create_matrix - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

create_matrix - חשב את מטריצת הדמיון של שפע הגנום

תַקצִיר

create_matrix [אפשרויות] שמות

תיאור

חשב את מטריצת הדמיון.

ראשית, סט קריאות מדומים עבור כל גנום התייחסות באמצעות סימולטור קריאה מ
core/tools.py שצוין באמצעות -s. שנית, הקריאה המדומה של כל מין ממופה
כנגד כל גנומי ההתייחסות באמצעות המפה שצוין עם -m. שלישית, המתקבל
קבצי SAM מנותחים כדי לחשב את מטריצת הדמיון. מטריצת הדמיון נשמרת
כקובץ numpy (-o).

אפשרויות

שמות שם הקובץ של קובץ השמות; קובץ שמות הטקסט הפשוט צריך להכיל שם אחד לכל
קַו. השם משמש כמזהה בכל האלגוריתם.

-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא

-s מַדמֶה, --מַדמֶה=מַדמֶה
מזהה של סימולטור קריאה שהוגדר ב-core/tools.py [ברירת מחדל: אין]

-r REF, --התייחסות=REF
תבנית קובץ רצף התייחסות עבור סימולטור הקריאה. מציין מיקום עבור השם הוא
"%s". [ברירת מחדל: ./ref/%s.fasta]

-m MAPPER, --מפה=מפה
מזהה של ממפה שהוגדר ב-core/tools.py [ברירת מחדל: אין]

-i אינדקס, --אינדקס=מדד
קבצי עזר לאינדקס עבור ממפה הקריאה. מציין מיקום עבור השם הוא "%s".
[ברירת מחדל: ./ref/%s.fasta]

-t TEMP, --טמפ'=TEMP
ספרייה לאחסון מערכי נתונים זמניים מדומים וקבצי SAM. [ברירת מחדל: ./temp]

-o הַחוּצָה, --תְפוּקָה=החוצה
קובץ מטריצת דמיון פלט. [ברירת מחדל: ./similarity_matrix.npy]

השתמש ב-create_matrix באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net