ecoPCR - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

ecoPCR - חיפוש אחר הכלאה של רצף וטקסונומיה עם פריימרים נתונים

תַקצִיר

ecoPCR [אפשרויות] <נוקלאוטידית דפוסים>

תיאור

ecoPCR היא תוכנת PCR אלקטרונית שפותחה על ידי LECA ו- Helix-Project. זה עוזר ל
להעריך את איכות הפריימרים של ברקוד.

אפשרויות

-a : ריכוז מלח ב-M עבור חישוב Tm (ברירת מחדל 0.05 M)

-c : קחו בחשבון שרצפי מסד הנתונים הם [c]מעגליים

-d : [D]atabase : כדי להתאים לפורמט הצפוי, מסד הנתונים
יש לעצב תחילה על ידי ה ecoPCRFormat(1) תוכנית. ecoPCRFormat(1) יוצר
שלושה סוגי קבצים:

.sdx : מכיל את הרצפים

.tdx : מכיל מידע הנוגע לטקסונומיה

.rdx : מכיל את דירוג הטקסונומיה

ecoPCR צריך את כל סוגי הקבצים. כתוצאה מכך, עליך לכתוב את מסד הנתונים הרדיקלי
ללא כל הארכה. לדוגמה /ecoPCRDB/gbmam

-D : שומר את המספר שצוין של נוקלאוטידים בכל צד של הסיליקו
רצפים מוגברים (כולל קטע ה-DNA המוגבר בתוספת שתי היעד
רצפים של הפריימרים).

-e : [ה]שגיאה: השגיאות המקסימליות המותרות על ידי אוליגונוקלאוטיד (0 כברירת מחדל)

-h : [H]עזרה - הדפס עֶזרָה

-i : [אני] מתעלם ממזהה הטקסונומיה הנתון.
מזהה טקסונומיה זמין באמצעות תוכנית ecofind. ראה את העזרה שלו בהקלדת ecofind
-h לקבלת מידע נוסף.

-k : [K]מצב הממלכה: הגדר את מצב הממלכה
מצב super kingdom כברירת מחדל.

-l : מינימום [L]length : הגדר את אורך ההגברה המינימלי.

-L : מקסימום [L] אורך: הגדר את אורך ההגברה המקסימלי.

-m : שיטת תיקון מלח לחישוב Tm (SANTALUCIA: 1
או OWCZARZY:2, ברירת מחדל=1)

-r : [R]מגביל את החיפוש למזהה הטקסונומי הנתון.
מזהה טקסונומיה זמין באמצעות תוכנית ecofind. ראה את העזרה שלו בהקלדת ecofind
-h לקבלת מידע נוסף.

טיעון ראשון: אוליגונוקלאוטיד לגדיל ישיר

טיעון שני: אוליגונוקלאוטיד עבור גדיל הפוך

תיאור תוצאת הטבלה:

עמודה 1: מספר הצטרפות

עמודה 2: אורך הרצף

עמודה 3: מזהה טקסונומי

עמודה 4: דירוג

עמודה 5: מזהה טקסונומי של מינים

עמודה 6: שם מדעי

עמודה 7: מזהה טקסונומי של סוג

עמודה 8: שם הסוג

עמודה 9: מזהה טקסונומי משפחתי

עמודה 10: שם משפחה

עמודה 11: מזהה טקסונומי של ממלכת העל

עמודה 12: שם ממלכת העל

עמודה 13: גדיל (ישיר או הפוך)

עמודה 14: אוליגונוקלאוטיד ראשון

עמודה 15: מספר שגיאות עבור הגדיל הראשון

עמודה 16: Tm עבור הכלאה של פריימר 1 באתר זה

עמודה 17: אוליגונוקלאוטיד שני

עמודה 18: מספר שגיאות עבור הגדיל השני

עמודה 19: Tm עבור הכלאה של פריימר 1 באתר זה

עמודה 20: אורך הגברה

עמודה 21: רצף

עמודה 22: הגדרה

השתמש ב-ecoPCR באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net