זוהי בניית הפקודה bowtie-build שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, Windows Online emulator או MAC OS Online emulator
תָכְנִית:
שֵׁם
bowtie-build - בניית אינדקס צבעוני עבור עניבת פרפר
תַקצִיר
בניית עניבת פרפר [אפשרויות]*
תיאור
reference_in
רשימה מופרדת בפסיקים של קבצים עם רצפי ref
ebwt_outfile_base
כתוב נתוני Ebwt לקבצים עם שם ה-dir/base הזה
אפשרויות
-f קובצי העזר הם Fasta (ברירת מחדל)
-c רצפי התייחסות שניתנו על קו cmd (כמו )
--אינדקס גדול
המדד שנוצר בכוח להיות 'גדול', גם אם ל-ref יש פחות מ-4 מיליארד
נוקלאוטידים
-C/--צֶבַע
לבנות אינדקס מרחב צבע
-a/--נואוטו
לבטל את האוטומטי -p/--bmax/--dcv התאמת זיכרון
-p/--ארוז
השתמש בחוטים ארוזים באופן פנימי; איטי יותר, משתמש בפחות mem
--bmax
max bucket sz עבור בונה מערך סיומת בלוק
--bmaxdivn
max bucket sz כמחלק של ref len (ברירת מחדל: 4)
--dcv
תקופת כיסוי הבדל עבור בלוק (ברירת מחדל: 1024)
--נודק השבת כיסוי הבדל (אלגוריתם הופך ריבועי)
-r/--נורף
אל תבנה חלק .3/.4.ebwt (רפרנס ארוז).
-3/--justref
פשוט לבנות חלק .3/.4.ebwt (הפניה ארוז).
-o/--פריט
SA נדגמת כל 2^offRate BWT תווים (ברירת מחדל: 5)
-t/--ftabchars
# תווים שנצרכו בחיפוש ראשוני (ברירת מחדל: 10)
--נטואה להמיר Ns בהתייחס ל-As
--זֶרַע
זרע עבור מחולל מספרים אקראיים
-q/--שֶׁקֶט
פלט מילולי (לניפוי באגים)
-h/--עֶזרָה
להדפיס תיאור מפורט של הכלי והאפשרויות שלו
--נוֹהָג
להדפיס הודעת שימוש זו
--גִרְסָה
להדפיס מידע על הגרסה ולצאת
64 סיביות בנוי על lgw01-11 יום חמישי 26 בנובמבר 11:11:03 UTC 2015 מהדר: gcc גרסה 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) אפשרויות: -O3 -וול,--hash-style=שניהם -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-חזק - -שגיאה=פורמט-אבטחה -g -O2 -fstack-protector-חזק
- -שגיאה=פורמט-אבטחה -וול,-בפונקציות-סמליות -וול,-z,relro Sizeof {int, long,
long long, void*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
השתמש ב-Bowtie-build באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
