balls - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

balls - מעבד קדם לדגמי מילוי שטח בחבילת גרפיקה מולקולרית Raster3D

תַקצִיר

כדורי [-h]

כדורים קורא קובץ המתאר צבעי אטום ו/או קובץ קואורדינטות PDB ומפיק א
קובץ המכיל רשומות מתאר Raster3D עבור כל אטום בקובץ הקלט. הקובץ
מיוצר על ידי כדורי ניתן להאכיל ישירות לדקלם או שהוא עשוי להיות משולב עם מתאר
קבצים שהופקו על ידי כלי עזר אחרים של Raster3D.

דוגמאות

כדי לתאר דגם פשוט למילוי חלל צבוע לפי סוג שאריות:

cat mycolours.pdb protein.pdb | כדורים | render > mypicture.png

כדי לכלול מטריצת תצוגה שנבחרה מראש עם אותו דגם:

cp view1.matrix setup.matrix
cat mycolours.pdb protein.pdb | כדורים | render > mypicture.png

כדי להוסיף מראש רשומות כותרות המתארות קנה מידה ותצוגה שנבחרו מראש:

cat mycolours.pdb protein.pdb | balls -h > balls.r3d
cat header.r3d balls.r3d | render > mypicture.png

אפשרויות

-h

דחק רשומות כותרת בפלט. כברירת מחדל כדורי יפיק קובץ פלט אשר
מתחיל עם רשומות כותרות המכילות קבוצת ברירת מחדל של אפשרויות קנה מידה ועיבוד.
השמיים -h flag ידכא את רשומות הכותרת הללו כך שקובץ הפלט יכיל רק
מתארי כדור. אפשרות זו שימושית להפקת קבצים שמתארים רק חלק מ
סצנה, ואשר ישולבו מאוחר יותר עם קבצי תיאור שהופקו על ידי אחרים
תוכניות.

תיאור

הקלט ל כדורי מורכב מקובץ טקסט יחיד המכיל מידע צבע ואטומי
קואורדינטות בפורמט בנק נתונים PDB. הקואורדינטות מופקות כמתאר Raster3D
רשומות עם צבעים ורדיוסי כדור המוקצים בהתאם לרשומות COLO המתוארות
לְהַלָן. כברירת מחדל לאטומים מוקצים צבעי CPK. כברירת מחדל, קובץ הפלט מכיל א
קבוצה של רשומות כותרות כנדרש על ידי לדקלם תכנית. הכותרת בנויה ל
כוללים מטריצת TMAT המתאימה למטריצת הטרנספורמציה הכלולה בקובץ
setup.matrix (אם הוא קיים), או לזוויות האולריות הכלולות בקובץ הגדרות.זוויות (אם
זה קיים).

צבעים מוקצים לאטומים באמצעות תהליך התאמה, תוך שימוש ברשומות COLOR המוצמדות לפנים
קובץ PDB הקלט. Raster3D משתמש בסוג רשומה פסאודו-PDB עם COLO ב-4 הראשונות
עמודות:

עמודות

1 - 4 COLO

מסכה 7 - 30 (מתואר להלן)

31 - 38 רכיב אדום

39 - 46 רכיב ירוק

47 - 54 רכיב כחול

רדיוס 55 - 60 ואן דר ואלס באנגסטרום

61 - 80 הערות

שימו לב שהרכיבים האדום, הירוק והכחול נמצאים באותם מיקומים כמו ה-X, Y ו-Z
רכיבים של רשומת ATOM או HETA, ורדיוס ואן דר ואלס נכנס במקום ה-
תפוסה. הרכיבים האדום, הירוק והכחול חייבים להיות כולם בטווח 0 עד 1.

השדה מסכה משמש בתהליך ההתאמה כדלקמן. ראשית התוכנית קוראת ב-ו
מאחסן את כל רשומות ATOM, HETA ו-COLOR בסדר קלט. ואז זה עובר דרך כל אחד
אחסן את רשומת ATOM/HETA בתורו, ומחפש רשומת COLOR התואמת את
רשומת ATOM/HETA בכל העמודות 7 עד 30. רשומת ה-COLOR הראשונה כזו שנמצאה
קובע את הצבע והרדיוס של האטום.

על מנת שרשומה אחת של COLOR תוכל לספק מפרטי צבע ורדיוס עבור יותר מ
אטום אחד (למשל, מבוסס על שייר או סוג אטום, או כל קריטריון אחר שעבורו יכולים תוויות
יינתן איפשהו בעמודות 7 עד 30), הסמל "#" משמש כתו כללי. כלומר א
# ברשומת COLOR תואם כל תו בעמודה המתאימה ב-ATOM או HETA
תקליט. כל שאר הדמויות חייבות להתאים באופן מילולי כדי להיחשב כהתאמה. שימו לב שה-
רשומת COLO האחרונה בקלט צריכה לכלול # סמלים בכל העמודות 7 עד 30 אינץ'
כדי לספק צבע לכל אטום שרשומת ה-ATOM/HETA שלו לא תואמת לאף אחד קודם
שיא COLOR. הרעיון הזה של התאמת מסכות למפרטי צבע הוא בזכות קולין
ברוטון.

מספר קבצים של רשומות COLOR, כולל אחד המבוסס על "מודלים חטובים" של בוב פלטריק
ועוד חלקי דגם מחקה CPK, מסופקים כדוגמאות.

הסביבה

הקבצים setup.matrix ו-setup.angles, אם הם קיימים, משפיעים על
רשומות כותרת שהופקו על ידי כדורי.

מקור

אנונימי FTP אֲתַר:
ftp.bmsc.washington.edu

אינטרנט כתובת האתר:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

ליצירת קשר:
איתן א מריט
אוניברסיטת וושינגטון, סיאטל WA 98195
[מוגן בדוא"ל]

השתמש בכדורים באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net