FCluster - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

AmpliconNoise - הסר רעש מנתוני רצף נוקלאוטידים בתפוקה גבוהה

גִרְסָה

תיעוד זה מתייחס לגרסה 1.22

תַקצִיר

לִרְאוֹת /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz לפרטים על אופן הריצה.

תיאור

הכלים הבאים כלולים. לרובם יש מקבילה של MPI, למשל
ל-SeqNoise יש SeqNoiseM מקביל שניתן להשתמש בו עם mpirun.

FastaUnique - משכפל את קובץ ה-fasta
-שם קובץ קלט מחרוזת
אפשרויות:

FCluster
-במרחק מחרוזת שם קובץ קלט
-out string file file
אפשרויות:
רזולוציית -r
-הצמדה ממוצעת
-w להשתמש במשקולות
-קראתי מזהים
-s scale dist.

NDist - מטריצת מרחק רצף Needleman-Wunsch בזוגיות מקובץ fasta
-במחרוזת שם קובץ fata
אפשרויות:
מזהי פלט -i

פרסאוס - הורג מפלצות
-Sin string seq שם קובץ
אפשרויות:
-קובץ רצף הפניה למחרוזת פח
-יישורי פלט
-ד להשתמש בחוסר איזון
שם קובץ חיפוש מחרוזת rin

PyroDist - מטריצת מרחק זוג מגרמות זרימה
-ב שם קובץ זרימת מחרוזת
-out stub out stub קובץ
אפשרויות:
-ni אין אינדקס בקובץ dat
שם קובץ חיפוש מחרוזת rin

PyroNoise - אשכולות זרימה ללא יישורים
שם קובץ זרימת מחרוזת דין
-out שם קובץ קלט של אשכול מחרוזת
-lin קובץ רשימת מחרוזות
אפשרויות:
-v מילולית
-c חתך ראשוני כפול
-ni אין אינדקס בקובץ dat
דיוק כפול
-שם קובץ חיפוש קובץ rin

SeqDist - מטריצת מרחק זוג מקובץ fasta
-במחרוזת שם הקובץ של fasta
אפשרויות:
מזהי פלט -i
שם קובץ חיפוש מחרוזת rin

SeqNoise - רצפי אשכולות
-שם קובץ ברצף מחרוזת
-דין מחרוזת מרחק שם קובץ מטריצה
-out שם קובץ קלט של אשכול מחרוזת
-lin קובץ רשימת מחרוזות
אפשרויות:
קובץ מיפוי -min
-v מילולית
-c חתך ראשוני כפול
דיוק כפול
שם קובץ חיפוש מחרוזת rin

SplitClusterEven
מחרוזת דין שם הקובץ
-min שם קובץ מפת מחרוזת
-שם קובץ עץ מחרוזת פח
גודל מפוצל
-מ' גודל מינימלי

השתמש ב-FCluster באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net