דיסולפינדר - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

דיסולפינדר - מנבא מצב קשר וקישוריות של ציסטינים דיסולפיד

תַקצִיר

דיסולפינדר [אפשרויות]

תיאור

'דיסולפינדר' מיועד לניבוי מצב חיבור הדיסולפיד של ציסטינים ושלהם
קישוריות דיסולפיד החל מרצף בלבד. גשרים דיסולפידים ממלאים תפקיד מרכזי
בייצוב תהליך הקיפול למספר חלבונים. חיזוי של דיסולפיד
לכן, גשרים מרצף בלבד הם שימושיים לחקר המבנים והפונקציונליים
תכונות של חלבונים ספציפיים. בנוסף, ידע על מצב הקשר הדיסולפיד
של ציסטאין עשוי לסייע לתהליך קביעת המבנה הניסיוני ויכול להיות שימושי
במשימות ביאור גנומיות אחרות. 'דיסולפינדר' מנבא דפוסי דיסולפיד לשניים
שלבי חישוב: (1) מצב חיבור הדיסולפיד של כל ציסטאין צפוי על ידי
מסווג בינארי BRNN-SVM; (2) ציסטינים הידועים כמשתתפים בהיווצרות
של גשרים מזווגים על ידי רשת עצבית רקורסיבית כדי לקבל דפוס קישוריות.

ביבליוגרפיה

A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo ו-P. Frasconi. DISULFIND: מצב מליטה דיסולפיד
ושרת חיזוי קישוריות ציסטאין, מחקר חומצות גרעין, 34(שרת אינטרנט
גיליון): W177-W181, 2006.

עבור מנבא קישוריות דיסולפיד ראה:

א.וולו ופ.פרסקוני. חיזוי קישוריות דיסולפיד באמצעות עצב רקורסיבי
רשתות ומידע אבולוציוני, ביואינפורמטיקה, 20, 653-659, 2004.

עבור מנבא מצב קשרי ציסטאין ראה:

פ.פרסקוני, א.פסריני וא.וולו. ארכיטקטורת SVM דו-שלבית לחיזוי
Disulfide Bonding State of Cysteines, Proc. סדנת IEEE בנושא רשתות עצביות לאותות
עיבוד, עמ' 25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini ו-A.Vullo. חיזוי מצב הדבקת דיסולפיד של
ציסטינים עם שילובים של מכונות ליבה, Journal of VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.

אפשרויות

-a, --חלופות=מספר
דפוסי קישוריות חלופיים (ברירת מחדל=3)

-o, --output=DIR
קובץ פלט שבו תחזיות יישמרו (ברירת מחדל=$PWD)

-p, --psi2=קובץ|DIR
קלט בפורמט psi2 (PSI-BLAST Matrix ב-ASCII), או קובץ בודד או א
מַדרִיך(?). צור את זה עם "blastpgp -j -Q FILE" כאשר N >= 2.

-r, --rootdir=DIR
ספריית עבודה (ברירת מחדל =~/דיסולפינדר)

-k, --pkgdatadir=DIR
ספריית נתוני חבילה המכילה מודלים (ברירת מחדל =/usr/share/disulfinder)

-F, --format={html|ascii}
סוג פורמט פלט (default=ascii)

-d --blastdb=DIR
blastpgp -d אפשרות (ברירת מחדל=/data/sp+trembl)

-c, --cleanpred
ניקוי קבצי חיזוי ביניים (default=false)

-P, --usepssm
השתמש ב-pssm במקום ספירות עבור פרופילים (ברירת מחדל=false)

-C, --knownbondingstate
נניח שמצב החיבור ידוע (קובץ אחד לכל שרשרת בספרייה
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (ברירת מחדל=false)

-v, --גרסה
גרסת דיסולפינדר

-?, --עזרה
מסך עזרה

דוגמאות

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

השתמש ב-Disulfinder באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net