cmtk - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

cmtk - ערכת הכלים למורפומטריה חישובית

תַקצִיר

cmtk [אפשרויות]

תיאור

סקריפט עוזר זה מספק גישה אחידה לכל כלי שורת הפקודה המסופקים על ידי CMTK.
נא לציין את הפקודה של CMTK להפעלה ואת האפשרויות שלה. לִרְאוֹת cmtk- (1) manpage או
תפוקה של cmtk - עזרה ל אפשרויות ספציפיות

פקודות

קטע
רשום תמונת יעד לאטלס, באמצעות affine ואחריו B-spline לא קשיח
רישום, ואז פורמט מחדש את מפת התווית של האטלס לתמונת היעד.

asegment_sri24
רשום תמונת יעד לערוץ נבחר של אטלס המוח האנושי SRI24, אז
פרמט מחדש את אחת ממפות התווית של האטלס לתמונת היעד. הערה: יש להניח כי
תמונת המטרה מופשטת בגולגולת, כלומר מכילה רק את המוח.

ממוצע_אפין
כלי זה מחשב את הממוצע של רצף של קואורדינטות קשורות שסופקו על ידי המשתמש
טרנספורמציות.

ממוצע_תמונות
כלי זה מחשב את ממוצע פיקסלים, שונות, סטיית תקן, ציון z או
תמונות אנטרופיה מתוך רשימה של תמונות עוצמה שסופקו על ידי המשתמש.

ממוצע_תוויות
ממוצע של תמונות תווית שנרשמו יחד עם נפחים חלקיים

avg_adm
חישוב תמונות בעוצמה ממוצעת של צורה ממוצעת ומפות דפורמציה באמצעות אקטיב
מודל דפורמציה.

concat_affine
כלי זה מחשב את השרשור המפורש של קואורדינטות אפיניות מרובות
טרנספורמציות, שכל אחת מהן ניתנת לשינוי אופציונלי.

convert_warp
כלי זה ממיר קואורדנאטת עיוות בפורמט חופשי B-spline לא קשיח
טרנספורמציות בין ייצוגים שונים (למשל, מוחלט לעומת יחסי
וקטורים). יוצר גם טרנספורמציות חלקיות.

convertx
כלי זה ממיר בין פורמטים של קבצי תמונה וסוגי נתוני פיקסלים. זה יכול לחול גם
פעולות תמונה פשוטות למטרות כלליות בתהליך. מספר שרירותי של
ניתן לציין פעולות בשורת הפקודה, אשר תיושם בדיוק ב-
צו שניתן.

dbtool
כלי זה משנה ומחפש את מסד הנתונים של התמונות והטרנספורמציות ביניהן
אותם.

dcm2image
שלב סטים של פרוסות DICOM לערימות תמונות תלת מימדיות

לתאר
כלי זה מדפיס תיאור מפורט של קבצי הקלט בתור תמונה(ות) או
טרנספורמציה(ים).

destripe
תוכנית זו מתקנת חפצי פס בערימות תמונות שנרכשו שיכולות לנבוע מכך
הבדלי סולם עוצמת בין פרוסה.

detect_adni_phantom
כלי זה מזהה את המיקומים של כל ציוני הדרך הכדוריים בתמונה תלת מימדית של
Magphan EMR051 פנטום הדמיה מבנית (המכונה ADNI Phantom).

detect_spheres_matched_filter
כלי זה מזהה עצמים כדוריים בתמונות תלת מימדיות.

dof2mat
המרת טרנספורמציה אפינית מייצוג של דרגות חופש לצורת מטריצה

dwi_mask_bad_slices
כלי זה קורא קבוצה של תמונות MR משוקללות דיפוזיה תלת-ממדית ומוצא פרוסות גרועות. רע
פרוסה בתמונת דיפוזיה מזוהה ככזו שעוצמתה הממוצעת נמצאת מחוץ ל-a
מרווח שצוין סביב הממוצע של האמצעים של כל הפרוסות המתאימות מה-
תמונות דיפוזיה שנותרו.

epiunwarp
תקן עיוות המושרה על ידי חוסר הומוגניות בשדה B0 בתמונות מישוריות של הד (למשל,
תמונות משוקללות דיפוזיה) תוך שימוש בשתי תמונות שנרכשו בקידוד פאזה מנוגדת
הוראות.

fib2image
תוצאות מעקב אחר סיבים מכלי UNC Fiber Tracking נקראות מקלט רגיל
וכל נקודות הסיבים נמשכות לתמונה תלת מימדית. התוצאה כתובה באחד מה
פורמטים נתמכים של קבצי תמונה.

fibxform
קובץ עם תוצאות מעקב אחר סיבים מכלי UNC Fiber Tracking נקרא ממנו
קלט סטנדרטי ותמורות קואורדינטות (משורשרות) אחת או יותר מוחלים
לכל קואורדינטות נקודות הסיבים. התוצאה נכתבת ל-Standard Output, שוב ב
פורמט קובץ סיבי UNC.

סרט צילום כלי זה מפצל תמונת קלט משולבת לתמונות המעבר, רושם אותן יחד,
ומשחזר תמונה מתוקנת תנועה

לסנן
כלי זה מחיל אופרטורים של סינון מרחבי, כולל רגישים ל-cnotent
מפעילים, המבוססים על גרעינים גאוסים סלקטיביים.

fit_affine_dfield
התאם טרנספורמציה קשורה ליניארית לטרנספורמציה לא קשיחה, או B-spline
דפורמציה בצורה חופשית או שדה דפורמציה לא פרמטרי.

fit_affine_xform
התאם טרנספורמציה קשורה ליניארית לרשימה של משורשרים, הפוכים אופציונליים,
טרנספורמציות.

fit_affine_xform_marks
התאם טרנספורמציה קשורה ליניארית לקבוצה של ציוני דרך תואמים.

fit_spline_dfield
התאם טרנספורמציה פרמטרית לא קשיחה (עיוות B-spline בצורה חופשית) ל-a
שדה דפורמציה

fit_spline_xform
התאם טרנספורמציה פרמטרית לא קשיחה (עיוות B-spline בצורה חופשית) לרשימה
של טרנספורמציות משורשרות, הפוכות אופציונליות.

fview

התאמה גיאוגרפית
כלי זה קורא שתי תמונות או יותר ובודק אם ממדי הרשת שלהן, פיקסל
גדלים ותמורות תמונה למרחב תואמים. לחלופין, כל התמונות הן
כיוון מחדש לכיוון סטנדרטי לפני ביצוע הבדיקה. אם כל התמונות תואמות,
הכלי חוזר עם קוד יציאה 0, אחרת הוא חוזר עם קוד יציאה 2. במקרה של
שגיאה (למשל, לא ניתן לקרוא אחת מהתמונות), קוד היציאה הוא 1.

גלמ מידול סטטיסטי של עוצמות פיקסלים במספר תמונות באמצעות כללי ליניארי
דֶגֶם.

גממ פלח תמונה למחלקות c באמצעות אלגוריתם EM עבור תערובות גאוס עם
קודמים אופציונליים.

gregxform
הכלי הזה יצא משימוש. אנא השתמש ב-streamxform במקום.

groupwise_affine
כלי זה רושם אוכלוסייה של תמונות קלט בו זמנית, ללא תבנית,
באמצעות אלגוריתם 'ההתייבשות' או מדד דמיון קבוצתי המבוסס על א
קירוב מתמשך של מידע הדדי ('RMI').

groupwise_init
חישוב יישור זיקה ראשוני עבור קבוצת תמונות קלט, שיכולות לשמש כ
קלט לרישום קבוצתי

groupwise_warp
כלי זה רושם באופן לא נוקשה אוכלוסייה של תמונות קלט בו זמנית, ללא א
תבנית, תוך שימוש באלגוריתם 'הקרשת' או מדד דמיון קבוצתי
מבוסס על קירוב מתמשך של מידע הדדי ('RMI').

האוסדורף
כלי זה מחשב את מרחק Hausdorff בין שתי תמונות תווית.

היסטוגרמה
צור היסטוגרמה של עוצמות תמונה וכתוב כקובץ טקסט מופרד בטאבים
תפוקה סטנדרטית

imagemath
בצע פעולות על תמונות באמצעות סימון postfix מבוסס מחסנית.

interleaved_bad_slices
כלי זה קורא סדרת זמן של תמונות תלת מימד ומזהה חריגים.

ממוצע_צורה_איטרטיבי

jidb כלי זה מפצל תמונת קלט משולבת לתמונות המעבר, רושם אותן יחד,
ומשחזר תמונה מתוקנת תנועה

ערכת רמות
פילוח מסוג ערכת רמות של חזית/רקע תוך שימוש בשונות אזורית מינימלית
אנרגיה

למסבא
כלי זה משלב פילוחים מרובים מחלקים משותפים רשומים ו
אטלסים שעוצבו מחדש תוך שימוש בממוצע מבוסס צורה עם משקל מקומי.

lsba כלי זה משלב פילוחים בינאריים מרובים מרישום משותף ומפורמט מחדש
אטלסים באמצעות ממוצע מבוסס צורה במשקל מקומי.

להצביע
כלי זה משלב פילוחים מרובים מפני אטלסים שנרשמו יחד ומפורמטים מחדש
באמצעות הצבעה עם משקל מקומי.

make_initial_affine
חישוב טרנספורמציה אפינית ראשונית על ידי יישור מרכזי מסה או צירים ראשיים

mat2dof
המרת מטריצת טרנספורמציה לדרגות חופש

מקפין
רישום תמונה קשורה רב-ערוצית באמצעות מבוסס היסטוגרמה או מבוסס-קו-ווריאציות
אמצעי אנטרופיה משותפת

מקווארפ
רישום תמונה B-spline לא קשיח רב-ערוצי באמצעות או מבוסס היסטוגרמה
מדדי אנטרופיה משותפת מבוססי שיתופיות

mk_adni_phantom
צור תמונה של פנטום כיול הדמיה מבנית של ADNI (הידוע גם בשם Magphan
EMR051).

mk_analyze_hdr
צור קובץ כותרת לפי פורמט Analzye 7.5 המבוסס על פרמטרים שסופקו על ידי המשתמש עבור
גיאומטריה, סוג נתונים, כיוון וכו'.

mk_nifti_hdr
צור קובץ כותרת לפי פורמט קובץ NIFTI בהתבסס על פרמטרים שסופקו על ידי המשתמש עבור
גיאומטריה, סוג נתונים, כיוון וכו'.

mk_phantom_3d
צור תמונות פנטום דיגיטליות תלת מימדיות באמצעות מבחר פקודות ציור

mrbias
תוכנית זו מתקנת חפצי חוסר הומוגניות בעוצמה בתמונות MR באמצעות הטיה
שדה מוערך באמצעות מזעור אנטרופיה.

חֲפִיפָה
חישוב מדדי חפיפה בין שתי תמונות או יותר

בדיקה
כלי זה מדפיס ערכי פיקסלים או תוויות סמליות ברשימה של תמונות שסופקו על ידי המשתמש
קואורדינטות.

pxsearch
כלי זה קורא קובץ תמונה, כמו גם רשימה של קואורדינטות פיקסלים מהתקן
קֶלֶט. עבור כל פיקסל, מחפשים שכונה מקומית בתמונה
ערך מקסימלי. המיקום של המקסימום נכתב אז לפלט סטנדרטי.

reformatx
כלי מורחב לעיצוב מחדש של נפח לחישוב תמונות ומפות יעקוביאניות מחדש
רצפים שרירותיים של טרנספורמציות משורשרות

הרשמה
תוכנית זו מבצעת רישום תמונה נוקשה ואפינית באמצעות ריבוי רזולוציות
אופטימיזציה של מדדי דמיון תמונה מבוססי ווקס.

רישוםx
תוכנית זו מבצעת רישום תמונה נוקשה ואפינית באמצעות ריבוי רזולוציות
אופטימיזציה של מדדי דמיון תמונה מבוססי ווקס.

לָסֶגֶת
רגרסיה לינארית (ופולינום מסדר גבוה יותר) של שדות דפורמציה ודימויים.

כיוון מחדש
המר בין כיווני תמונה, כלומר, סדר פיזית מחדש את מערך הפיקסלים והתאם
מידע כיוון אנטומי מאוחסן

sba פילוחים ממוצעים (שדות תווית) באמצעות טרנספורמציה של מרחק אוקלידי. את כל
תמונות קלט חייבות להיות באותו מקום. EDT מחושב גם במרחב זה. לִרְאוֹת
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 לפרטים על האלגוריתם הבסיסי.

sbai פילוחים ממוצעים (שדות תווית) באמצעות טרנספורמציה של מרחק אוקלידי. זֶה
הכלי מבצע אינטרפולציה משותפת וממוצע על ידי אינטרפולציה מה-EDT. זֶה
דורש שהקלטים יהיו טרנספורמציות מאותו קבוע ל(לא בהכרח)
תמונות נעות שונות. חישוב EDT נעשה בחלל של כל תמונה נעה.
לִרְאוֹת http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 לפרטים על הבסיס
אלגוריתם.

רצף
נתח רצף של ערכים מספריים, הנקרא מקלט סטנדרטי

דמיון
חישוב מדדי דמיון כגון הבדל בעוצמה או חפיפה בין התווית
שתי תמונות.

לפצל
פיצול תמונת נפח לתת-תמונות, כלומר להפריד תמונות משולבות למעברים

סטטיסטיקה
חישובים סטטיסטיים על עוצמות פיקסלים של תמונה, כלומר, אמצעים וסטנדרטים
סטיות

stream_pixels
כלי זה קורא תמונה אחת או יותר וכותב את כל הפיקסלים שלהן לפלט סטנדרטי
צורה בינארית. לחלופין, ניתן לכוון מחדש כל תמונה לאנטומית שצוינה
כיוון ו/או המרה לסוג נתונים אחר. זה שימושי עבור צנרת
נתוני תמונה דרך צינור, למשל, ערכת הכלים Camino DTI.

streamxform
רשימה של קואורדינטות נקודות בפורמט ASCII נקראת מקלט סטנדרטי ומשתמש-
בתנאי שיופעל רצף של טרנספורמציות קואורדינטות (כל אחת מהן הפוך באופן אופציונלי).
להם. הנקודות שעברו טרנספורמציה נכתבות לאחר מכן לפלט סטנדרטי.

סימפל
חשב את מישור הסימטריה המשוער של תמונה כדי לקבוע, למשל, את
מישור אמצע סגיטלי בתמונות המוח האנושי. צורות שונות של פלט נתמכות,
למשל, כתיבת תמונת הקלט עם מישור הסימטריה מצויר לתוכה, או הקלט
תמונה מיושרת מחדש לאורך מישור הסימטריה.

symplx
חשב את מישור הסימטריה המשוער של תמונה כדי לקבוע, למשל, את
מישור אמצע סגיטלי בתמונות המוח האנושי. צורות שונות של פלט נתמכות,
למשל, כתיבת תמונת הקלט עם מישור הסימטריה מצויר לתוכה, או הקלט
תמונה מיושרת מחדש לאורך מישור הסימטריה.

ttest
בדיקות Pixelwise של מובהקות סטטיסטית. חשב גם מתאמים וציוני z

לא מפוצל
חבר ערימות תמונות נפרדות לנפח תמונה שזירה אחת

unwarp_image_phantom
כלי זה מחשב או טרנספורמציה פולינומית או B-spline בצורה חופשית
עיוות כדי לבטל את עיוות התמונה. השינוי מבוסס על צפוי ומזוהה
ציוני דרך בתמונה של פנטום מבני שנרכש באותו סורק. להשתמש ב
כלי 'detect_adni_phantom' לזיהוי ציוני דרך של ADNI Phantom בתמונה ו
צור קובץ תיאור פנטום המתאים לשימוש עם כלי זה.

vol2csv
כלי זה מחשב את נפחי האזורים בתמונת תווית. זה מקבל באופן אופציונלי
מפות צפיפות (למשל, עבור רקמות שונות) ומחשב ומדפיס את כל האזור
תוכן לכל אחד. כמו כן, הכלי יכול לקבל מפה אופציונלית של 'נפח פיקסל' לחשבון
עבור שינויים בנפח הפיקסלים המקומיים, למשל, עקב עיוות מרחבי.

הזרקת_נפח
בנייה מחדש של נפח ברזולוציה גבוהה ממספר רשומים משותפים (ברזולוציה נמוכה)
תמונות באמצעות הזרקת נפח קדימה

נפח_שחזור
שחזור נפח איטרטיבי מתמונות שנרשמו בשיתוף באמצעות אינטרפולציה הפוכה
או טשטוש משותף

vtkxform
קובץ VTK בפורמט ASCII נקרא מקלט סטנדרטי ומקואורדינטה המסופקת על ידי המשתמש
טרנספורמציה (אופציונלית הפוכה) מוחלת על קואורדינטות הקודקוד. VTK
קובץ עם נקודות שעברו טרנספורמציה נכתב אז לפלט סטנדרטי.

לעקם תוכנית זו מבצעת רישום תמונה לא קשיח באמצעות אופטימיזציה מרובת רזולוציות
של מדדי דמיון תמונה מבוססי ווקס ו-B-spline מרובת רזולוציות
מודל טרנספורמציה.

warp2ps
כתוב שדה דפורמציה כרשת מעוותת בפורמט PostScript להדמיה ו
איור

warpx
תוכנית זו מבצעת רישום תמונה לא קשיח באמצעות אופטימיזציה מרובת רזולוציות
של מדדי דמיון תמונה מבוססי ווקס ו-B-spline מרובת רזולוציות
מודל טרנספורמציה.

xform2dfield
המרת טרנספורמציה פרמטרית קשיחה או לא קשיחה לשדה דפורמציה, נדגמה ב
מיקומי פיקסלים של תמונת התייחסות נתונה

xform2itk
כלי זה ממיר טרנספורמציות קואורדינטות מפורמט CMTK לפורמט ITK ו, ב
התהליך, מתקן גם להבדלים בקואורדינטות התמונה

xform2scalar
כלי זה מחלץ מדדים סקלרים משדות טרנספורמציות ושדות דפורמציה,
נדגמים במיקומי רשת, וכותב את התוצאות לתמונה. דוגמאות לנתמכים
מדדים סקלרים הם: מרכיב x,y,z של הטרנספורמציה, גודל ה-
טרנספורמציה, וגורמים יעקוביאנים.

מחברים

טורסטן רוהלפינג, עם תרומות ממייקל פ. האסק, גרג ג'פריס, קלווין ר.
מאורר, דניאל ב' רוסקוף וירוסלב הלצ'נקו

השתמש ב-cmtk באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net