זהו חיתוך הפקודה שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
Clearcut - מצטרפת שכן רגוע
תַקצִיר
חיתוך ברור --in= --out= [אפשרויות] ...
תיאור
כללי אפשרויות:
-h, - עזרה
הצג מידע זה.
-V, --גִרְסָה
הדפס את הגרסה של תוכנית זו.
-v, --מִלוּלִי
יותר תפוקה. (ברירת מחדל: כבוי)
-q, --שֶׁקֶט
פעולה שקטה. (ברירת מחדל: פועל)
-s, --זרע=
הגדר במפורש את ה-PRNG seed לערך מסוים.
-r, --נורנדום
ניסיון מצטרף באופן דטרמיניסטי. (ברירת מחדל: כבוי)
-S, --לְעַרְבֵּב
ערבב באופן אקראי את מטריצת המרחק. (ברירת מחדל: כבוי)
-N, --שָׁכֵן
השתמש באלגוריתם המסורתי של הצטרפות שכן. (ברירת מחדל: כבוי)
קלט אפשרויות:
-I, --סטדין
קרא קלט מ-STDIN.
-d, --מֶרְחָק
קובץ הקלט הוא מטריצת מרחק. (ברירת מחדל: פועל)
-a, --יישור
קובץ קלט הוא קבוצה של רצפים מיושרים. (ברירת מחדל: כבוי)
-D, --DNA
יישור קלט הם רצפי DNA.
-P, --חֶלְבּוֹן
יישור קלט הם רצפי חלבון.
תיקון דגם עבור מחשוב מרחק MATRIX (בְּרִירַת מֶחדָל: לא תיקון):
-j, --ג'וקים
השתמש בתיקון Jukes-Cantor לחישוב מטריצת מרחק.
-k, --קימורה
השתמש בתיקון קימורה עבור מטריצת מרחק.
תפוקה אפשרויות:
-O, --stdout
עץ פלט ל-STDOUT.
-m, --matrixout=מטריצת מרחק פלט לקובץ שצוין.
-n, --ntrees=
פלט n עצים. (ברירת מחדל: 1)
-e, --expblen
סימון מעריכי עבור אורכי ענף. (ברירת מחדל: כבוי)
-E, --expdist
סימון אקספוננציאלי בפלט מרחק. (ברירת מחדל: כבוי)
דוגמאות:
חשב עץ על ידי אספקת מטריצת מרחק באמצעות stdin:
חיתוך ברור --מֶרְחָק < distances.txt > treefile.tre
חישוב עץ על ידי אספקת יישור של רצפי DNA מקובץ:
חיתוך ברור --יישור --DNA --ב=יישור.טקסט --הַחוּצָה=קובץ עץ.tre
השתמש ב-clearcut באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
