chemtool - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

chemtool - עורך מבנים כימיים

תַקצִיר

chemtool [שם הקובץ]

תיאור

chemtool היא תוכנית לציור מולקולות אורגניות ולייצא אותן כמפת סיביות X, PNG,
קובץ PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL או EPS. זה פועל תחת מערכת X Window באמצעות ה-GTK
ערכת יישומונים.

התוכנית מציעה למעשה ביטול/ביצוע בלתי מוגבל, שני גופני טקסט בתוספת סמלים, שבעה
צבעים, ציור במספר סולמות זום, ורשתות רקע מרובעות ומשושים לקל יותר
יישור.

דוגמאות

בכל מצבי הציור והעריכה, כפתור עכבר אחד (בדרך כלל הכפתור השמאלי) משמש
סמן או צייר אובייקטים, בעוד כפתור שלוש (הכפתור הימני) יכול לשמש למחיקת אובייקטים
מהסוג הנוכחי. הכפתור האמצעי משמש בעיקר במצבי ציור האג"ח שבו הוא
מאפשר שינוי מהיר של סוגי קשר. החל מגרסה 1.5, אחסון ברירת המחדל
ניתן לשמור את ספריית קבצי הנתונים וסיומת שם הקובץ לשימוש באמצעות a
תיבת דו-שיח להגדרות.

ציור of קשרים:
ניתן לצייר קשרים ב-4 הגדרות זווית שונות (משושה עם מרווחים של 30°, שניים
מחומשים עם מרווחים של 72° (כיוון שונה), ומתומן 45° i). (בינוני
זוויות אפשריות גם בכל המצבים האלה - פשוט התעלם מנקודות הסמן בזה
מקרה).

בוחר סגנון הקשר במרכז סרגל הכפתורים קובע את סוג הקשר כלומר
נמשך - בתחילה, זהו קשר יחיד. אם אתה רוצה לשנות את סוג האג"ח מאוחר יותר,
או לחץ עליו עם הכפתור האמצעי של העכבר כדי להתקדם לסוג(ים) הבאים, או
בחר את הסוג המתאים בבוחר ולאחר מכן עבור למצב bondtype ובחר הכל
איגרות חוב שאתה רוצה לשנות לסוג החדש. (הצבע המשמש לקשר הוא
מתעדכן בו-זמנית במידת הצורך.) לחיצה על כפתור העכבר האמצעי ב-bond כאשר נכנס
מצב 'Bondtype' הופך את הכיוון של הקשר הזה.

שימוש בלחצן העכבר השלישי (בדרך כלל הימני) מוחק את הקשר ליד הסמן
עמדה.

סוגי האג"ח הזמינים הם:

· קשר יחיד

· קשר כפול

· קשר כפול (קו קצר יותר בצד השני)

· קשר כפול ממורכז

· קשר משולש (קווים אגפים קצרים מהמרכז)

· קשר משולש (עם אורכי קו שווים)

· קשר מרובע

· קשר בצורת טריז

· קשר בצורת טריז מקווקו

· קו גלי

· חצי חץ

· חץ רגיל

· קשר רחב

· מעגל

· קו מקווקו

· קשר יחיד חופף (אשר חותך קטע מכל קשר שהוא חוצה)

· אונה מסלולית pi קלה

· אונה מסלולית pi כהה

חצי אוטומטי ציור of טבעות:
ניתן לצייר בקלות טבעות של 3 עד 12 איברים על ידי החזקת מקש Ctrl לחוץ בזמן ציור א
קַו. קו זה יהפוך אז לקטע הראשון של טבעת שנמשך אוטומטית
בכיוון השעון. גודל הטבעת מוגדר כברירת מחדל לגודל המתאים לבחירה
מצב ציור (כלומר 5, 6 או 8 צדדים), אך ניתן להגדיר אותו על בסיס טבעת על ידי לחיצה
Ctrl- לפני ציור הטבעת, כאשר המספרים 3-9 תואמים ל-3 עד 9 חברים
טבעות, בעוד ש-0 עד 2 בוחרים טבעות של 10, 11 ו-12 איברים, בהתאמה.

ניתן למחוק טבעות שצוירו לאחרונה על ידי לחיצה על Ctrl וכפתור העכבר 3 יחד.

ציור of מעוקל שורות:
ניתן לצייר קווים מעוקלים עבור עצמים כמו חצים או אונות מסלוליות במצב עקומת ספליין על ידי
ציון ארבע נקודות בקרה היוצרות מצולע תוחם (נקודת התחלה, שתי נקודות על
משני צדי הפסגה, נקודת קצה). מבין סוגי הקשרים הרגילים הזמינים בתפריט הסגנון,
'קו בודד', 'חצי חץ', חץ ו'קו מקווקו' שומרים על תפקידם הרגיל, בעוד
הסוג 'קו רחב' משמש לציון מצולע מלא. נקודות הבקרה הן בלבד
גלוי ב להזיז מצב, שבו ניתן לגרור אותם כדי לשנות את צורת העקומה לאחר מכן
זה מצוייר.

הגדרת קשר סגנון
במצב סגנון קשר, לחיצה על כל קשר בתרשים משנה את הייצוג שלו ל-
סוג שנבחר בתפריט הנפתח שליד סוּג לַחְצָן.

סוג האג"ח הנוסף הזמין בתפריט הנפתח,

חץ מעוקל

זמין רק לציור. זהו למעשה קיצור דרך לאחד מציורי העקומה
פונקציות שתוארו לעיל, עם נקודות הבקרה השנייה והשלישית באופן אוטומטי
נוצר. ככזה, לא ניתן להמיר אותו לאף אחד מסוגי האג"ח הקונבנציונליים או ממנו.

(עם זאת ניתן להמיר אותו לכל אחד מסוגי העקומה האחרים, למשל כדי לשנות את הסוג של
ראש חץ). בדרך כלל יהיה צורך להתאים את צורת החץ על ידי הזזת
נקודת בקרה המופיעה לצידה במצב 'הזז'.

מכניס טֶקסט
ניתן למקם טקסט שנכתב בתיבת הטקסט עם הסמן ועשוי להופיע משמאל,
מיושר באמצע או ימינה בשרטוט. גודל טקסט וצבע ניתנים לבחירה מתוך קבוע
רשימה של אפשרויות. ישנם שני תווים מיוחדים לשימוש עבור תת-כתובת עילית
הדמות הבאה:

'^' כדי להזיז למעלה (למשל N^+)

'_' כדי להזיז למטה (למשל CH_3)

תו הבקרה '|' משמש להטיית הדמות הבאה, כמו ב-|t-Bu.

ניתן לבחור סוג גופן מודגש, המשמש בדרך כלל למספור תרכובות, על ידי הקדמת ה-
תו עם '#'.

התו המיוחד '@' עובר למצב סמל, המשתמש בסמל X11 הסטנדרטי
גוֹפָן. כל המקשים האלפביתיים מייצרים את התווים היווניים המתאימים במצב זה, ו
מספר סמלים אחרים זמינים אם המקבילות הסטנדרטיות שלהם ל- Latin1 כבר קיימות
ממופה על המקלדת:

ין -> אינסוף

מקף -> למעלה

מקרון -> חץ למטה

הסמלים 'פלוס' ו'רשום' (סימן מסחרי) כבר נמצאים בגופן הסטנדרטי,
למרות שהם בדרך כלל אינם זמינים במקלדת. השתמש בפקודות הבאות (או
הוסף את ההצהרות שלך .xmodmaprc ) כדי להפוך אותם לזמינים באמצעות +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R רשום' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P plusminus' \
-e 'keysym u = u מקף U' \
-e 'keysym d = d D macron'

(זה מוביל ל-AltGr-P = פלוסמינוס, AltGr-R = רשום במצב רגיל ו-AltGr-O =
אינסוף, AltGr-U = למעלה, AltGr-D = חץ למטה בגופן סמל).

עבור דיאגרמות 'נקודות-וצלבים', המיפויים הבאים לגופן הסמל עשויים להיות
שימושי: acute -> cross (למשל keysym x = x X acute) נקודה אמצעית -> נקודה מלאה (למשל keysym
d = d D periodcentered) (באמצעות סימן המעלות עבור הנקודה הפתוחה).

גרסאות מעגליות של סימני הפלוס והמינוס לציון מטען יוני זמינות כ-@+
ו-@.

כאשר ברצונך להשתמש בסמלים ככתב משנה או כתוביות עילית, מקם את הכתובת המשנה או העילי
תו לפני התו '@', למשל K_@a .

במצב טקסט, לחצן העכבר הימני מוחק את התווית במיקום הסמן. מִשְׁתַנֶה
ניתן לבצע את הגודל, הגופן או הצבע של תווית על ידי לחיצה ימנית עליה לאחר בחירת ה-
השילוב הרצוי של ההגדרות. כאשר תיבת הזנת הטקסט מעל אזור הציור ריקה,
רק ההגדרות מתעדכנות מבלי לשנות את תוכן התווית, אחרת
טקסט התווית מוחלף גם כן. אם ברצונך להעתיק את הטקסט של תווית קיימת ל-
תיבת הזנת טקסט, לחץ עליה בלחצן העכבר האמצעי.

תיוג קיצורי דרך
בכל מצבי ציור הקשר, מספר קיצורי מקלדת זמינים להוספת סמלי אטום
מבלי לצאת ממצב ציור. התווית ממוקמת במיקום הציור הנוכחי
(נקודת הסיום של הקו האחרון שצויר, או הנקודה שנלחצה עליה לאחרונה).

המקשים 'c','h','n','o','s','p' ו-'r' מכניסים את האות הגדולה המתאימה, 'l'
(L קטן) מוסיף 'Cl', בעוד '1', '2', '3' מוסיף CH,CH_2 ו-CH_3, בהתאמה. ה
מקש כוכבית (*) מוסיף עיגול מלא.

לחיצה פעם אחת על מקש הרווח מאפשרת לך להזין תוויות שרירותיות, שיוצבו ב
המיקום הנוכחי בעת לחיצה על מקש Return.

ציור אלקטרון זוגות
ניתן להשתמש במקשי לוח המקשים המספרי כדי לצייר קווי 'זוג אלקטרונים' קצרים ליד
סמל אלמנט - אם מדמיינים את סמל האלמנט יושב על מקש '5' המרכזי,
כל מפתח מצייר את זוג האלקטרונים המתאים למיקומו. בשימוש יחד עם
מקש Shift, שתי נקודות מצוירות במקום קו - פשוט מחק שוב אחת מהנקודות אם
אתה צריך מספר אי-זוגי של אלקטרונים.

מספור אטומים
למספור מהיר של האטומים במולקולה, עבור לאחד ממצבי הטקסט, החזק לחוץ
מקש Control ובחר כל אטום ברצף עם לחצן העכבר השמאלי. סִפְרוּר
מתחיל ב-1, וניתן לאפס את הרצף בכל עת על ידי לחיצה על לחצן העכבר הימני.
אם אתה צריך להשתמש בסכימת המספור שלך, לחץ על הכפתור האמצעי (בעודך
לחיצה ממושכת על מקש Control) גורמת לו לקלוט את כל המספר בשדה הזנת הטקסט.

מִרכּוּז
אם אין מספיק מקום למולקולה שלך אתה יכול לשים אותה באמצע הסדין
עם הכפתור המרכזי.

יצוא ל זר An University you
אתה יכול לייצא את המולקולות שלך כמפת סיביות X, תמונת PNG או EMF, מובלעת
קובץ postscript, קובץ קלט עבור בריאן סמית' xfig(1) תוכנית, גרסה MDL. 2000 מולפיל
להחלפת נתונים עם חבילות מסחריות, קובץ SVG עבור דפי אינטרנט XHTML, או ב-
פורמט PicTeX להכללה ישירה במסמכי LaTeX. ה-PicTeX, PNG, EMF ו
פונקציות הפלט של Postscript מסתמכות על fig2dev81) תוכנית מה- transfig(1) חבילה
והם זמינים רק כאשר תוכנית זו זוהתה בעת האתחול. אם ה fig2sxd(1)
התוכנית מותקנת, אפשרות ייצוא נוספת זמינה עבור פורמט OpenOffice SXD.
באופן דומה, אם מותקנת תוכנית (פתוח) babel, תפריט ייצוא נוסף מספק
גישה לכל סוגי הקבצים הנתמכים על ידי כלי זה הופכת לזמינה.

אתה יכול ליצור את הפלטים בגדלים שונים לפי סולם הזום הנוכחי.
ניתן ליצור קבצי Postscript ו-PicTeX גם בקנה מידה שרירותי שניתן לבחירה ב-
תפריט ייצוא קבצים.

ניתן להגדיר אפשרות בתפריט התצורה להתקשר fig2dev בשפה בינלאומית
מצב, אשר יציג אוטומטית כל טקסט שנכתב בגופן החלופי (Times) באמצעות
הגופן שלאחר הכתב המתאים למקום הנוכחי (כרגע קרואטית, קירילית,
צ'כית, הונגרית, יפנית, קוריאנית, פולנית). ראה את fig2dev תיעוד לפרטים.

כדי לכלול את קובץ PicTeX במסמך ה-LaTeX שלך, תזדקק לחבילת המאקרו pictex.
בהתאם לגרסאות שבהן אתה משתמש, ייתכן שיהיה עליך גם לטעון את חבילת 'צבע' ב-
ההקדמה של קובץ ה-LaTeX שלך. אם אתה נתקל בהודעות שגיאה 'עבר קיבולת ה-TeX',
הגדל את הפרמטר extra_mem_bot שלך texmf.cnf קובץ (בדרך כלל ב
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). פיקטקס ידוע ביוצא דופן שלו
(לפי תקני טקס) דרישות זיכרון, וההגדרות הסטנדרטיות אינן מתייחסות לכך
(למרות שאתה עשוי למצוא הערה א-לה 'שנה את זה אם אתה משתמש ב-pictex' ב- texmf.cnf
קוֹבֶץ). משהו כמו extra_mem_bot=400000 לא אמור לפגוע באף מודרני בינוני
מערכת.

הדפסה ציורים
מאז גרסה 1.5, הדפסה ישירה של דיאגרמות למכשיר הדפסה בעל יכולת Postscript (או
בדרך כלל יותר תור הדפסה עם Ghostscript) אפשרי. גודל הנייר,
הגדלה, שם המדפסת ופקודת ההדפסה לשימוש (כרגע lp(1), lpr(1)
or kprinter(1)) ניתן לאחסן בתיבת הדו-שיח של התצורה.

בחירה את כל or חלקים of a ציור ל טרנספורמציות:
באמצעות כפתור 'סמן', תוכל לבחור בקלות חלקים מהציור הנוכחי על ידי צירוף
אותם עם מלבן 'גומייה'.

אם אתה צריך להוסיף אטומים מחוץ לאזור המלבני לבחירה שלך, פשוט צייר
גומייה נוספת סביבם תוך לחיצה ממושכת על מקש Ctrl.

החלקים שנבחרו יופיעו מודגשים בכחול וזמינים מיד עבור

נע פשוט גרור את הקטע למיקום הרצוי עם העכבר תוך כדי לחיצה
למטה את לחצן העכבר השמאלי. (אם אתה רק צריך להזיז אטומים בודדים או
איגרות חוב, אתה יכול פשוט לבחור ולגרור אותם במצב 'הזז' מבלי לסמן
אותם קודם).

סיבוב תנועה אופקית של העכבר מתורגמת לסיבוב חלק סביב
נקודת ציר נבחרה בעת לחיצה על לחצן העכבר

מרפרף (שיקוף) את השבר על מישור מראה אופקי או אנכי דרך
המרכז שלו: זה מבוצע על ידי לחיצה על כפתור התפריט המתאים

הַעתָקָה לחיצה על כפתור התפריט 'העתק' יוצרת עותק מדויק של הנבחר
שבר מעט מקוזז למקור. הסימן הוא אוטומטי
הועבר לעותק החדש.

שינוי קנה מידה תנועת עכבר אופקית מתורגמת לעלייה או ירידה חלקה של
גודל השבר המסומן

מוחק כדי למחוק את הקטע המסומן, פשוט לחץ על השלישי (בדרך כלל הימני)
לחצן העכבר לאחר סימון.

מסגור בחירה באחד מהסמלים מהרשימה הנפתחת של סגנונות המסגרת והסוגריים
מצייר את האובייקט המתאים, למשל זוג סוגריים עגולים, מסביב ל
קטע מודגש.

מיטוב לחיצה על הסמל 'דלי ומטאטא' מפעילה פונקציה שמסירה
חופפים (כפולים) קשרים ותוויות מהציור ומיישר
קווים שהם כמעט אופקיים או אנכיים.

מוסיף קוֹדֶם הציל דמויות:
כדי להוסיף מולקולה נוספת מציור chemtool שנשמר בעבר, בחר אותה בקובץ
חלון בחירה שעולה כאשר אתה לוחץ על כפתור 'הוסף'. לחיצה בודדת על כל אחד
שם הקובץ ברשימה מציג תצוגה מקדימה קטנה של המולקולה כדי לסייע בבחירה. ה
מולקולה חדשה שנוספה הופכת לפעילה אוטומטית כך שניתן למקם אותה מחדש
הרצוי.

אם אתה רוצה להוסיף אותו למיקום מוגדר מראש על מולקולה אחרת, אתה יכול לסמן זאת
אתר מצורף על ידי לחיצה ימנית עליו במקום לגרור את מלבן הסמן. קטן
נקודה ירוקה תופיע במה שהוא כעת מיקום הייחוס עבור החלק החדש. אם תחסוך
מולקולות עם סט סמנים כזה, זה בתורו יגדיר את אתר ההתקשרות שלהם כאשר הם
מתווספים לציור אחר.

מוסיף אחד of מה היא מוגדר מראש תבניות:
בחירה ב'תבניות' מתפריט 'כלים' פותחת חלון שני עם אוסף קטן
של מבנים מוגדרים מראש. פשוט לחץ על התמונה של המולקולה הרצויה כדי להוסיף אותה
הציור שלך. ניתן להשאיר את חלון התבנית פתוח לאורך הפעלת chemtool - אם כן
מוסתר על ידי חלון אחר, אתה יכול להעביר אותו לחזית על ידי בחירה בתפריט 'תבנית'
שוב ב-chemtool.

הנתונים במערכת התבניות שונים מציורי chemtool רגילים רק על ידי העובדה
הם מאוחסנים בתוך התוכנית, ובפורמט מעט מביך (קואורדינטות x ו-y
מופיע בנפרד בקובץ המקור templates.h). אלה נועדו לספק א
ערכת בסיס נוחה זמינה לכל המשתמשים, אך אינה ניתנת להרחבה בנפרד (ניתן להשתמש
הפונקציה 'הוסף' עבור המבנים שלך). אנא הודע לנו אם אתה רוצה ספציפי
מולקולות שנוספו לתבניות - השם שלהן או באופן אידיאלי קובץ ציור רגיל של chemtool
זה כל מה שאנחנו צריכים. (שלח מייל ל [מוגן בדוא"ל])

יבוא זר פילה An University you
Chemtool מספק פונקציות לייבוא ​​קבצים בפורמט PDB המשמש את החלבון
מסד נתונים (ולפי רוב חבילות המודלים המולקולריים) ופורמט ה-molfile הקנייני של MDL
בשימוש על ידי ISISdraw ומובן על ידי חבילות שרטוט מבנה ומסד נתונים אחרים
חזיתות.

מכיוון ששניהם פורמטים של קבצים תלת-ממדיים, בעוד ש-chemtool מטפל רק בהקרנות דו-ממדיות, מיובאות
מולקולות נקראות בהתחלה לאחסון זמני ומוצגות בכחול על הבד.
לאחר מכן ניתן לסובב ייצוג תלת מימדי זה באמצעות העכבר. רק לאחר לחיצה על החזרה
מקש במקלדת האם הוא מומר להקרנה דו-ממדית סופית שניתן לערוך. בזמן
ייבוא ​​תלת מימדי כזה מתבצע, כל פונקציות הציור והעריכה הרגילות מושבתות.

עם יבוא MDL molfile, תוויות אטומי הפחמן נזרקות אוטומטית. עבור PDB
ייבוא, ניתן לבחור את כמות התוויות בתיבת שיח בחירת הקובץ, המציעה
שימור של כל התוויות, רק אלה של אטומים שאינם מימן, או רק הלא-מספרי
חלק מהתוויות.

אם התוכנית Babel מותקנת - או הגרסה המקורית שנכתבה על ידי Pat Walters או
המאמץ האחרון של OpenBabel - chemtool יציע אוטומטית אפשרות תפריט עבור
ייבוא ​​מכל אחד מפורמטי הקבצים התומך בהם.

קביעה סכום נוסחה ו מולקולרי משקל:
ההפצה מכילה תוכנית עוזר, cht(1), מאת Radek Liboska (פראג) לחשב
נוסחת סכום ומשקל מולקולרי (מדויק) מקובץ ציור של chemtool. זה גם
זמין מתוך chemtool כדי לחשב נתונים אלה עבור המבנה הנוכחי או א
קטע מסומן ממנו. cht ניתן להטעות על ידי קשרים כפולים (chemtool אינו מסיר
קשרים חופפים, כגון שהם עלולים לנבוע מחיבור מערכות טבעת, באופן אוטומטי) ו
על ידי סמל 'טבעת ארומטית', לכן עליך להימנע מאלה ולבדוק את סבירות ה-
נוסחת סכום שנוצרה במידת האפשר.

ציור פונקציות לֹא זמין בתוך Chemtool:
עבור תכונות שאינן נתמכות כעת על ידי chemtool, כמו פונקציות כלליות של ציור קווים,
מקבל את חבילת הציור XFig של Brian Smith xfig מומלץ מאוד. בערך היחיד
הדבר שהוא לא מציע הוא תמיכה בסוגי קווים 'כימיים' וזוויות ציור - כלומר
מדוע chemtool נכתב כמעין תוכנית נלווית. (כנראה שיהיו יותר
אפשרויות הציור הדרושות ביותר נוספו ל-chemtool לאורך זמן, אך משכפלים את
תכונות כלליות יותר של xfig נראה חסר טעם.)

השתמש ב-chemtool באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net