exonerate-server - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

exonerate-server - שרת השוואת רצפים ל-exonerate

תַקצִיר

פטור-שרת [ אפשרויות ] <אינדקס נתיב>

תיאור

פטור-שרת הוא שרת מרובה פתילים עבור תוכנית יישור הרצף המשחררת.

הוא משתמש בסט של רצפים ובקובץ אינדקס מתאים כדי לאפשר מהיר של מערכי נתונים גדולים.

סקירה כללית

ראשית, .esd הקובץ חייב להיעשות מקבצי הרצף. ה .esd הקובץ הוא פטור
קובץ רצף נתונים, וניתן להשתמש בו כדי לקבץ יחד כל קבוצה של רצפים שבו כל אחד
רצפים המכילים מזהים ייחודיים. זה נעשה על ידי שימוש ב- fasta2esd תוֹעֶלֶת.

fasta2esd genome.fasta genome.esd

הבא, א .esi קובץ שלי להיות עשוי מה .esd קובץ. ה .esi הקובץ הוא רצף שחרור
קובץ אינדקס, ומכיל אינדקס או סט של מדדים התואמים למערך נתונים מסוים.
זה נעשה באמצעות esd2esi תוֹעֶלֶת.

esd2esi genome.esd genome.esi

פעם אחת .esi הקובץ נוצר, ניתן להפעיל את ה-exonerate-server.

פטור-שרת genome.esi

בזמן שהשרת פועל, ניתן להשתמש ב-exonerate כדי לבצע שאילתות בשרת על ידי החלפת ה-
רצפי יעד בשורת הפקודה עם שם השרת ומספר היציאה. ה
מספר היציאה המוגדר כברירת מחדל עבור שרת ה-exonerate הוא 12886.

פטור query.fasta 12886

אפשרויות

חלק מאפשרויות שורת הפקודה עבור ה-exonerate-server זהות ל-
פטור לקוח, ואלה מתועדים בדף האדם עבור לְטַהֵר. אל האני
אפשרויות אחרות שהן ספציפיות ל פטור-שרת מתועדים כאן.

--נמל
ציין את היציאה שבה השרת צריך להאזין. כברירת מחדל, פטור-שרת
יקשיב ביציאה 12886, אך ייתכן שיצוינו יציאות חלופיות עם אפשרות זו.

--קֶלֶט <אינדקס קובץ>
ציין את קובץ האינדקס שישמש בעת הפעלת השרת. אפשרות זו היא
חובה. קובץ האינדקס הוא א .esi קובץ שנוצר על ידי esd2esi תוֹעֶלֶת.

--טעינה מראש
כברירת מחדל, המדדים הכלולים ב- .esi קובץ, והרצפים שאליהם מתייחסים
המתאים .esd הקובץ נטענים לזיכרון כאשר השרת מופעל.
זה הכרחי כדי להשיג ביצועים מהירים שאחרת היו נפגעים על ידי
גישה תכופה לדיסק. אפשרות זו מאפשרת את טעינת האינדקס והרצף מראש
כבוי, מה שמאפשר לשרת לפעול הרבה יותר לאט, אבל עם יותר מהר
הפעלה וטביעת זיכרון קטנה יותר. לא מומלץ לכבות טעינה מוקדמת
אלא אם כן בודקים או ניפוי באגים בשרת.

--maxconnections
השרת הוא ריבוי חוטים. אפשרות זו מגדירה את מספר תהליכי הלקוח אשר
מורשים להתחבר לשרת בו זמנית. לביצועים טובים, זה
אין להגדיר יותר ממספר המעבדים במכונה שבה
השרת פועל.

--מֶלֶל
הגדר את רמת המילוליות עבור השרת. אם הוא אפס, השרת ישתוק,
וככל שהמספר גבוה יותר, כך השרת מדווח יותר הודעות לגבי מה
קורה.

ממשק

סעיף זה מתעד את ממשק התקשורת בין
הלקוח והשרת. הממשק מתועד עבור אנשים המעוניינים לכתוב
שרת מותאם אישית משלהם לשבת מאחורי exonerate - לשימוש רגיל של exonerate, זה
אין צורך לדעת זאת.

הממשק פועל בכך שהלקוח שולח שורות פקודה פשוטות והשרת שולח
שורות תשובה פשוטות מעל שקע. כל הפקודות והתשובות הן שורות פשוטות של ASCII
טקסט, כך שניתן להשתמש ב-telnet כלקוח לבדיקת שרת.

כל פקודה היא שורת טקסט בודדת, אך תשובה עשויה להכיל שורות טקסט רבות. ה
התשובות הן בצורה של :

כל תשובה יכולה לכלול שורות עם התג אַזהָרָה: or שְׁגִיאָה: אלה אַזהָרָה: ו שְׁגִיאָה: תיוגים
מהדהדים על ידי הלקוח, והלקוח ייצא לאחר קבלת כל שְׁגִיאָה: תשובה.

כאשר השרת מחזיר תשובה מרובה שורות, השורה הראשונה חייבת להראות את המספר של
שורות בתגובה כולה: מספר שורות: לדוגמאות, ראה את התשובות מ- לקבל
hsps פקודות בהפעלה לדוגמה למטה.

הלקוח יפתח רק חיבור בודד לכל שרת, אם כי ריבוי הליכי
השרת נדרש כמובן כדי לאפשר למספר לקוחות להתחבר בו זמנית.

פקודות ו תגובות מְשׁוּמָשׁ in ל מה היא מִמְשָׁק.
פיקוד: גרסה
תגובה: גרסה

פיקוד: יציאה
תשובה: (אין תשובה - השרת סוגר חיבור)

פיקוד: dbinfo
תגובה: dbinfo:

אל האני dbinfo הפקודה מחזירה מידע על מסד הנתונים שנטען בשרת.
השדות המוחזרים הם:

או דנ"א או חלבון
מסכה רכה או חסרת מסיכה
מספר הרצפים במסד הנתונים
אורך הרצף הארוך ביותר במסד הנתונים
האורך הכולל של כל הרצפים במסד הנתונים

פיקוד: בדיקה
תגובה: חיפוש:

פקודת ה-lookup משמשת למיפוי מזהה חיצוני למזהה פנימי
מזהה.

פיקוד: לקבל מידע
תגובה: seqinfo: [ ]

הפקודה get info מחזירה מידע על רצף במסד הנתונים. ה
השדות המוחזרים הם:

אורך הרצף
סכום ביקורת בפורמט gcg (ראה להלן)
המזהה החיצוני (למשל מהכותרת של fasta)
שורת תיאור עבור הרצף (גם מהפאסטה
כותרת), שדה זה הוא אופציונלי וניתן להשמיט אותו.

פיקוד: לקבל seq
תגובה: seq:

הפקודה get seq מחזירה רצף שלם בשורה אחת.

פיקוד: לקבל subseq
תגובה: משנה:

הפקודה get subseq מחזירה חלק מרצף. תחילת הרצף היא
מיקום אפס. לְמָשָׁל. get subseq 0 0 10 יחזיר את 10 הבסיסים הראשונים של ה-
הרצף הראשון במסד הנתונים.

פיקוד: סט שאלה
תגובה: בסדר:

הפקודה seq query משמשת לשליחת רצף שאילתה לשרת. זה
מחזירה את אורך הרצף ו-gcg checksum

פיקוד: revcomp
תגובה: בסדר: גָדִיל

הפקודה revcomp query גורמת לשרת להשלים לאחור את השאילתה. זֶה
הוא לשמור את רוחב הפס של שליחת השאילתה פעמיים.

הפקודה revcomp target היא לומר לשרת להתייחס למסד הנתונים כאל שלו
השלמה הפוכה. הלקוח שולח פקודה זו רק בעת חיפוש א
מסד נתונים מתורגם, ולכן אין צורך ליישם אותו עבור רוב סוגי החיפוש.

פיקוד: סט להפסיק
תגובה: בסדר:

הפקודה קבע פרמטר שולחת פרמטרים משורת הפקודה שחרור אל
השרת. הלקוח יכול להתעלם מכל הפקודות הללו לעניין בסיסי
יישום, אך לא ניתן להתעלם ממנו לביצועים מיטביים.

פיקוד: לקבל hsps
תגובה: hspset: { }
או: hspset: ריק

הפקודה get hsps היא הפקודה העיקרית לקבלת קבוצות של hsps. השרת
עשוי להחזיר מספר hspsets. השדות המוחזרים הם:

המזהה הפנימי של רצף היעד עבור ערכות HSP אלה.
עמדת ההתחלה של שאילתת hsp
עמדת ההתחלה של יעד hsp
אורך hsp

שלושת השדות האחרונים מייצגים HSP, ועשויים לחזור על עצמם פעמים רבות באחד
hspset: שורת התשובה.

A פשוט דוגמה לקוחות שרת שיח.
% telnet localhost 12886
מנסה 127.0.0.1 ...
מחובר ל-localhost.localdomain.
תו בריחה הוא '^]'.
% גרסה
גרסה: exonerate-server 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: dna softmasked 100000 1701 38113579
% חיפוש AA159529.1
חיפוש: 88065
% קבל מידע 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancreas (#937208) Homo sapiens cDNA
% get seq 88065
המשך: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% get subseq 88065 10 20
המשך: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% הגדר שאילתה NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
בסדר: 62 2028
% מקבלים hsps
מספר שורות: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp שאילתה
אוקיי: שאילתה של strand revcomp
% מקבלים hsps
מספר שורות: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% יציאה
החיבור נסגר על ידי מארח זר.

הסביבה

עדיין לא מתועד.

דוגמאות

1. דוגמה ליצירת אינדקס מתורגם והפעלת חיפוש מהיר של protein2genome באמצעות
פטור-שרת

fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --תרגם כן human.genomic.esd
human.genomic.trans.esi פטור-שרת --port 1234 human.genomic.trans.esi פטור
pep.fasta localhost:1234 --מודל p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

גִרְסָה

תיעוד זה מלווה את גירסה 2.2.0 של החבילה המשחררת.

השתמש בשרת פטור מקוון באמצעות שירותי onworks.net