זוהי הפקודה fasta2frag שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
fasta2frag - פיצולים a יחיד פסטה רצף אל תוך כמה חפיפה שברי.
תיאור
תוכנית זו היא חלק מחבילת ה-MIRA assembler. המטרה של fasta2frag היא
קטעי רצפים לרצפים קטנים יותר וחופפים. זה יכול לשמש להדמיה
רצפי רובה ציד. זה יכול ליצור תתי-רצפים בשני הכיוונים (/default) וגם
רצפי קצה מזווגים. אנא עיין בתיעוד למטה לקבלת פרטים נוספים
מידע על fasta2frag.
תַקצִיר
fasta2frag בקובץ אוסף
אפשרויות
-l int אורך של קטעים (ברירת מחדל=3000)
-i int תוספת של אתר התחלה של קטע (ברירת מחדל=2500)
-p int קצה מזווג (ברירת מחדל=0 כבויה, 1 מופעל)
-P int במצב קצה זוגי, הפוך את אחת מהקריאות (0 כבוי, ברירת מחדל=1 מופעל)
-s רצף Strobe int (ברירת מחדל=0 כבויה, 1 פועל)
-q int איכות ברירת מחדל כאשר אין נתונים איכותיים (ברירת מחדל=30)
-r int הפוך כל קטע n'י (ברירת מחדל=2)
-c int עיגול שברים כך שיצרו טבעת
(ברירת המחדל=0 היא כבויה, 1 יהיה מופעל)
-qualdivisor
int חלקו את ערכי האיכות בזה (ברירת מחדל=1)
-מינקוואל
int אבל תן לזה לפחות האיכות הזו (ברירת מחדל=0)
-insert_size
int paired-end: גודל הוספה (ברירת מחדל=3000)
-insert_stdev int
קצה מזווג: standard dev (ברירת מחדל=900) זה לא עובד כרגע
-שם זוגי מחרוזת
ערכת שמות עבור קצה זוגי: sanger, 454 (ברירת מחדל) או solexa
-מינימום
int min. מספר מוטציות/המשך שגיאות (def=0)
-maxmut
int max. מספר מוטציות/המשך שגיאות (def=0)
-סטרוביון
מספר הבסיסים הנקראים במהלך הדלקה
-סטרובוף
מספר הבסיסים הבין-לאומי במהלך כיבוי ה-strobe
-הפסקת התחלה
int להתחיל במיקום אופסט
-סיומת שמות
שם סיומת מחרוזת עם מחרוזת
השתמש בfasta2frag באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
