featureCounts - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

featureCounts - תוכנית סיכום קריאה יעילה ומדויקת ביותר

נוהג

featureCounts [אפשרויות] -a -o input_file1 [input_file2]
...

טיעונים נדרשים:

-a
שם של קובץ הערות. פורמט GTF כברירת מחדל. לִרְאוֹת -F אפשרות לפורמטים נוספים.

-o
שם קובץ הפלט כולל ספירות קריאה. קובץ נפרד כולל תקציר
נתונים סטטיסטיים של ספירת תוצאות כלולים גם הם בפלט (` .סיכום')

input_files
רשימת קבצי קלט בפורמט BAM או SAM. משתמשים לא צריכים לציין שזהו BAM או
ישב.

טיעונים אופציונליים:

-A
שם של קובץ מופרד בפסיק כולל שמות כינויים של כרומוזומים ששימשו להתאמה
שמות כרומוזומים המשמשים בביאור עם אלה המשמשים בקלט BAM/SAM, אם כן
שונה. ראה מדריך למשתמש לפורמט קובץ.

-F
ציין את הפורמט של קובץ ההערות שסופק. פורמטים מקובלים כוללים 'GTF' ו
'SAF'. 'GTF' כברירת מחדל. ראה מדריך למשתמש לתיאור פורמט SAF.

-t
ציין סוג תכונה בהערת GTF. 'אקסון' כברירת מחדל. תכונות המשמשות לקריאה
הספירה תחולץ מהביאור באמצעות הערך שסופק.

-g
ציין סוג תכונה בהערת GTF. `gene_id' כברירת מחדל. נעשה שימוש בתכונות מטא
עבור ספירת קריאה ייחלץ מהביאור באמצעות הערך שסופק.

-f בצע ספירת קריאה ברמת תכונה (למשל ספירת קריאות עבור אקסונים במקום
גנים).

-O הקצה קריאות לכל תכונות המטא החופפות שלהם (או תכונות אם -f is
נָקוּב).

-s
בצע ספירת קריאה ספציפית לגדיל. ערכים אפשריים: 0 (לא תקוע), 1
(תקוע) ו-2 (תקוע הפוך). 0 כברירת מחדל.

-M גם קריאות ריבוי מיפוי ייספרו. לקריאה מרובה מיפוי, הכל מדווח
יישורים ייספרו. תג 'NH' בקלט BAM/SAM משמש לזיהוי
קריאות ריבוי מיפוי.

-Q
ציון איכות המיפוי המינימלי שקרא צריך לעמוד בו כדי להיספר. ל
קריאה בקצה זוגי, לפחות קצה אחד צריך לעמוד בקריטריונים אלה. 0 כברירת מחדל.

-T
מספר החוטים. 1 כברירת מחדל.

-v גרסת פלט של התוכנית.

-J ספירת מספר קריאות התומכות בכל צומת אקסון-אקסון. צמתים היו
מזוהה מאותם קריאות פורשות אקסון בקלט (המכיל 'N' ב- CIGAR
חוּט). תוצאות הספירה נשמרות בקובץ בשם ' ‎.jcounts'

-G
קובץ Fasta המכיל את גנום הייחוס המשמש ליצירת הקלט SAM or
קבצי BAM. טיעון זה נחוץ רק כאשר עושים ספירת צומתים.

-R פלט תוצאת מטלה מפורטת עבור כל קריאה. יווצר קובץ טקסט עבור
כל קובץ קלט, כולל שמות קריאות ומטא-תכונות/תכונות קריאות
שהוקצה ל. ראה מדריך למשתמש לפרטים נוספים.

--largestחפיפה
הקצה קריאות למטא-תכונה/תכונה שיש לה את המספר הגדול ביותר של חפיפה
בסיסים.

--min חפיפה
ציין את המספר המינימלי של בסיסים חופפים הנדרשים בין קריאה ל-a
מטא-תכונה/תכונה שהקריאה מוקצה לה. 1 כברירת מחדל.

--read2pos <5: 3>
צמצם את הקריאה ל-5' הכי בסיס או 3' הכי בסיס. לאחר מכן מתבצעת ספירת קריאה
בהתבסס על הבסיס היחיד שהקריאה מצטמצמת אליו.

--readExtension5 קריאות מורחבות במעלה הזרם על ידי בסיסים מהם
סוף 5'.

--readExtension3 קריאות מורחבות במעלה הזרם על ידי בסיסים מהם
סוף 3'.

--שבריר
השתמש בספירה חלקית 1/n, במקום ספירה אחת (אחת), עבור כל יישור מדווח
של קריאה מרובה מיפוי בספירת קריאה. n הוא המספר הכולל של יישורים שדווחו
לקריאה של ריבוי מיפוי. יש להשתמש באפשרות זו יחד עם אפשרות '-M'.

--יְסוֹדִי
ספור יישורים ראשוניים בלבד. יישורים ראשיים מזוהים באמצעות סיביות 0x100 אינץ'
שדה SAM/BAM FLAG.

--ignoreDup
התעלם מקריאה כפולה בספירת קריאה. קריאות כפולות מזוהות באמצעות סיביות
Ox400 בשדה BAM/SAM FLAG. כל צמד הקריאה מתעלם אם אחת מהקריאות כן
קריאה כפולה עבור נתוני קצה מזווגים.

--countSplitAlignmentsOnly ספור יישורים מפוצלים בלבד (כלומר יישור עם
מחרוזת CIGAR המכילה 'N'). דוגמה ליישורים מפוצלים היא קריאות המתפרשות על פני אקסון
בנתוני RNA-seq.

-p ספירת קטעים (זוגות קריאה) במקום קריאות בודדות. עבור כל זוג קריאה, שלה
שתי קריאות חייבות להיות צמודות זו לזו בקלט BAM/SAM.

-P בדוק את תקפות המרחק המזווג בעת ספירת זוגות קריאה. להשתמש -d ו -D ל
להגדיר ספים.

-d
אורך קטע/תבנית מינימלי, 50 כברירת מחדל.

-D
אורך קטע/תבנית מקסימלי, 600 כברירת מחדל.

-B ספור זוגות קריאה ששני הקצוות מיושרים בהצלחה בלבד.

-S
ציין כיוון של שני קריאות מאותו זוג, 'fr' כברירת מחדל
(קדימה/אחורה).

-C אין לספור זוגות קריאה ששני הקצוות שלהם ממופים לכרומוזומים שונים
או מיפוי לאותו כרומוזום אבל על גדילים שונים.

--לא מיון
אל תמיין קריאות בקלט BAM/SAM. שימו לב שדרושות קריאות מאותו זוג
להיות ממוקמים אחד ליד השני בקלט.

--maxMOp
המספר המרבי של פעולות 'M' המותרות במחרוזת CIGAR . 10 כברירת מחדל. שניהם
'X' ו-'=' מטופלים כ-'M' ופעולות 'M' סמוכות מתמזגות ב-CIGAR
מחרוזת.

השתמש ב-featureCounts באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net