cmtk-convertx - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

convertx - המר בין פורמטים של קבצי תמונה וסוגי נתונים.

תַקצִיר

convertx [אפשרויות] קובץ outfile

תיאור

כלי זה ממיר בין פורמטים של קבצי תמונה וסוגי נתוני פיקסלים. זה יכול לחול גם
פעולות תמונה פשוטות למטרות כלליות בתהליך. מספר שרירותי של פעולות
ניתן לציין בשורת הפקודה, אשר תיושם בדיוק לפי הסדר שניתן.

אפשרויות

גלוֹבָּלִי ארגז כלים אפשרויות (אלה יש לו משותף by את כל CMTK כלים)
- עזרה
כתוב רשימה של אפשרויות שורת פקודה בסיסיות לפלט סטנדרטי.

--לעזור לכולם
כתוב רשימה מלאה של אפשרויות שורת פקודה בסיסיות ומתקדמות לפלט סטנדרטי.

--וויקי
כתוב רשימה של אפשרויות שורת הפקודה לפלט סטנדרטי בסימון MediaWiki.

--איש
כתוב מקור דף אדם בסימון 'nroff' לפלט סטנדרטי.

--גִרְסָה
כתוב גרסת ערכת כלים לפלט סטנדרטי.

--הֵד
כתוב את שורת הפקודה הנוכחית לפלט סטנדרטי.

--רמת מילולית
הגדר את רמת הדיבור.

--מִלוּלִי, -v
הגדל את רמת המילוליות ב-1 (הוצא משימוש; נתמך עבור תאימות לאחור).

--חוטים
הגדר את המספר המרבי של שרשורים מקבילים (עבור שרשורי POSIX ו-OpenMP).

תמונה/טרנספורמציה מסד נתונים
--db
נתיב למסד הנתונים של תמונה/טרנספורמציה שיש לעדכן במסד החדש שנוצר
תמונה. [בְּרִירַת מֶחדָל: אף אחד]

קֶלֶט תמונה פקדים
--סט-ריפוד
הגדר ערך ריפוד: כל הפיקסלים בתמונת הקלט שיש להם ערך זה יתעלמו
בכל הפעולות הבאות.

- ריפוד לא נסגר
ערך ריפוד לא מוגדר: עבור כל הפעולות הבאות, כל הפיקסלים יטופלו
לפי ערכם.

--תוויות
ציין שיש להתייחס לערכי התמונה כאל תוויות נפרדות. זה יביא לתוצאה
בקוד הכוונה המתאים שיוגדר בקובצי פלט בפורמט NIfTI.

--אפור
ציין שיש להתייחס לערכי התמונה כרמות אפור רציפות. זה יהיה
אפס את קוד הכוונה בקבצים שנקראו מפורמט NIfTI.

נתונים סוּג המרה
--לְהַשְׁחִיר
8 ביטים, מספר שלם חתום

--בית
8 סיביות, מספר שלם ללא סימן

--קצר
16 ביטים, מספר שלם חתום

--קצר
16 סיביות, מספר שלם ללא סימן

--int
מספר שלם חתום 32 סיביות

--uint
מספר שלם ללא סימן של 32 סיביות

--לָצוּף
32 סיביות נקודה צפה

--לְהַכפִּיל
64 סיביות נקודה צפה

ערך מיפויים
--ערכי מפה
החל פונקציית מיפוי על ערכי פיקסלים. מיפוי מוגדר כ
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' למיפוי ערכים VAL0, VAL1 וכו' לערך חדש NEWVAL. אם
לא ניתן NEWVAL, הערכים מוגדרים לריפוד.

--מפה-ערכים-בלבד
החל פונקציית מיפוי על ערכי פיקסלים והחלף פיקסלים לא ממופים בריפוד.
ניתן לשרשר מספר כללי מיפוי כאלה בתור RULE0+RULE1[+...]; את כל
כללים משורשרים יחולו בו זמנית. מיפוי מוגדר כ
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' למיפוי ערכים VAL0, VAL1 וכו' לערך חדש NEWVAL. אם
לא ניתן NEWVAL, הערכים מוגדרים לריפוד. מספר כללי מיפוי כאלה יכולים להיות
משורשרים כ-RULE0+RULE1[+...]; כל הכללים המשורשרים יחולו
בּוֹ זְמַנִית.

--החלף-ריפוד
החלף נתוני פיקסל מרופדים בערך נתון.

--replace-inf-nan
החלף את כל הפיקסלים האינסופיים והלא-מספריים בערך נתון.

תמונה מרפרף
--flip-x
הפוך (מראה) לאורך כיוון x

--היפוך
הפוך (מראה) לאורך כיוון ה-y

--היפוך-ז
הפוך (מראה) לאורך כיוון z

תמונה מסוך ו סף
--מסכה
שם קובץ מסיכה בינארית: הסר את כל פיקסלי התמונה שבהם המסכה היא 0. פיקסלים מוסווים
לא יוגדר לאפס, אלא יוחלף בריפוד שהוגדר כעת
ערך. השתמש ב---set-padding 0' לפני '--mask' כדי לאלץ את ההגדרה לאפס.

--מסכה-היפוך
שם קובץ מסיכה בינארית הפוכה מבטלים את כל פיקסלי התמונה שבהם המסכה אינה 0. ראה
גם הערות לגבי ריפוד תחת '--mask' לעיל.

-- גורן-למטה
הגדר את כל הערכים מתחת לסף לערך סף.

-- גורן-מעל
הגדר את כל הערכים מעל הסף לערך סף.

--הסף-מתחת לריפוד
הגדר את כל הערכים מתחת לסף לערך ריפוד.

--הדק-מעל-לריפוד
הגדר את כל הערכים מעל הסף לערך ריפוד.

--binarize-thresh
הגדר את כל הערכים מתחת לסף ל-0, כל הערכים שווים או מעל ל-1.

--otsu-thresh
בינאריזה תמונה ל-0/1 באמצעות סף המחושב בשיטת Otsu. טיעון הוא מספר
של פחי היסטוגרמה לחישוב סף.

--otsu-thresh-nbins
בינאריזציה בשיטת Otsu עם מספר פחי היסטוגרמה המוגדרים על ידי המשתמש עבור
חישוב סף.

--שזיף-היסטוגרמה
תמונת סף על ידי 'גיזום היסטוגרמה אינטנסיביות', כלומר לטיעון נתון n
[פחי היסטוגרמה] קובעים ספים כך שהשבר ה-1/n של הגבוה ביותר ו
הווקסלים הנמוכים ביותר נמצאים בסף.

--שזיף-היסטוגרמה-גבוהה
כמו '--Prune-histograms', אבל רק להסיר עוצמות גבוהות.

--Prune-histogram-low
כמו '--prune-histograms', אבל רק להסיר עוצמות נמוכות.

אינטנסיביות תמורות
--קנה מידה לטווח
שנה את עוצמות התמונה לטווח 'מ:to', למשל '0:255' לפני המרה לבייט
נתונים.

--היסטוגרמה-השוואה
החל השוואת היסטוגרמה.

--היסטוגרמה-השוואה-nbins
החל איזון היסטוגרמה עם מספר פחים.

--היסטוגרמות של התאמה
שנה עוצמות כדי להתאים להתפלגות בתמונה שסופקה כארגומנט
לפקודה זו.

--match-mean-sdev
קנה מידה של עוצמות כדי להתאים את ההתפלגות הממוצעת והסטנדרטית של העוצמות ב
תמונה מסופקת כארגומנט לפקודה זו.

מורפולוגי תפעול
--לַחֲזוֹר
החזר מסיכה בינארית, כלומר, החלף חזית ורקע.

--לשחוק
אופרטור שחיקה מורפולוגית (לפי פיקסלים)

--לְהִתְרַחֵב
אופרטור הרחבה מורפולוגית (לפי פיקסלים)

--שחוק-מרחק
מפעיל שחיקה מורפולוגית (לפי מרחק). לרוב עדיף לנתונים אנזוטרופיים.

---erode-distance-multilabel
אופרטור שחיקה מורפולוגי (לפי מרחק) עבור מפות מרובות תוויות. התוצאה תהיה
נתוני int או בתים, חסרי סימן קצרים או לא חתומים, בהתאם לאינדקס של ה-
התווית הגדולה ביותר בשימוש בקלט.

--להרחיב-מרחק
מפעיל הרחבה מורפולוגית (לפי מרחק). עדיף לעתים קרובות עבור אניזוטרופי
נתונים.

--מחוברים-רכיבים
צור מפת רכיבים מחוברים עם אזורים ממוספרים על ידי הקטנת גודל הרכיב

---boundary-map
צור מפת גבולות

--מפה מרובת גבולות
צור מפת גבולות רבת ערכים

--מפת מרחק
חישוב מפת מרחק אוקלידית ללא סימנים. תמונת קלט מתפרשת כמסיכה בינארית.

--מפת מרחק חתום
חשב מפת מרחק אוקלידית חתומה (בפנים=שלילי, מבחוץ=חיובי).

סינון תפעול
--מסנן חציוני
מסנן חציוני. פעולה זו לוקחת את רדיוס המסנן בפיקסלים כפרמטר. א
מספר שלם יחיד מגדיר את רדיוס הליבה בכל שלושת הממדים. שלושה פסיקים-
מספרים שלמים מופרדים מגדירים רדיוסים נפרדים עבור שלושת הממדים.

--- mean-filter
מסנן ממוצע אזורי. פעולה זו לוקחת את רדיוס המסנן בפיקסלים בתור
פָּרָמֶטֶר. מספר שלם יחיד מגדיר את רדיוס הליבה בכל שלושת הממדים. שְׁלוֹשָׁה
מספרים שלמים מופרדים בפסיק מגדירים רדיוסים נפרדים עבור שלושת הממדים.

--מסנן מהיר-ממוצע
מסנן ממוצע אזורי (יישום זמן ליניארי מהיר). פעולה זו לוקחת את
רדיוס מסנן בפיקסלים כפרמטר. מספר שלם בודד מגדיר את רדיוס הליבה
בכל שלושת המימדים. שלושה מספרים שלמים מופרדים בפסיק מגדירים רדיוסים נפרדים עבור ה
שלושה מימדים.

--שונות-מסנן
מסנן שונות אזורית. פעולה זו לוקחת את רדיוס המסנן בפיקסלים בתור
פָּרָמֶטֶר. מספר שלם יחיד מגדיר את רדיוס הליבה בכל שלושת הממדים. שְׁלוֹשָׁה
מספרים שלמים מופרדים בפסיק מגדירים רדיוסים נפרדים עבור שלושת הממדים.

--מהיר-שונות-מסנן
מסנן שונות אזורית מהיר (ליניארי בזמן). פעולה זו לוקחת את רדיוס המסנן
בפיקסלים כפרמטר. מספר שלם בודד מגדיר את רדיוס הליבה בשלושתם
ממדים. שלושה מספרים שלמים מופרדים בפסיק מגדירים רדיוסים נפרדים עבור השלושה
ממדים.

--מסנן של הרגע השלישי
מסנן רגע שלישי אזורי. פעולה זו לוקחת את רדיוס המסנן בפיקסלים בתור
פָּרָמֶטֶר. מספר שלם יחיד מגדיר את רדיוס הליבה בכל שלושת הממדים. שְׁלוֹשָׁה
מספרים שלמים מופרדים בפסיק מגדירים רדיוסים נפרדים עבור שלושת הממדים.

--סטיית תקן-מסנן
מסנן סטיית תקן אזורי. פעולה זו לוקחת את רדיוס המסנן בפיקסלים
בתור הפרמטר. מספר שלם יחיד מגדיר את רדיוס הליבה בכל שלושת הממדים.
שלושה מספרים שלמים מופרדים בפסיקים מגדירים רדיוסים נפרדים עבור שלושת הממדים.

--מסנן חלקות
מסנן 'חלקות' אזורי. פעולה זו לוקחת את רדיוס המסנן בפיקסלים בתור
פָּרָמֶטֶר. מספר שלם יחיד מגדיר את רדיוס הליבה בכל שלושת הממדים. שְׁלוֹשָׁה
מספרים שלמים מופרדים בפסיק מגדירים רדיוסים נפרדים עבור שלושת הממדים.

--גאוס-פילטר-סיגמא
תמונת סינון עם גרעין גאוס. פעולה זו לוקחת ערך אמיתי יחיד
פרמטר, המציין את מקדם הליבה סיגמא ביחידות העולם [למשל, מ"מ] as
הפרמטר.

--גאוס-פילטר-fwhm
תמונת סינון עם גרעין גאוס. פעולה זו לוקחת ערך אמיתי יחיד
פרמטר, המציין את רוחב הליבה המלא בחצי מקסימום ביחידות עולם
[למשל, מ"מ].

--laplace-פילטר
סינון תמונת עם גרעין לפלאסיאני משפר קצה.

רֶשֶׁת תפעול
--downsample-select
דגימת תמונה קטנה לפי בחירת פיקסלים באמצעות גורמים לכל ציר 'Fx,Fy,Fz' או שימוש יחיד
פקטור 'Fxyz'

---downsample-average
הורדת תמונה על ידי ממוצע באמצעות גורמים לכל ציר 'Fx,Fy,Fz' או שימוש יחיד
פקטור 'Fxyz'

--דגימה מחודשת
דגימה מחדש של תמונה לפיקסלים כמעט איזוטרופיים תוך שמירה על שדה הראייה של התמונה.
לוקח טיעון אחד, רזולוציית היעד ביחידות העולם [למשל, מ"מ]

--מדגם מחדש-מדויק
דגימה מחדש של תמונה לפיקסלים איזוטריים בדיוק של הרזולוציה הנתונה תוך התאמת
שדה הראייה של התמונה קרוב ככל האפשר. לוקח טיעון אחד, פתרון היעד
ביחידות עולם [למשל, מ"מ]

--יבול לפי אינדקס
חתוך תמונה לאזור שצוין על ידי קבוצה של שש קואורדינטות אינדקס רשת הניתנות כ
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--יבול לפי סף
חתוך תמונה לאזור שנקבע באמצעות סף נתון. התמונה שתתקבל תהיה
מכילים את כל הפיקסלים הגדולים מהפרמטר הנתון.

--קרופ-לפי-סף-כתיבה-אזור
חתוך תמונה לאזור שנקבע באמצעות סף נתון וכתוב אליו אזור חיתוך
פלט סטנדרטי.

--crop-by-threshold-write-xform
חתוך תמונה לאזור שנקבע באמצעות סף נתון וכתוב חיתוך
טרנספורמציה לתפוקה סטנדרטית.

מחברים

טורסטן רוהלפינג, עם תרומות ממייקל פ. האסק, גרג ג'פריס, קלווין ר.
מאורר, דניאל ב' רוסקוף וירוסלב הלצ'נקו

השתמש ב-cmtk-convertx באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net