exonerate - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

exonerate - כלי גנרי להשוואת רצפים

תַקצִיר

פטור [ אפשרויות ] <שאילתה נתיב> <יעד נתיב>

תיאור

פטור הוא כלי כללי להשוואת רצפים.

הוא משתמש ב- C4 ספריית תכנות דינמית. זה נועד להיות כללי ומהיר כאחד.
זה יכול לייצר יישורים מרווחים או לא מכוסים, על פי מגוון של שונים
מודלים של יישור. ספריית C4 מאפשרת יישור רצף באמצעות שטח מצומצם מלא
יישום תכנות דינמי, אך מאפשר גם יצירה אוטומטית של היוריסטיות
ממודלי היישור, תוך שימוש בתכנות דינמי דליל מוגבל, כך שאלו
יישורים עשויים גם להיווצר במהירות. יישורים שנוצרו באמצעות היוריסטיות אלה
ייצג נתיב תקף דרך מודל היישור, אך (בניגוד לממצה
יישורים), לא מובטח שהתוצאות יהיו אופטימליות.

מוסכמות

נעשה שימוש במספר מוסכמות (ואידיוסינקרטיות) בתוך פטירה. הבנה
מהם מקלים על הפרשנות של הפלט.

קואורדינטות
נעשה שימוש במערכת קואורדינטות ביניים, שבה סופרים את המיקומים ביניהם
הסמלים, ולא על הסמלים. ערכת מספור זו מתחילה מאפס.
מספור זה מוצג להלן עבור הרצף "ACGT":

ACGT
0 1 2 3 4

לפיכך, לרצף המשנה "CG" יהיה start=1, end=3 ואורך=2. זֶה
מערכת הקואורדינטות משמשת באופן פנימי ב-exonerate, ולכל פורמטי הפלט
מיוצר למעט תצוגת היישור "ניתנת לקריאה אנושית" וה-GFF
פלט היכן שהמוסכמות והסטנדרטים מכתיבים אחרת.

להפוך משלים
כאשר מדווח על יישור על השלמה הפוכה של רצף, ה-
הקואורדינטות ניתנות פשוט בעותק המשלים ההפוך של הרצף. לָכֵן
מיקומים ברצפים לעולם אינם שליליים. בדרך כלל, הגדיל הקדמי הוא
מסומן ב-'+', הגדיל ההפוך ב-'-', ולא ידוע או לא ישים
גדיל (כמו במקרה של רצף חלבונים) מסומן ב-'.'

מערך מבנה הפרטיטורה
נכון לעכשיו, רק ציוני היישור הגולמיים מוצגים. הציון הזה הוא רק הסכום
של ציוני מעבר בשימוש בתכנות הדינמי. למשל, במקרה של
יישור Smith-Waterman, זה יהיה הסכום של ציוני מטריצת ההחלפה
ועונשי הפער.

כללי אפשרויות

לרוב הטיעונים יש צורות קצרות וארוכות. הצורות הארוכות
יש סיכוי גבוה יותר להיות יציבים לאורך זמן, ולכן יש להשתמש בהם בסקריפטים אשר
להתקשר לפטור.

-h | --shorthelp
הצג עזרה. זה יציג סיכום תמציתי של האפשרויות הזמינות, ברירות מחדל
והערכים המוגדרים כעת.

- עזרה
זה מציג את כל אפשרויות העזרה כולל ברירות המחדל, הערך המוגדר כעת,
ומשתנה הסביבה שבו ניתן להשתמש כדי להגדיר כל פרמטר. יהיו
להוות אינדיקציה אילו אפשרויות הן חובה. לאפשרויות חובה אין
ברירת המחדל, וחייב להיות מסופק ערך כדי ש-exonerate יפעל. אם אפשרויות חובה
משמשים לפי הסדר, ניתן לדלג על הדגלים שלהם משורת הפקודה (ראה דוגמאות
לְהַלָן). שלא כמו דף אדם זה, המידע מהאפשרות הזו תמיד יהיה למעלה
עד היום עם הגרסה העדכנית ביותר של התוכנית.

-v | --גִרְסָה
הצג את מספר הגרסה. מציג גם מידע אחר כגון תאריך הבנייה
וגרסה גלייב בשימוש.

סדר פעולות קלט אפשרויות

השוואות זוגיות יבוצעו בין כל רצפי השאילתות וכל היעד
רצפים. בדרך כלל, לביצועים הטובים ביותר, רצפים קצרים יותר (למשל ESTs, רובה ציד
קריאות, חלבונים) צריכים לשמש כרצפי השאילתה, וברצפים ארוכים יותר (למשל גנומי
רצפים) יש להשתמש בתור רצפי היעד.

-q | --שאילתא
ציין את רצפי השאילתות הנדרשים. אלה חייבים להיות בפורמט FASTA.
ניתן לספק רצפי שאילתות בודדים או מרובים. בנוסף מספר עותקים
של קובץ fasta יכול להיות מסופק בעקבות דגל --query, או באמצעות עם
דגלי --שאילתה מרובים.

-t | --יַעַד
ציין את רצפי היעד הנדרשים. כמו כן, חייב להיות בקובץ פורמט FASTA. כפי ש
עם רצפי השאילתות, רצפי יעד בודדים או קבצים עשויים להיות
מסופק. חדש: שם קובץ היעד עשוי להיות מוחלף בשם שרת ומספר יציאה
בצורה של שם מארח:פורט בעת שימוש פטור-שרת. עיין בדף האיש עבור
פטור-שרת למידע נוסף על הפעלת exonerate במצב לקוח:שרת.

-Q | --סוג שאילתה <דנ"א | חלבון>
ציין את סוג השאילתה לשימוש. אם זה לא מסופק, יש להניח את סוג השאילתה
להיות DNA כאשר הרצף הראשון בקובץ מכיל יותר מ-85% בסיסים [ACGTN].
אחרת, ההנחה היא שזה פפטיד. אפשרות זו מאלצת את סוג השאילתה כחלק
רצפי נוקלאוטידים ופפטידים יכולים ליפול משני הצדדים של הסף הזה.

-T | --סוג יעד <דנ"א | חלבון>
ציין את סוג היעד לשימוש. אותו הדבר כמו --סוג שאילתה (לעיל), אלא שזה
חל על המטרה. ציון סוג הרצף ימנע את התקורה של
צריך לקרוא את הרצף הראשון במסד הנתונים פעמיים (שיכול להיות משמעותי
עם רצפים בגודל כרומוזום)

--querychunkid

--querychunktotal

-- Targetchunkid

--targetchunktotal
אפשרויות אלה כדי להקל על הפעלת פטור בחוות מחשוב, ולהימנע מהצורך
לפצל מסדי נתונים של רצף לנתחים קטנים כדי לרוץ על צמתים שונים. אם, עבור
לדוגמה, אם רצית לפצל את מסד הנתונים של היעד לשלושה חלקים, תפעיל
שלוש משרות פוטרות בצמתים שונים כולל האפשרויות:

--targetchunkid 1 --targetchunktotal 3
--targetchunkid 2 --targetchunktotal 3
--targetchunkid 3 --targetchunktotal 3
NB. הפירוט שמציעה אפשרות זו יורדת רק לרצף בודד, אז
כאשר יש יותר נתחים מרצפים במסד הנתונים, חלק מהתהליכים יצליחו
שום דבר.

-V | --מִלוּלִי
היו מילוליים - הראו מידע על המתרחש במהלך הניתוח. ה
ברירת המחדל היא 1 (מעט מידע), ככל שהמספר שניתן גבוה יותר, כך יותר
המידע מודפס. כדי להשתיק את כל פלט ברירת המחדל מ-exonerate, השתמש
--verbose 0 --showalignment no --showvulgar no

אָנָלִיזָה אפשרויות

-E | --ממצה
ציין אם יש להשתמש ביישור ממצה או לא. כברירת מחדל, זהו
FALSE, והיוריסטיקות יישור ייעשה שימוש. אם הוא מוגדר כ-TRUE, ערך ממצה
יישור יחושב. זה דורש זמן ריבועי, ויהיה הרבה, הרבה
איטי יותר, אך יספק את התוצאה האופטימלית עבור הדגם הנתון.
-B | --bigseq
בצע יישור של רצפים גדולים (רב מגה-בסיס). זה מאוד זיכרון
יעיל ומהיר כאשר שני הרצפים הם בגודל כרומוזום, אך כרגע לא
כרגע מתירים שימוש במילה שכונה (כלומר, רק זרעים תואמים בדיוק).
--סריקה בכוח <אין | שאלה | יעד>
כפה על ה-FSM לסרוק את רצף השאילתה במקום את היעד. אפשרות זו היא
שימושי, למשל, אם יש לך חתיכה אחת של רצף גנומי ואתה עם זה
השווה את זה לכל dbEST. על ידי סריקת מסד הנתונים, במקום השאילתה,
הניתוח יושלם הרבה יותר מהר, כמו תקורה של מרובים
בניית שאילתות FSM, קריאת יעדים מרובים ותחזיות אתרים שחבור יהיו
הוסר. כברירת מחדל, פטור ינחש את האסטרטגיה האופטימלית על סמך מסד נתונים
גדלי רצף.
--סף רווי
כאשר היא מוגדרת לאפס, אפשרות זו אינה עושה דבר. אחרת, פעם אחת יותר ממספר זה
של מילים (בנוסף למספר המילים הצפוי במקרה) תאמו א
מיקום בשאילתה, המיקום בשאילתה יהיה 'משולל' (התעלם עוד יותר
התאמות) עבור ההשוואה הזוגית הנוכחית.
--שרת לקוח
חדש: כאשר משתמשים ב-exonerate במצב לקוח:שרת עם שרת לא סטנדרטי, זה
הפקודה מאפשרת לשלוח פקודה מותאמת אישית לשרת. פקודה זו נשלחת על ידי
הלקוח (לשחרר) לפני כל פקודה אחרת, והוא מסופק כדרך של
העברת פרמטרים או פקודות אחרות ספציפיות לשרת המותאם אישית. ראה את
פטור-שרת דף אדם למידע נוסף על הפעלת exonerate in
מצב לקוח:שרת.

פאסטה מאגר מידע אפשרויות

--fastasfix
אם אחת מהכניסות שניתנו עם --שאילתא or --יַעַד הם ספריות, ואז לפטור
יורד באופן רקורסיבי בספריות הללו, ויקרא את כל הקבצים המסתיימים בזה
סיומת כקלט פורמט מהיר.

נפער יישור אפשרויות

-m | --דֶגֶם <יישור דגם>
ציין את מודל היישור לשימוש. הדגמים הנתמכים כעת הם:
לא חגור
הדגם הפשוט ביותר, בשימוש כברירת מחדל. דגם מתאים עם be
נבחר אוטומטית עבור סוג רצפי הקלט שסופקו.
unapped:trans
מודל לא מאוגד זה כולל תרגום של כל המסגרות הן של השאילתה והן
רצפי מטרה. זה דומה לחיפוש מסוג tblastx לא מאוגד.
affine:global
זה מבצע יישור עולמי חסר, בדומה ל-Nedleman-Wunsch
אלגוריתם, למעט עם פערים קשורים. יישור עולמי מחייב שגם את
רצפים בשלמותם כלולים ביישור.
affine:bestfit
זה מבצע את ההתאמה הטובה ביותר או יישור המיקום הטוב ביותר של השאילתה על
רצף מטרה. כל רצף השאילתות ייכלל ב-
יישור, אבל רק המיקום הטוב ביותר ליישורו על המטרה
סדר פעולות.
affine:מקומי
זהו יישור מקומי עם פערים קשורים, בדומה ל- Smith-Waterman-
אלגוריתם Gotoh. אלגוריתם יישור למטרות כלליות. מכיוון שזה מקומי
יישור, כל רצף משנה של השאילתה ורצף היעד עשוי להופיע
את היישור.
affine:חפיפה
סוג זה של יישור מוצא את החפיפה הטובה ביותר בין השאילתה ליעד.
יישור החפיפה חייב לכלול את תחילת השאילתה או היעד ואת
סוף השאילתה או רצף היעד, כדי ליישר רצפים החופפים ב
הקצוות, או בקטע האמצעי של רצף ארוך יותר.. זה הסוג של
יישור בשימוש תכוף באלגוריתמי הרכבה.
est2genome
מודל זה דומה למודל affine:local, אך הוא כולל גם intron
מודלים על רצף המטרה כדי לאפשר יישור של spliced ​​לא spliced
רצפי קידוד של גנים קדימה וגם הפוכים. זה דומה ל
דגמי היישור המשמשים בתוכניות כגון EST_GENOME ו-sim4.
נר NERs הם אזורים לא שקולים - אזורים גדולים הן בשאילתה והן
מטרות שאינן מיושרות. מודל זה יכול לשמש ליישור חלבון
שבו אזורי סליל שמורים מאוד יהיו מיושרים, אך ישמרו בצורה חלשה
אזורי לולאה אינם. באופן דומה, ניתן להשתמש במודל זה כדי לחפש שיתוף
אזורים שמורים ליניארית בהשוואה לרצפים גנומיים.
protein2dna
מודל זה משווה רצף חלבון לרצף DNA, המשלב את כולם
הפערים וההזדות המסגרת המתאימים.
protein2dna: bestfit
חדש: זוהי הגרסה המתאימה ביותר של מודל protein2dna, שאיתו
החלבון כולו כלול ביישור. כרגע זה זמין רק
בעת שימוש ביישור ממצה.
protein2genome
מודל זה מאפשר יישור של רצף חלבון ל-DNA גנומי. זה
בדומה למודל protein2dna, בתוספת מודלים של אינטרונים
ושלבי אינטרון. מודל זה דומה לאלו המשמשים את Genewise.
protein2genome: המתאימה ביותר
חדש: זוהי הגרסה המתאימה ביותר של מודל protein2genome, שאיתו
החלבון כולו כלול ביישור. כרגע זה זמין רק
בעת שימוש ביישור ממצה.
coding2coding
מודל זה דומה למודל ungapped:trans, אלא שפערים ו
מותר להזיז מסגרות. זה דומה לחיפוש tblastx מרווח.
coding2genome
זה דומה למודל est2genome, אלא שרצף השאילתה הוא
תורגם במהלך ההשוואה, מה שמאפשר השוואה רגישה יותר.
cdna2genome
זה משלב מאפיינים של המודלים est2genome ו-coding2genome, ל
לאפשר מודלים של cDNA שלם שבו ניתן לאגף אזור קידוד מרכזי
על ידי UTR לא מקודדים. כאשר ההתחלה והסיום של CDS ידועים זה עשוי להיות מצוין
שימוש באפשרות --annotation (ראה להלן) כדי לאפשר רק את הקידוד הנכון
אזור שיופיע ביישור.
genome2genome
מודל זה דומה למודל coding2coding, למעט אינטרונים
בדגם של שני הרצפים. (עדיין לא עובד טוב)

השמות הקצרים u, u:t, a:g, a:b, a:l, a:o, e2g, ner,
ניתן להשתמש גם ב-p2d, p2d:b p2g, p2g:b, c2c, c2g cd2g ו-g2g לציון
מודלים.

-s | --ציון
זהו סף הציון הכולל. יישורים לא ידווחו מתחת לזה
מפתן. עבור יישורים היוריסטיים, ככל שסף זה גבוה יותר, כך יש פחות זמן
ניתוח ייקח.

--אָחוּז
דווח רק על יישורים שמקבלים עבורם לפחות אחוז זה מהציון המקסימלי
כל שאילתה. לְמָשָׁל. להשתמש --אָחוּז 90 לדווח על יישורים עם 90% מהמקסימום
ציון שניתן להשיג עבור שאילתה זו. אפשרות זו שימושית לא רק בגלל שהיא מפחיתה
התאמות המזויפות בפלט, אלא בגלל שהיא מייצרת שאילתה ספציפית
ספים (בניגוד ל --ציון ) עבור קבוצה של שאילתות באורכים שונים ורצון
גם להאיץ את החיפוש במידה ניכרת. נ.ב. עם אפשרות זו, אפשר
ש-cDNA תואם בדיוק את הגן המתאים לו, אך עדיין ציון של פחות מ-100%,
עקב הוספת ציוני עונשי האינטרון, לכן יש להשתמש באפשרות זו
בזהירות.

--הצג יישור
הצג את היישורים בצורה קריא אנושית.

--שוגר
הצג פלט "סוכר" עבור יישורים לא מאוגדים. Sugar is Simple UnGapped Alignment
דוח, המציג יישורים לא מוצמדים אחד לכל שורה. קו הסוכר מתחיל
עם המחרוזת "sugar:" לחילוץ קל מהפלט, ואחריו
את 9 השדות הבאים בסדר שלהלן:

query_id מזהה שאילתה
query_start מיקום שאילתה בתחילת היישור
query_end סוף יישור מיקום שאילתה
query_strand גדיל השאילתה תואם
target_id |
target_start | אותם 4 שדות
target_end | עבור רצף המטרה
target_strand |
ציון ציון היישור הגולמי

--סיגר ראווה
הצג את היישורים בפורמט "סיגר". סיגר הוא קומפקטי Gapped Idiosyncratic
דוח יישור, המציג יישורים מרווחים אחד לכל שורה. הפורמט מתחיל
עם אותם 9 שדות כמו פלט סוכר (ראה לעיל), ואחריו סדרה של
זוגות שבהם הפעולה היא פעולה של התאמה, הוספה או מחיקה, ו
האורך מתאר את מספר הפעמים שהפעולה הזו חוזרת על עצמה.

--ראוותני
מציג את היישורים בפורמט "וולגרי". וולגרי הוא מילה ומילה שימושי שכותרתו מרווח
דוח יישור, פורמט זה מתחיל גם באותם 9 שדות כמו פלט סוכר
(ראה לעיל), ואחריו סדרה של
שלישיות. התווית עשויה להיות אחת מהאפשרויות הבאות:

M להתאים
C קודון
G פער
N אזור לא שווה ערך
5 אתר שחבור 5'
3 אתר שחבור 3'
I אינטרון
S קודון מפוצל
F הסטת מסגרת

--showquerygff
דווח על פלט GFF עבור תכונות ברצף השאילתות. לִרְאוֹת
http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF לקבלת מידע נוסף.

--showtargetgff
דווח על פלט GFF עבור תכונות ברצף היעד.

--ריו
גלגל פורמט פלט משלך. זה מאפשר מפרט של פורמט מסוג printf
שורה המשמשת כדי לציין איזה מידע לכלול בפלט, וכיצד
זה אמור להיות מוצג. שדה הפורמט עשוי להכיל את השדות הבאים:

%[qt][idlsSt]
עבור {query,target}, דווח על
{id,definition,length,sequence,Strand,type} רצפים מדווחים ב-a
פורמט fasta כמו בלוק (ללא כותרות).
%[qt]a[bels]
עבור כל אזור {query,target} שמתרחש in מה היא יישור, דווח על
{התחלה, סוף, אורך, רצף}
%[qt]c[bels]
עבור כל אחד מהאזורים של {query,target} שמתרחש ב- קידוד רצף ב
יישור, דווח על ה{begin,end,length,sequence}
%s הציון הגולמי
%r הדירוג (בתוצאות מחיפוש הטוב ביותר)
%m שם דגם
%e[tism]
שווה ערך {total,id,similarity,mismatches} (כלומר %em == (%et - %ei))
%p[is] אחוז {id,similarity} על החלקים המקבילים של היישור.
(כלומר %pi == 100*(%ei / %et))
%g כיוון גנים ('+' = קדימה, '-' = הפוך, '.' = לא ידוע)
%S בלוק סוכר (9 השדות המשמשים בתפוקת סוכר (ראה למעלה)
%C בלוק סיגר (השדות של קו סיגרים אחרי מנת הסוכר)
%V בלוק וולגרי (השדות של קו וולגרי אחרי מנת הסוכר)
%% מתרחב לסימן אחוז (%)
\n שורה חדשה
\t Tab
\\ מתרחב לאחור (\)
\{ פתח סד מתולתל
\} סגור סד מתולתל
{ התחל קטע פלט לכל מעבר
} סיום קטע פלט לכל מעבר
%P[qt][sabe]
פלט לכל מעבר עבור {query,target} {sequence,advance,begin,end}
%P[nsl]
פלט לכל מעבר עבור {name,score,label}

אפשרות זו שימושית וגמישה מאוד. לדוגמה, לדווח על כל קטעי השאילתה
רצפים שמופיעים ביישורים בפורמט fasta, השתמשו ב:

--ריו ">%qi %qd\n%qas\n"

כדי להוציא את כל הסמלים והניקודים ביישור, נסה משהו כמו:

--ריו "%V{%Pqs %נק' %Ps\n}"

-n | --הטוב ביותר
דווח על N התוצאות הטובות ביותר עבור כל שאילתה. (רק תוצאות ניקוד טוב יותר מה
סף ציון
ידווח). האפשרות מפחיתה את כמות הפלט שנוצר, וגם
מאפשר לפטור להאיץ את החיפוש.

-S | --תת-אופט
אפשרות זו מאפשרת דיווח של (סגנון ווטרמן-אגרט) לא אופטימלי
יישורים. (זה מופעל כברירת מחדל.) הכל לא אופטימלי (כלומר לא מצטלבים)
יישורים ידווחו עבור כל זוג של רצפים עם ציון של לפחות
סף מסופק על ידי --ציון.

כאשר משתמשים באפשרות זו עם יישור ממצה, מספר זמן ריבועי מלא
יידרשו מעברים, כך שזמן הריצה יגדל במידה ניכרת.

-g | --הרחבת פערים
גורם לביצוע שלב הארכה מרווח כלומר. מיושם תכנות דינמי
באזורים בעלי צורה שרירותית ובגודל דינמי המקיפים את זרעי HSP. ה
סף ההרחבה נשלט על ידי האפשרות --extensionthreshold.

למרות שלפעמים איטית יותר מ-BSDP, הרחבה מרווחת משפרת את הרגישות עם
יישורים חלשים ועתירי פערים כגון במהלך השוואה בין מינים.

נ.ב. זֶה אוֹפְּצִיָה is עַכשָׁיו מה היא ברירת המחדל. לקבוע it ל שקר כדי לחזור לסוג BSDP הישן
יישורים. אפשרות זו עשויה להיות איטית יותר מ-BSDP עבור כמה ניתוחים בקנה מידה גדול עם
מודלים יישור פשוטים.

--לעדן
הכריח שחרור כדי לחדד יישורים שנוצרו על ידי היוריסטיקה באמצעות דינמיקה
תכנות באזורים גדולים יותר. זה לוקח יותר זמן, אבל משפר את האיכות של
היישורים הסופיים.

האסטרטגיות הזמינות לחידוד הן:

אף לא אחד ברירת המחדל - לא נעשה שימוש בחידוד.
מלא יישור ממצה מחושב מצמד הרצפים שבהם
שְׁלֵמוּת.
באזור DP מוחל רק על האזור של הרצפים המכוסים על ידי היוריסטיקה
יישור.

-גבול חידוד
ציין גבול נוסף שייכלל באזור הכפוף ליישור במהלך
חידוד לפי אזור.

VITERBI אַלגוֹרִיתְם אפשרויות

-D | --dpmemory
שגרות ההתיישרות הממצות משתמשות בזיכרון מופחת בסגנון יוהיי
טֶכנִיקָה. אפשרות זו מציינת כמה זיכרון ישמש עבור זה.
בדרך כלל, ככל שמותר כאן יותר זיכרון, כך היישורים יהיו מהירים יותר
מיוצר.

CODE דוֹר אפשרויות

-C | --מלוקט
אפשרות זו מאפשרת ביטול של קוד שנוצר עבור תכנות דינמי. זה
משמש בעיקר במהלך פיתוח של exonerate. כאשר מוגדר כ-FALSE, "מתפרש"
נעשה שימוש בגרסה של יישום התכנות הדינמי, שהוא הרבה יותר איטי.

הֵאוֹרִיסטִי אפשרויות

--טרמינלטווח
--terminalrangeext
--joinrangeint
--joinrangeext
--spanrangeint
--spanrangeext
אפשרויות אלה משמשות לציון גודל אזורי יישור המשנה שאליהם DP
מוחל סביב הקצוות של ה-HSPs. זה יכול להיות בקצוות HSP (טרמינל
טווח), בין HSPs (טווח צירוף), או בין HSPs העשויים להיות מחוברים באמצעות a
אזור גדול כגון אינטרון או אזור לא שווה ערך (טווח טווח). אלה
ניתן לציין טווחים עבור מספר התאמות בחזרה ל-HSP (טווח פנימי)
או החוצה מה-HSP (טווח חיצוני).

השתמש בפטור מקוון באמצעות שירותי onworks.net