זוהי הפקודה bowtie2-build-l שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
bowtie2-build-l - בניית אינדקס מרחב צבעים עבור bowtie2
תַקצִיר
bowtie2-build-l [אפשרויות]*
תיאור
Bowtie 2 גרסה 2.2.6 מאת Ben Langmead ([מוגן בדוא"ל], www.cs.jhu.edu/~langmea)
הפניה_בתוך
רשימה מופרדת בפסיקים של קבצים עם רצפי הפניות
bt2_index_base
כתוב נתוני bt2l לקבצים עם שם הבסיס/directory הזה
*** אינדקסים של Bowtie 2 עובדים רק עם גרסה 2 (לא גרסה 1). כנ"ל לגבי אינדקסים של גרסה 1. ***
אפשרויות
-f קבצי עזר הם Fasta (ברירת מחדל)
-c רצפי ייחוס שניתנו בשורת cmd (כמו )
-a/--נואוטו
השבת אוטומטי -p/--bmax/--dcv התאמת זיכרון
-p/--אָרוּז
שימוש במחרוזות ארוזות באופן פנימי; איטי יותר, פחות זיכרון
--bmax
גודל דלי מקסימלי עבור בונה מערך סיומות בלוקי
--bmaxdivn
גודל דלי מקסימלי כמחלק של אורך reference (ברירת מחדל: 4)
--dcv
תקופת כיסוי הבדל עבור חסימה (ברירת מחדל: 1024)
--nodc השבתת כיסוי הבדלים (האלגוריתם הופך ריבועי)
-r/--נורף
אל תבנה קבצי אינדקס .3/.4
-3/--justref
פשוט בנה קבצי אינדקס .3/.4
-o/--ירידה בקצב
SA נדגם כל 2^ תווי BWT (ברירת מחדל: 5)
-t/--ftabchars
מספר התווים שנצרכו בחיפוש הראשוני (ברירת מחדל: 10)
--זֶרַע
זרע עבור מחולל מספרים אקראיים
-q/--שֶׁקֶט
פלט מפורט (לניפוי שגיאות)
-h/--עֶזרָה
הדפס תיאור מפורט של הכלי והאפשרויות שלו
--נוֹהָג
להדפיס הודעת שימוש זו
--גִרְסָה
להדפיס מידע על הגרסה ולצאת
השתמש ב-bowtie2-build-l באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
