babel - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

בבל, אובל - ממיר לקבצי נתונים של כימיה ומידול מולקולרי

תַקצִיר

בבל [-H אפשרויות עזרה]
בבל [אפשרויות] [-i סוג קלט] בקובץ [-o סוג פלט] אוסף

אובל [-H אפשרויות עזרה]
אובל [אפשרויות] [-i סוג קלט | -"SMILES-מחרוזת"] בקובץ [-o סוג פלט] -O אוסף

תיאור

בבל היא תוכנית חוצת פלטפורמות המיועדת להמרה הדדית בין פורמטים רבים של קבצים המשמשים ב
מודלים מולקולריים וכימיה חישובית ותחומים קשורים.

אובל ו בבל הם מעט שונים. הראשון קרוב יותר למוסכמה הרגילה של יוניקס
עבור תוכניות שורת פקודה וגמיש יותר כאשר המשתמש צריך לציין ערכי פרמטרים
על אפשרויות. עם בבל זה עובד רק כאשר האפשרות היא האחרונה בקו; עם אובל
לא חלה הגבלה כזו. בנוסף יש לו קיצור דרך להזנת מחרוזות SMILES, אשר
ניתן להשתמש במקום קובץ קלט.

Open Babel היא גם ערכת כלים מלאה למתכנתים לפיתוח תוכנת כימיה. ל
מידע נוסף, עיין בדפי האינטרנט של Open Babelhttp://openbabel.org/>.

אפשרויות

אם ניתנים רק קבצי קלט ופלט, Open Babel תנחש את סוג הקובץ מתוך
סיומת שם קובץ.

-"SMILES-מחרוזת"
הזן מחרוזת SMILES והשתמש בה במקום קובץ קלט. המחרוזת SMILES צריכה להיות
מוקף במרכאות. ניתן להשתמש ביותר מאחד, וכותרת מולקולה יכולה לשמש
כלול אם כלול במרכאות.

-a אפשרויות
אפשרויות קלט ספציפיות לפורמט. לִרְאוֹת -H מזהה פורמט עבור אפשרויות המותרות על ידי מסוים
פוּרמָט

--addtotitle
הוסף טקסט לכותרת המולקולה הנוכחית

--נוסחה להוסיף
הוסף את הנוסחה המולקולרית אחרי כותרת המולקולה הנוכחית

-b המר קשרי תאריך: למשל, [N+]([O-])=O ל-N(=O)=O

-c קואורדינטות אטומיות במרכז ב-(0,0,0)

-C שלב מולקולות בקובץ הראשון עם אחרות עם אותו שם

-e המשך לאחר שגיאות

-d מחק מימנים

---רמת שגיאה 2
סנן את רמת השגיאות והאזהרות המוצגות:
1 = שגיאות קריטיות בלבד
2 = כלול גם אזהרות (ברירת מחדל)
3 = כלול גם הודעות מידע
4 = כלול הודעות "יומן ביקורת" של שינויים בנתונים
5 = כלול גם הודעות ניפוי באגים

-f # עבור קלט ריבוי ערכים, התחל לייבא עם מולקולה # בתור הערך הראשון

-F פלט את סוגי טביעות האצבע הזמינים

-h הוסף מימנים

-H מידע על שימוש פלט

-H מזהה פורמט
מידע על עיצוב פלט ואפשרויות לפורמט שצוין

-אולם
פלט מידע ואפשרויות עיצוב עבור כל הפורמטים

-אני
מציין פורמט קלט, ראה להלן את הפורמטים הזמינים

-j

--לְהִצְטַרֵף
חבר את כל מולקולות הקלט לכניסת מולקולת פלט אחת

-k תרגם מילות מפתח למידול כימיה חישובית (למשל, GAMESS וגאוס)

-m הפקת קובצי פלט מרובים, כדי לאפשר:
- פיצול קובץ קלט אחד - הכנס כל מולקולה למספר רצוף
קבצי פלט
- המרת אצווה - המר כל אחד מקבצי קלט מרובים לקובץ מוגדר
פורמט פלט

-l # עבור קלט מרובות, הפסק את הייבוא ​​עם מולקולה # בתור הערך האחרון

-o מזהה פורמט
מציין את פורמט הפלט, ראה להלן את הפורמטים הזמינים

-O אוסף
ציין את קובץ הפלט. אפשרות זו חלה על אובל בלבד.

-p הוסף מימנים המתאימים ל-pH (השתמש בהמרות ב-phmodel.txt)

--תכונה
הוסף או החלפה של מאפיין (למשל, בקובץ MDL SD)

-s חכמים
המר רק מולקולות התואמות לתבנית SMARTS שצוינה

--נפרד
הפרד קטעים מנותקים לרשומות מולקולריות בודדות

-t כל קבצי הקלט מתארים מולקולה בודדת

--כותרת כותרת
הוסף או החלף כותרת מולקולרית

-x אפשרויות
אפשרויות פלט ספציפיות לפורמט. לִרְאוֹת -H מזהה פורמט עבור אפשרויות המותרות על ידי מסוים
פוּרמָט

-v חכמים
המר רק מולקולות לא דפוס SMARTS תואם שצוין

-V פלט מספר גרסה ויציאה

-z דחוס את הפלט עם gzip

קובץ פורמטים

הפורמטים הבאים נתמכים כעת על ידי Open Babel:
acr -- קרין ASCI קריסטל
alc -- פורמט אלכימיה
arc -- פורמט Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR [לקריאה בלבד]
bgf -- פורמט MSI BGF
box -- פורמט Box 3.5 Dock
bs - פורמט כדור ומקל
c3d1 -- פורמט Chem3D Cartesian 1
c3d2 -- פורמט Chem3D Cartesian 2
caccrt -- פורמט קרטזי קקאו
cache -- פורמט CAChe MolStruct [לכתיבה בלבד]
cacint -- פורמט פנימי של קקאו [לכתיבה בלבד]
יכול -- פורמט SMILES קנוני
מכונית -- פורמט Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR [לקריאה בלבד]
ccc -- פורמט CCC [לקריאה בלבד]
cdx -- פורמט בינארי ChemDraw [לקריאה בלבד]
cdxml -- פורמט ChemDraw CDXML
cht -- פורמט Chemtool [כתיבה בלבד]
cif -- קובץ מידע קריסטלוגרפי
cml -- Chemical Markup Language
cmlr -- פורמט CML Reaction
com -- גאוס 98/03 קלט קרטזיאני [כתיבה בלבד]
עותק -- מעתיק טקסט גולמי [לכתיבה בלבד]
crk2d - פורמט דיאגרמה דו-ממדית של ערכת משאבים כימיים
crk3d - פורמט תלת מימד של ערכת משאבים כימית
csr -- פורמט Accelrys/MSI Quanta CSR [כתיבה בלבד]
cssr -- פורמט CSD CSSR [לכתיבה בלבד]
ct -- פורמט טבלת חיבור ChemDraw
dmol -- פורמט קואורדינטות Dmol3
ent -- פורמט בנק נתונים חלבון
fa -- פורמט FASTA [כתיבה בלבד]
fasta -- פורמט FASTA [כתיבה בלבד]
fch -- פורמט קובץ מחסום בפורמט גאוסי [לקריאה בלבד]
fchk -- פורמט קובץ מחסום בפורמט גאוסי [לקריאה בלבד]
fck -- פורמט קובץ מחסום בפורמט גאוסי [לקריאה בלבד]
feat -- פורמט תכונה
fh -- פורמט Z-Matrix Fenske-Hall [לכתיבה בלבד]
תיקון -- פורמט SMILES FIX [לכתיבה בלבד]
fpt -- פורמט טביעת אצבע [כתיבה בלבד]
שבר -- פורמט שבר חופשי של צורה
fs -- פתח את מסד הנתונים של Babel FastSearching
fsa -- פורמט FASTA [כתיבה בלבד]
g03 -- פלט גאוסי 98/03 [לקריאה בלבד]
g98 -- פלט גאוסי 98/03 [לקריאה בלבד]
gam -- פלט GAMESS [לקריאה בלבד]
gamin -- קלט GAMESS [כתיבה בלבד]
gamout -- פלט GAMESS [לקריאה בלבד]
gau -- גאוס 98/03 קלט קרטזיאני [כתיבה בלבד]
gjc -- גאוס 98/03 קלט קרטזיאני [כתיבה בלבד]
gjf -- גאוס 98/03 קלט קרטזיאני [כתיבה בלבד]
gpr -- פורמט גמי
gr96 -- פורמט GROMOS96 [לכתיבה בלבד]
hin -- HyperChem פורמט HIN
inchi -- IUPAC InChI [לכתיבה בלבד]
inp -- קלט GAMESS [כתיבה בלבד]
ins -- פורמט ShelX [לקריאה בלבד]
jin -- פורמט קלט של יגואר [כתיבה בלבד]
נותן -- פורמט פלט של יגואר [לקריאה בלבד]
mdl -- פורמט MDL MOL
mmd -- פורמט MacroModel
mmod -- פורמט MacroModel
mol -- פורמט MDL MOL
mol2 -- פורמט Sybyl Mol2
molreport -- דוח מולקולות בבל פתוח [לכתיבה בלבד]
moo -- פורמט פלט MOPAC [לקריאה בלבד]
מגב -- פורמט קרטזי של MOPAC
mopcrt -- פורמט קרטזי של MOPAC
mopin -- MOPAC פנימי
mopout -- פורמט פלט MOPAC [לקריאה בלבד]
mpc -- פורמט קרטזי של MOPAC
mpd -- פורמט מתאר Sybyl [כתיבה בלבד]
mpqc -- פורמט פלט MPQC [לקריאה בלבד]
mpqcin -- פורמט קלט מפושט של MPQC [כתיבה בלבד]
nw -- פורמט קלט NWChem [כתיבה בלבד]
nwo -- פורמט פלט של NWChem [לקריאה בלבד]
pc -- פורמט PubChem [לקריאה בלבד]
pcm -- פורמט PCModel
pdb -- פורמט בנק נתונים חלבון
pov -- פורמט קלט POV-Ray [כתיבה בלבד]
pqs - פורמט Parallel Quantum Solutions
הכנה -- פורמט הכנה אמבר [לקריאה בלבד]
qcin -- פורמט קלט Q-Chem [כתיבה בלבד]
qcout -- פורמט פלט Q-Chem [לקריאה בלבד]
דוח -- פתח פורמט דוח בבל [לכתיבה בלבד]
res -- פורמט ShelX [לקריאה בלבד]
rxn -- פורמט MDL RXN
sd -- פורמט MDL MOL
sdf -- פורמט MDL MOL
smi -- פורמט SMILES
sy2 -- פורמט Sybyl Mol2
tdd -- פורמט תרמו
מבחן -- פורמט מבחן [לכתיבה בלבד]
therm - פורמט תרמו
tmol -- פורמט TurboMole Coordinate
txyz -- פורמט Tinker MM2 [כתיבה בלבד]
unixyz - פורמט UniChem XYZ
vmol -- פורמט ViewMol
xed -- פורמט XED [כתיבה בלבד]
xml -- פורמט XML כללי [לקריאה בלבד]
xyz -- פורמט קואורדינטות קרטזיות XYZ
yob -- פורמט YOB של YASARA.org
zin -- פורמט קלט ZINDO [כתיבה בלבד]

פורמט אפשרויות

לפורמטים בודדים של קבצים עשויים להיות אפשרויות עיצוב נוספות.

לפני אפשרויות פורמט הקלט יש 'a', למשל -as

לפני אפשרויות פורמט הפלט יש 'x', למשל -xn

למידע ואפשרויות ספציפיות נוספות, השתמש ב-H
למשל, -Hcml

דוגמאות

המרה רגילה:
babel -ixyz ethanol.xyz -opdb ethanol.pdb
המרה מקובץ SMI ב-STDIN לקובץ Mol2 שנכתב ל-STDOUT:
babel -ismi -omol2
פיצול קובץ מרובה מולקולות ל-new1.smi, new2.smi וכו':
babel infile.mol new.smi -m

השתמש ב-babel באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net