cleanasn - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

cleanasn - ניקוי אי סדרים באובייקטים של NCBI ASN.1

תַקצִיר

cleanasn [-] [-A שם הקובץ] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L שם הקובץ] [-M שם הקובץ]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i שם הקובץ] [-j שם הקובץ] [-k שם הקובץ] [-m str] [-n נתיב]
[-o שם הקובץ] [-p נתיב] [-q נתיב] [-r נתיב] [-v נתיב] [-x שלוחה]

תיאור

cleanasn היא תוכנית שירות לניקוי אי סדרים באובייקטים של NCBI ASN.1.

אפשרויות

סיכום האפשרויות כלול להלן.

- הדפס הודעת שימוש

-A שם הקובץ
קובץ רשימת ההצטרפות

-C str פעולות רצף, לפי הדגלים ב-str:
ג דחיסה
ד דחיסת
v פערים וירטואליים בתוך רצף מפולח
s המר סט מפולח לרצף דלתא

-D str נקה מתארים לפי הדגלים ב-str:
הסר כותרת
ג הסר הערה
n הסר את כותרת ה-Nuc-Prot Set
הסר את כותרת ה-Pop/Phy/Mut/Eco Set
מ' הסר את כותרת ה-mRNA
p הסר את כותרת החלבון

-F str תכונות ניקוי, לפי הדגלים ב-str:
u הסר אובייקטי משתמש
ד הסר את db_xrefs
הסר /עֵדוּת ו /הסקה
r הסר xrefs של גנים מיותרים
f נתיך תכונות כפולות
k תכונות קידוד חבילה של אזור או חלקים
z מחק או עדכן מספרי EC

-K str בצע ניקוי כללי, לפי הדגלים ב-str:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (באמצעות כלי שירות חיצוני)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n נרמל סדר מתאר
u הסר אובייקטי משתמש של NcbiCleanup
ג סנכרון קודים גנטיים
ד סנכרון מחדש של חלקי CDS
m סנכרון מחדש של חלקי mRNA
• סנכרון מחדש של חלקי פפטיד
התאם חיבור קונצנזוס
i קדם ל-Seq-ID "הגרוע ביותר".

-L שם הקובץ
קובץ לוג

-M שם הקובץ
קובץ מאקרו

-N str נקה קישורים לפי הדגלים ב-str:
o קישור CDS mRNA על ידי חפיפה
p קישור CDS mRNA לפי מוצר
r הקצאה מחדש של מזהי תכונה
ו תקן מזהי תכונה הדדית חסרים
ג נקה מזהי תכונה

-P אפשרויות פרסום:
a הסר את כל הפרסומים
s הסר את המספר הסידורי
ו הסר איור, מספור ושם
r הסר הערה
u עדכן פרסום PMID בלבד
# החלף שלא פורסם ב-PMID

-Q str להגיש תלונה:
ג ספירת שיא
r דוח ASN.1 BSEC
דוח ASN.1 SSEC
n דוח NORM לעומת SSEC
דו"ח PopPhyMutEco AutoDef
o דוח חפיפה
l קו רוחב-אורך מדינה שונה
ד רישום הבדלי SSEC
g GenBank SSEC הבדל
f asn2gb/asn2flat הבדל
h Seg-to-delta GenBank diff
v Validator SSEC diff
m מודרניזציה של גנים/RNA/PCR
u חיפוש פאב שלא פורסם
p פורסם ב-Pub Lookup
j דוח יומן ללא אינדקס
x סריקה מותאמת אישית

-R אחזור מרחוק מ-ID (מסדי נתונים של רצף NCBI)

-S str מסנן הבדלים סלקטיבי (דילוג על אותיות רישיות)
s SSEC
ב BSEC
מחבר
p פרסום
l מיקום
r RNA
q סדר מיון של מוקדמות
ג בלוק Genbank
k מאפייני חבילת CdRegion או חלקים
ז הזז פרסום
o השאר פרסום כפול של Bioseq
ד קו הגדרה אוטומטי
e Pop/Phy/Mut/Eco Set שורת ההגדרה

-T בדיקת טקסונומיה

-U str מודרניזציה, לפי הדגלים ב-str:
g גנים
r RNA
p PCR Primers

-V str הסר תכונות לפי חומרת המאמת:
r לדחות
e שגיאה
w אזהרה
אני מידע

-X str אפשרויות שונות, לכל str:
ד קו הגדרה אוטומטי
e Pop/Phy/Mut/Eco Set שורת ההגדרה
n יצירת כותרת NC
מ' מופעי תארי NM
x כותרות XM מיוחדות
p יצירת כותרות חלבון
ג צור mRNA עבור רצפי קידוד
ו תקן protein_id/transcript_id הדדי

-Z str הסר את אובייקט המשתמש שצוין

-a str סוג ASN.1
a כל (ברירת מחדל)
e Seq-entry
b Bioseq
s Bioseq-set
m Seq-submit
• עיבוד אצווה [מחרוזת]

-b קלט ASN.1 הוא בינארי

-c קלט ASN.1 הוא דחוס

-d str מסד נתונים מקור
a כל (ברירת מחדל)
g GenBank
e EMBL
ד DDBJ
b EMBL או DDBJ
r RefSeq
n NCBI
v רק רצפים מפולחים
w אל תכלול רצפים מפולחים
x אל תכלול EMBL/DDBJ
y אל תכלול gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f str מסנן מחרוזת משנה

-i שם הקובץ
קובץ קלט בודד (ברירת המחדל הוא stdin)

-j שם הקובץ
שם הקובץ הראשון

-k שם הקובץ
שם הקובץ האחרון

-m str מצב קובץ שטוח:
r שחרר
e Entrez
s נצנצים
ד לזרוק

-n נתיב
asn2flat קובץ הפעלה (ברירת המחדל היא /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o שם הקובץ
קובץ פלט בודד (ברירת המחדל הוא stdout)

-p נתיב
עבד את כל הקבצים התואמים פנימה נתיב

-q נתיב
ffdiff קובץ הפעלה (ברירת המחדל היא /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r נתיב
נתיב לתוצאות

-v נתיב
asnval קובץ הפעלה (ברירת המחדל היא /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x שלוחה סיומת בחירת קבצים לשימוש עם -p (ברירת מחדל ל .ent)

השתמש ב-cleanasn באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net