זוהי הפקודה arden-analyze שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
arden-analyze - נתח את התוצאות של מיפוי הגנום הייחוס המלאכותי
תַקצִיר
ארדן-לנתח [אפשרויות] [קלט קובץ] [תיקיית פלט]...
תיאור
תסריט לניתוח התוצאות של מיפוי הגנום ההתייחסות המלאכותי. התסריט הזה
מזהה את ה-TPs / FPs המשוערים במערך נתונים ספציפי (קריאה).
אפשרויות
תיקיית פלט
נתיב לתיקיית יעד הפלט.
קלט קובץ
ppath לקובץ ini. כדי לקבל את הפורמט הנדרש, עיין בקבצים לדוגמה.
--גִרְסָה
הצג את מספר הגרסה של התוכנית וצא
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא
-p PHRED, --phred=PHRED
ציין את קידוד ה-PHRED של קריאות הקלט, כלומר Illumina 1.3+ = -p 33.[ברירת מחדל:
33]
-r דַרגָה, --דירוג פנימי=RANK
השתמש בדירוג פנימי לקריאה (דרוש אם שמות הקריאה אינם יכולים להיות
מבחינה לקסיקוגרפית להיות ממוין באותו אופן ב-python ובמערכת ההפעלה שלך לפי sam
כלים).[ברירת מחדל:1]
השתמש ב-arden-analyze באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
