dsr2xml - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

dsr2xml - המרת קובץ DICOM SR ומערך נתונים ל-XML

תַקצִיר

dsr2xml [אפשרויות] dsrfile-in [xmlfile-out]

תיאור

השמיים dsr2xml כלי השירות ממיר את תוכן מסמך דיווח מובנה (SR) של DICOM
(פורמט קובץ או מערך נתונים גולמי) ל-XML (שפת סימון מורחבת). סכמת ה-XML
dsr2xml.xsd עדיין לא תופס שום פורמט סטנדרטי. אולם, ה dsr2xml יישום
עשוי להיות משופר בהיבט זה בעתיד (למשל על ידי תמיכה ב-HL7/CDA - קליני)
ארכיטקטורת מסמכים).

If dsr2xml קורא מערך נתונים גולמי (נתוני DICOM ללא מטא-כותרת של פורמט קובץ) זה יעשה זאת
נסה לנחש את תחביר ההעברה על ידי בחינת הבתים הראשונים של הקובץ. זה
לא תמיד ניתן לנחש נכון את תחביר ההעברה ועדיף להמיר א
נתונים מוגדרים לפורמט קובץ במידת האפשר (באמצעות ה- dcmconv תוֹעֶלֶת). זה גם
אפשרי להשתמש ב -f ו -t[ieb] אפשרויות לכפות dsr2xml כדי לקרוא מערך נתונים עם a
תחביר העברה מסוים.

פרמטרים

שם קובץ הקלט dsrfile-in DICOM SR שיש להמיר

שם קובץ פלט XML (ברירת מחדל: stdout)

אפשרויות

כללי אפשרויות
-h --עזרה
הדפס את טקסט העזרה הזה וצא

--גִרְסָה
הדפס מידע על גרסה ויציאה

--טיעונים
הדפס ארגומנטים מורחבים של שורת פקודה

-q --שקט
מצב שקט, ללא אזהרות ושגיאות

-v --מלל
מצב מילולי, פרטי עיבוד הדפסה

-d --debug
מצב ניפוי באגים, הדפס מידע על ניפוי באגים

-ll --log-level [l]evel: קבוע מחרוזת
(פטאלי, שגיאה, אזהרה, מידע, איתור באגים, מעקב)
השתמש ברמה l עבור לוגר

-lc --log-config [f]שם קובץ: מחרוזת
השתמש בקובץ התצורה f עבור לוגר

קלט אפשרויות
פורמט קובץ קלט:

+f --read-file
קרא פורמט קובץ או ערכת נתונים (ברירת מחדל)

+fo ---read-file-only
לקרוא פורמט קובץ בלבד

-f --read-dataset
קרא ערכת נתונים ללא מטא מידע על הקובץ

תחביר העברת קלט:

-t= --read-xfer-auto
השתמש בזיהוי TS (ברירת מחדל)

-td --read-xfer-detect
התעלם מ-TS שצוין בכותרת המטא של הקובץ

-te --read-xfer-little
קרא עם VR מפורש little endian TS

-tb --read-xfer-big
קרא עם VR מפורש big endian TS

-ti --read-xfer-implicit
קרא עם VR מרומז אנדיאן קטן TS

תהליך אפשרויות
טיפול בשגיאות:

-אר --קשר-לא ידוע
קבל סוג קשר לא ידוע/חסר

-Ev --ערך פריט לא חוקי
קבל ערך לא חוקי של פריט תוכן
(למשל הפרה של הגדרת VR או VM)

-Ec --התעלם מאילוצים
התעלם מאילוצי תוכן מערכת היחסים

-Ee --התעלם משגיאות פריט
אל תבטל על שגיאות פריטי תוכן, רק הזהר
(למשל חסרות תכונות ספציפיות לסוג ערך)

-Ei --דלג-פריטים לא חוקיים
דלג על פריטי תוכן לא חוקיים (כולל תת-עץ)

-Dv --disable-vr-checker
השבת בדיקה של ערכי מחרוזת תואמי VR

סט תווים ספציפי:

+Cr --שרשרת-דרישה
דרוש הצהרה על מערך תווים מורחב (ברירת מחדל)

+Ca --charset-assume [c]harset: מחרוזת
נניח שקבוצת תווים c אם לא הוצהרה קבוצת תווים מורחבת

+Cc --charset-check-all
בדוק את כל רכיבי הנתונים עם ערכי מחרוזת
(ברירת מחדל: רק PN, LO, LT, SH, ST ו-UT)

# אפשרות זו משמשת רק למיפוי למיקום מתאים
# קידוד תווים ב-XML, אך לא לצורך המרה ל-UTF-8

+U8 --convert-to-utf8
להמיר את כל ערכי האלמנטים המושפעים
לפי סט תווים ספציפי (0008,0005) ל-UTF-8

# דורש תמיכה מערך הכלים libiconv

תפוקה אפשרויות
קידוד:

+Ea --attr-all
לקודד הכל כתכונת XML
(קיצור עבור +Ec, +Er, +Ev ו-+Et)

+Ec --קוד-attr
ערך קוד קידוד, סכמת קידוד
וגרסת סכמת קידוד כתכונת XML

+Er --attr-relationship
קידוד סוג קשר כתכונת XML

+Ev --attr-value-type
קידוד סוג ערך כתכונת XML

+Et --attr-template-id
קידוד מזהה תבנית כתכונת XML

+Ee --תבנית-מעטפה
אלמנט תבנית מקיף פריטי תוכן
(דורש +Wt, מרמז על +Et)

מבנה XML:

+Xs --הוסף-הפניה-לסכימה
הוסף הפניה לסכימת XML "dsr2xml.xsd"
(לא עם +Ea, +Ec, +Er, +Ev, +Et, +Ee, +We)

+Xn --use-xml-namespace
הוספת הצהרת מרחב שמות XML לאלמנט הבסיס

כְּתִיבָה:

+אנחנו --כותבים-תגיות-ריקות
כתוב את כל התגים גם אם הערך שלהם ריק

+Wi --כתיבת-מזהה-פריט
תמיד לכתוב מזהה פריט

+Wt --write-template-id
כתיבת מידע זיהוי תבנית

אורים

דיקום התאמה
השמיים dsr2xml כלי השירות תומך בשיעורי SOP הבאים:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
EnhancedSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
ComprehensiveSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Comprehensive3DSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedureLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
ממוגרפיהCADSRאחסון 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiopharmaceuticalRadiationDoseSRSאחסון 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationPlanSRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

שים לב שכרגע נתמכות רק תכונות חובה וכמה תכונות אופציונליות.

אופי קידוד
קידוד ה-XML נקבע אוטומטית מהתכונה DICOM (0008,0005)
'קבוצת תווים ספציפית' באמצעות המיפוי הבא:

ASCII (ISO_IR 6) => "UTF-8"
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
קירילי "ISO_IR 144" => "ISO-8859-5"
ערבית "ISO_IR 127" => "ISO-8859-6"
יוונית "ISO_IR 126" => "ISO-8859-7"
עברית "ISO_IR 138" => "ISO-8859-8"

אם תכונת DICOM זו חסרה בקובץ הקלט, למרות שנדרשת, האפשרות --set characters-
לְהַנִיחַ ניתן להשתמש בו כדי לציין סט תווים מתאים באופן ידני (באמצעות אחד מה-
מונחים מוגדרים של DICOM).

ערכות תווים מרובות אינן נתמכות (רק ערך התכונה הראשון ממופה ב
במקרה של ריבוי ערכים). במידת הצורך, אפשרות --המרה-ל-utf8 ניתן להשתמש בו כדי להמיר
קובץ או מערך הנתונים של DICOM לקידוד UTF-8 לפני ההמרה לפורמט XML.

ERROR מטפל
אנא היזהרו עם אפשרויות העיבוד --קשר-לא-ידוע, --פריט-לא-תקף-
ערך, --התעלם-מאילוצים, --ignore-item-errors ו --דילוג-על-פריטים-לא-תקפים מאז שהם
להשבית בדיקות אימות מסוימות בקובץ הקלט של DICOM SR, ולכן עלול לגרום
בפלט תואם שאינו סטנדרטי. עם זאת, ייתכנו סיבות לשימוש באחד או יותר
מבין אפשרויות אלה, למשל על מנת לקרוא ולעבד מסמך SR שמקודד באופן שגוי.

מגבלות
סכימת ה-XML dsr2xml.xsd אינו תומך בכל הווריאציות של dsr2xml פורמט פלט.
עם זאת, פורמט הפלט המוגדר כברירת מחדל (אפשרות פלוס --use-xml-namespace) אמור לעבוד.

יומן

רמת פלט הרישום של כלי שורת הפקודה השונים והספריות הבסיסיות יכולה
יצוין על ידי המשתמש. כברירת מחדל, רק שגיאות ואזהרות נכתבות לתקן
זרם שגיאות. שימוש באפשרות --מִלוּלִי גם הודעות מידע כמו עיבוד פרטים
דווחו. אוֹפְּצִיָה --לנפות ניתן להשתמש כדי לקבל פרטים נוספים על הפעילות הפנימית,
למשל למטרות ניפוי באגים. ניתן לבחור רמות רישום אחרות באמצעות האפשרות --עֵץ-
רָמָה, --שֶׁקֶט במצב רק שגיאות קטלניות מדווחות. באירועי שגיאה כה חמורים,
הבקשה תסתיים בדרך כלל. לפרטים נוספים על רמות הרישום השונות,
ראה תיעוד של מודול 'oflog'.

במקרה שיש לכתוב את פלט הרישום לקובץ (אופציונלי עם סיבוב קובץ יומן),
ל-syslog (Unix) או לאפשרות יומן האירועים (Windows). --log-config יכול לשמש. זֶה
קובץ התצורה מאפשר גם להפנות רק הודעות מסוימות לפלט מסוים
זרם ולסינון הודעות מסוימות בהתבסס על המודול או היישום שבו הם
נוצרים. קובץ תצורה לדוגמה מסופק ב /logger.cfg.

פקודה קו

כל כלי שורת הפקודה משתמשים בסימון הבא עבור פרמטרים: סוגריים מרובעים מקיפים
ערכים אופציונליים (0-1), שלוש נקודות עוקבות מצביעות על כך שמתירים מספר ערכים
(1-n), שילוב של שניהם פירושו 0 עד n ערכים.

אפשרויות שורת הפקודה מובדלות מפרמטרים על ידי סימן '+' או '-' מוביל,
בהתאמה. בדרך כלל, הסדר והמיקום של אפשרויות שורת הפקודה הם שרירותיים (כלומר
יכול להופיע בכל מקום). עם זאת, אם האפשרויות סותרות זו את זו, המראה הימני ביותר
משמש. התנהגות זו תואמת את כללי ההערכה הסטנדרטיים של קונכיות Unix נפוצות.

בנוסף, ניתן לציין קובץ פקודה אחד או יותר באמצעות סימן '@' כתחילית ל
שם הקובץ (למשל @command.txt). ארגומנט פקודה כזה מוחלף בתוכן של
קובץ הטקסט המתאים (ריבוי רווחים מרובים מטופלים כמפריד יחיד אלא אם כן
הם מופיעים בין שתי מרכאות) לפני כל הערכה נוספת. שים לב ש
קובץ פקודה לא יכול להכיל קובץ פקודה אחר. גישה פשוטה אך יעילה זו
מאפשר לסכם שילובים נפוצים של אפשרויות/פרמטרים ונמנע ארוך ו
שורות פקודה מבלבלות (דוגמה מסופקת בקובץ /dumppat.txt).

הסביבה

השמיים dsr2xml כלי השירות ינסה לטעון את מילוני הנתונים של DICOM המצוינים ב-
DCDICTPATH משתנה הסביבה. כברירת מחדל, כלומר אם DCDICTPATH משתנה הסביבה
לא מוגדר, הקובץ /dicom.dic ייטען אלא אם המילון נבנה
לתוך האפליקציה (ברירת מחדל עבור Windows).

יש להעדיף את התנהגות ברירת המחדל ואת DCDICTPATH משתנה סביבה בלבד
משמש כאשר נדרשים מילוני נתונים חלופיים. ה DCDICTPATH משתנה הסביבה
יש אותו פורמט כמו מעטפת יוניקס נתיב משתנה בכך שנקודתיים (':') מפריד
ערכים. במערכות Windows, נקודה-פסיק (';') משמשת כמפריד. מילון הנתונים
הקוד ינסה לטעון כל קובץ שצוין ב- DCDICTPATH משתנה הסביבה. זה
היא שגיאה אם ​​לא ניתן לטעון מילון נתונים.

השתמש ב-dsr2xml באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net