זהו הפקודה fahash שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
fahash - בונה hash רצף עבור e-PCR הפוך
תַקצִיר
פאהש [-hV] -b hash-file [-w wdsize] [-f period] [-F fragment_min,fragment_max] [-k] [-c
cachesize] [-v 1|2] famap-file ...
פאהש [-hV] -T hash-file [-o outfile]
תיאור
התכנית פאהש הוא חלק מחבילת e-PCR ומשמש לבניית קבצי hash ופלט
סטטיסטיקות שימוש במילים עבור חיפושי e-PCR הפוכים.
אפשרויות
-b קובץ hash
בנה טבלאות hash (hash-file) מקבצי רצף,
-T קובץ hash
הדפס סטטיסטיקות שימוש במילים עבור קובץ hash
-o אוסף
כתוב פלט לקובץ `outfile'
אפשרויות בנייה:
-w גודל מילים
הגדר את גודל המילה בעת בניית טבלאות גיבוב
-f תקופה
הגדר אי רציפות בעת בניית טבלאות גיבוב
-k דלג על חזרות בעת בניית קובץ hash
-F מינימום מקסימום
הגדר סימני מים לגודל קטע (ב-Mb) (גרסה 1 בלבד)
-c גודל המטמון
הגדר גודל מטמון (גרסה 2 בלבד)
-v ver השתמש בגרסת פורמט (1|2, 2 הוא ברירת מחדל)
דוגמא
famap -tN -b genome.famap org/chr_*.fa
fahash -b genome.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap
re-PCR -s genome.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200
לִרְאוֹת famap(1) ו מחשב מחדש(1)
השתמש ב-fahash באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net