bowtie2-build - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

bowtie2-build - עטיפה עבור bowtie2-build-*

תַקצִיר

bowtie2-build [אפשרויות]*

תיאור

Bowtie 2 גרסה 2.2.6 מאת Ben Langmead ([מוגן בדוא"ל], www.cs.jhu.edu/~langmea)

reference_in
רשימה מופרדת בפסיקים של קבצים עם רצפי ref

bt2_index_base
כתוב נתוני bt2 לקבצים עם ה-dir/basename הזה

*** אינדקסים של Bowtie 2 עובדים רק עם v2 (לא v1). באופן דומה עבור אינדקסים v1. ***

אפשרויות

-f קובצי העזר הם Fasta (ברירת מחדל)

-c רצפי התייחסות שניתנו על קו cmd (כמו )

--אינדקס גדול
המדד שנוצר בכוח להיות 'גדול', גם אם ל-ref יש פחות מ-4 מיליארד
נוקלאוטידים

-a/--נואוטו
לבטל את האוטומטי -p/--bmax/--dcv התאמת זיכרון

-p/--ארוז
השתמש בחוטים ארוזים באופן פנימי; איטי יותר, פחות זיכרון

--bmax
max bucket sz עבור בונה מערך סיומת בלוק

--bmaxdivn
max bucket sz כמחלק של ref len (ברירת מחדל: 4)

--dcv
תקופת כיסוי הבדל עבור בלוק (ברירת מחדל: 1024)

--נודק השבת כיסוי הבדל (אלגוריתם הופך ריבועי)

-r/--נורף
אל תבנה קובצי אינדקס .3/.4

-3/--justref
פשוט בנה קובצי אינדקס .3/.4

-o/--פריט
SA נדגמת כל 2^ תווים BWT (ברירת מחדל: 5)

-t/--ftabchars
# תווים שנצרכו בחיפוש ראשוני (ברירת מחדל: 10)

--זֶרַע
זרע עבור מחולל מספרים אקראיים

-q/--שֶׁקֶט
פלט מילולי (לניפוי באגים)

-h/--עֶזרָה
להדפיס תיאור מפורט של הכלי והאפשרויות שלו

--נוֹהָג
להדפיס הודעת שימוש זו

--גִרְסָה
להדפיס מידע על הגרסה ולצאת

השתמש ב-bowtie2-build באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net