביטוי רב יותר.
-h, - עזרה
מדפיס את התקציר והסבר על האפשרויות הזמינות.
--גִרְסָה
מוציא מידע גרסה ותודות.
זכויות יוצרים
זכויות יוצרים © 2014, 2015 Fabian Klötzl רישיון GPLv3+: GNU GPL גרסה 3 ואילך.
זוהי תוכנה חופשית: אתה חופשי לשנות ולהפיץ אותה מחדש. אין אחריות,
במידה המותרת בחוק. טקסט הרישיון המלא זמין בכתובת
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
תודות
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. and Pfaffelhuber, P. (2015). andi: מהיר ומדויק
הערכה של מרחקים אבולוציוניים בין גנומים קרובים
2) אלגוריתמים: Ohlebusch, E. (2013). אלגוריתמים ביואינפורמטיקה. ניתוח רצף, גנום
סידורים מחדש ושחזור פילוגנטי. עמ' 118ו.
3) בנייה ב-SA: מורי, י' (2005). תיאור קצר של סיומת דו-שלבית משופרת
אלגוריתם מיון. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
השתמש ב-andi באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
