correct_abundances - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

correct_abundances - הפעל את שלב תיקון הדמיון של שפע הגנום

תַקצִיר

נכון_שפע שמות

תיאור

הפעל את שלב תיקון הדמיון.

הערה: למרות שניתן להפעיל את המפות לקריאה ביד או ליצור את הדמיון
מטריצה ​​באופן ידני, אנו ממליצים בחום להשתמש בסקריפטים המסופקים של Python 'run_mappers.py'
ו-'create_similarity_matrix.py'.

אפשרויות

שמות: שם הקובץ של קובץ השמות; קובץ שמות הטקסט הפשוט צריך להכיל שם אחד לכל
קַו. השם משמש כמזהה בכל האלגוריתם.

-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא

-m SMAT, --מטריצת דמיון=SMAT
נתיב לקובץ מטריצת דמיון. יש ליצור את מטריצת הדמיון עם אותו הדבר
קובץ NAMES. [ברירת מחדל: ./similarity_matrix.npy]

-s SAM, --samfiles=SAM
דפוס המצביע על קבצי ה-SAM שנוצרו על ידי הממפ. מציין מיקום עבור השם
הוא "%s". [ברירת מחדל: ./SAM/%s.sam]

-b מַגָף, --bootstrap-samples=מַגָף
הגדר את מספר דגימות האתחול. השתמש ב-1 כדי להשבית את האתחול [ברירת מחדל: 100]

-o הַחוּצָה, --תְפוּקָה=החוצה
קובץ פלט טקסט רגיל המכיל את התוצאות. [ברירת מחדל: ./results.txt]

השתמש ב-correct_abundances באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net