circos - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \____\___/|____/

סיבוב זה טוב

circos - יצירת גרפיקת מידע מורכבת באופן מעגלי

תַקצִיר

# נחשו את מיקום קובץ התצורה
קרקסים

# השתמש בקובץ תצורה ספציפי
circos -conf circos.conf [-שקט]

# אבחון מודולים נדרשים
circos -מודולים

# דף אדם
circos -גבר

# איתור באגים מפורט עבור רכיבי קוד
#ראה http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]

# איתור באגים מלא
circos -debug_group _all

# תצורה dump של בלוק (או עץ בלוק) של
# כל הפרמטרים התואמים REGEXP (אופציונלי)
circos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}

# עוקפים פרמטרים של תצורה
circos -param image/radius=2000p -param ideogram/show=no

# בשביל הכיף - עשה אקראי את כל הצבעים בתמונה למעט
# COLOR1 ו-COLOR2
circos -צבע אקראי COLOR1,[COLOR2,...]

תיאור

Circos מיועד להמחשת נתונים בפריסה מעגלית, אידיאלית לחקר מערכות יחסים
בין עצמים או עמדות. ישנן סיבות אחרות מדוע פריסה מעגלית היא
יתרון, לא פחות מכך העובדה שהוא אטרקטיבי.

Circos זה לא פתרון. זהו כלי לפתרון בעיות הדמיה. על נתון
בעיה, לא מובטח לך שזה מתאים.

יש לך שליטה עדינה על האופן שבו כל רכיב נתונים מוצג, מה שעוזר לך להתאים
בולטות לעניין.

תְצוּרָה

הגדרות נועדו לעבור באמצעות קובץ תצורה של טקסט רגיל. הקובץ הזה יכול להיות
נוצר באופן ידני או על ידי סקריפט אחר, המאפשר ל-Circos להיות אוטומטי לחלוטין.

לתיעוד מלא, ראה

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

תחביר
התצורה היא בטקסט רגיל ומורכבת מבלוקים היררכיים. כמה בלוקים, כגון
" הם חובה, בעוד שאחרים כמו " הם אופציונליים.

כדי להתחיל, עיין במדריך המהיר.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

קובץ תצורה טיפוסי עשוי להיראות כך

# גודל ופורמט תמונה

...


# מיקום וגודל של אידיאוגרמות

...


# מיקום, סוג ופורמט של רצועות נתונים


...

...


# צבעים, גופנים ודפוסי מילוי
>

# פרמטרי מערכת
>

מודולריות
ההנחיה "> מייבאת קובץ תצורה אחד לאחר. זֶה
המתקן עוזר לשמור על קבצי תצורה מודולריים.

הגדרות פרמטרים שאינן משתנות לעתים קרובות, כגון הגדרות צבע וגופן,
מיובאים בדרך כלל מקבצים שנמצאים ב וכו/ בהפצה.

במדריכים תגלו שהבלוקים " ו-" מיובאים לתוך
קובץ התצורה הראשי. מכיוון שהבלוקים האלה יכולים להיות גדולים למדי, העיקריים
קובץ התצורה קריא יותר אם הם מועברים לקבצים נפרדים.

מגבילים עם *
כדי לעקוף פרמטר שנכלל מקובץ, השתמש בסיומת "*". הסיומת
נדרש מכיוון שאינן מותרות הגדרות מרובות של פרמטר, למעט מקרים
כאשר פרמטר הוא עשוי להיות בעל יותר מערך אחד.


קובץ אחד כלול מגדיר 'רדיוס'
>
# זה יעקוף את ערך הרדיוס
רדיוס* = 2500p


ניתן לחזור על הסיומת "*" כדי לציין איזה ערך מקבל עדיפות בבלוק.

רדיוס = 1500p
רדיוס* = 2500p
רדיוס** = 3000p # ישמש מופע זה של רדיוס

מגבילים עם פיקוד קו
ניתן לציין כל פרמטר תצורה בשם בלוק ייחודי בשורת הפקודה
באמצעות

-param PATH/PARAM=ערך

לדוגמה,


להראות = לא
...


-param ideogram/show=no

ו



ברירת מחדל = 0.01r

...


-param ideogram/spacing/default=0.01r

מתי conf() משמש בקובץ התצורה כדי לאחזר את הערך של פרממטר (כל
פרמטר, לא רק אלה שנקבעו על ידי -param), אתה מקבל מערכת גמישה לשינוי
תצורה בשורת הפקודה.

מין = אדם
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(species).txt

-פארם מינים=חולדה

ניתן להגדיר מחדש מספר פרמטרים, כל אחד עם דגל "-param" משלו

-param show_ticks=no -param image/radius=2000p

מתמזג אבני
מופעים מרובים של הבלוקים הבאים מתמזגים אוטומטית: ",
", ", ", ", ", " ו-".

המטרה של זה היא לאפשר לך להוסיף להגדרות קנוניות.

# קובץ זה מגדיר ברירת מחדל , ו-
>

# הוסף לבלוק הצבעים

mycolor = 150,25,25

אפשרויות

תְצוּרָה
-configfile FILE
שם קובץ התצורה. זה נדרש.

Circos ינסה לנחש את מיקומו של קובץ זה, תוך חיפוש "circos.conf" ב
".", ".." ו-"../ ..".

תְפוּקָה פוּרמָט
-png, -nopng
-svg, -nosvg
החלפת פלט של קובצי PNG ו-SVG.

תמונה גורמים
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
תעקוף את הצגת הקרציות והתוויות שלהן. שניהם מוגדרים בדרך כלל ב-
לחסום .

תְפוּקָה נתיבים
-outputdir DIR, -dir DIR
-outputfile FILE, -file FILE
שנה את ספריית הפלט ואת שם הקובץ. ה-FILE יכול להכיל נתיב.

Debugging
-לנפות
הפעל פלט איתור באגים בסיסי. מדווח מידע מ

תמונה, io, שכבה, סיכום, טיימר

קבוצות ניפוי באגים (ראה להלן).

-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
הפעל פלט ניפוי באגים עבור קבוצות ספציפיות. לרשימת קבוצות, ראה

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

כדי להוסיף קבוצה לקידומת הפלט, יש להזין אותה ב-+. כדי להסיר אותו, עם -.

# השתמש בקבוצות ניפוי באגים המוגדרות כברירת מחדל אך אל תכלול שכבה ו-io
-debug -debug_group -שכבה,-io

# השתמש בקבוצות ניפוי באגים המוגדרות כברירת מחדל והוסף מרווחים
-debug -debug_group +רווח

# ציין במפורש את הקבוצות
-debug_group png,io,טיימר

כדי לרשום את הקבוצות הנתמכות, השתמש בדגל ללא ארגומנט

-debug_group

-time
דווח על מידע על תזמון. זהה ל-debug_group +טיימר

-שקט
אין ליצור דיווח.

-פרנואיד, -נופרנואיד
הפעל במצב פרנואיד (ברירת מחדל), או לא. ברירת המחדל עבור הגדרה זו מוגדרת על ידי
'פרנואיד' ב-etc/housekeeping.conf.

-אזהרות, -אזהרות
הצג אזהרות, או לא (ברירת מחדל). ברירת המחדל עבור הגדרה זו מוגדרת על ידי
'אזהרות' ב-etc/housekeeping.conf.

-מזייף =פריט -מזויף CAT =פריט -שגיאה מזויפת ,ID =פריט -מזויף CAT,ID
זיוף שגיאה על ידי הצגת הודעת השגיאה עבור קטגוריה CAT ומזהה שם שגיאה. אם
אחד או אף אחד מהם מצוינים, מפרט אילו שגיאות זמינות.

אלא אם כן אתה באמת נהנה לראות הודעות שגיאה, לא אמורה להיות סיבה קטנה עבורך
רוצה להשתמש בזה.

נוֹהָג
-הפך
הצג את הגרסה.

עזרה
הצג תקציר שימוש קצר.

-איש
הצג דף אדם.

שוטים Around,en
-צבע אקראי [color1,color2,...]
הפוך את הצבע באקראי של כל אלמנט בתמונה, למעט רשימה אופציונלית של
צבעים.

לדוגמה, כדי לשמור על הרקע לבן וכל דבר שהוא שחור,

-צבע אקראי לבן, שחור

השתמש ב-circos באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net