frendp - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

frend.pl -- עבד קובץ Bio::Graphics Feature באינטרנט

תַקצִיר

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

תיאור

הסקריפט frend.pl הוא קצה קצה דק סביב מודול Bio::Graphics. זה מקבל א
רשימה של קבצים המכילים רצף (חלבון, נוקלאוטיד) תכונה קואורדינטות מה
קבצים הרשומים בשורת הפקודה או בקלט סטנדרטי, מעבד אותם ומייצר PNG
קובץ על פלט רגיל.

התקנה

העתק את הסקריפט הזה לספריית cgi-bin של אתר האינטרנט שלך. תקרא לזה איך שאתה רוצה.

מאפיין קבצים פוּרמָט

סקריפט זה מקבל ומעבד הערות רצף בפורמט פשוט מופרד בטאבים או
בפורמט GFF.

לפורמט קובץ המאפיינים יש קטע תצורה וקטע נתונים. התצורה
מקטע מגדיר את הגודל והמאפיינים הכוללים של התמונה, וקטע הנתונים נותן
נתוני התכונה עצמם.

תְצוּרָה סעיף
אם לא מסופק, הסקריפט הזה יוצר סעיף תצורת ברירת מחדל סביר עבור
אתה, כך שאינך צריך לספק סעיף תצורה כדי לקבל תמונה סבירה.
עם זאת, כדי לכוונן את מראה התמונה, סביר להניח שתרצה לצבוט את
תְצוּרָה. להלן קטע מתוך סעיף התצורה:

# קובץ לדוגמה
[כללי]
בסיסים = -1000..21000
גובה = 12

[EST]
גליף = מקטעים
bgcolor= צהוב
מחבר = מוצק
גובה = 5

[FGENES]
glyph = תמליל2
bgcolor = ירוק
תיאור = 1

קטע התצורה מחולק לסט של קטעים, כל אחד מסומן ב-a
[כותרת הסעיף]. הסעיף [כללי] מציין אפשרויות גלובליות עבור התמונה כולה.
סעיפים אחרים חלים על סוגי תכונה מסוימים. בדוגמה למעלה, התצורה
בסעיף [EST] חל על תכונות המסומנות כ-ESTs, בעוד התצורה ב-
סעיף [FGENES] חל ​​על תכונות המסומנות כתחזיות מהגן FGENES
תוכנית חיזוי.

בתוך כל מקטע יש סדרה של זוגות שם=ערך, כאשר השם הוא השם של an
אפשרות להגדיר. אתה יכול לשים רווח לבן סביב הסימן = כדי להפוך אותו לקריאה יותר, או אפילו
השתמש בנקודתיים (:) אם אתה מעדיף. שמות האפשרויות הבאים מזוהים:

דוגמה לערך אופציה
------ ----- -------

בסיסים Min & Max של טווח הרצף (bp) 1200..60000
רוחב רוחב התמונה (פיקסלים) 600
גובה גובה של כל אלמנט גרפי (פיקסלים) 10
סגנון גליף של כל רכיב גרפי (ראה להלן) תמליל
fgcolor צבע החזית של כל אלמנט צהוב
bgcolor צבע רקע של כל אלמנט כחול
רוחב קווים רוחב קווים 3
תווית הדפס את שם התכונה 1
תיאור האם להדפיס את תיאור התכונה 0
bump אלמנטים אינם רשאים להתנגש 1
טיקים הדפס סימני תקתק על החצים 1
מחבר סוג מחבר הקבוצה (מקווקו, כובע או מוצק) מקווקו

האפשרויות "בסיסים" ו"רוחב" רלוונטיות רק בסעיף [כללי]. הם
נדחק על ידי אפשרויות שורת הפקודה בשם זה.

את שאר האפשרויות ניתן לאתר בכל חלק, אך אם קיימות ב-
הסעיף [כללי] יקבע ברירת מחדל עבור האחרים.

צבעים הם שמות צבעים בשפה האנגלית או צבעים #RRGGBB בסגנון אינטרנט (ראה ספר על HTML
להסבר). ערכי True/false הם 1 עבור true, ו-0 עבור false. טווחים מספריים יכולים
להתבטא בצורת התחלה..סוף עם שתי נקודות, או כהתחלה-סוף עם מקף.

האפשרות "גליף" שולטת בעיבוד התכונות. הגליפים הבאים הם
מוטמע:

שם תיאור
---------------

תיבה מלבן מלא, לא כיווני.
אליפסה אליפסה.
חץ חץ; יכול להיות חד כיווני או
דו - כיווני. זה גם מסוגל להציג
סולם עם סימנים מז'וריים וקטנים, ויכול
להיות מכוון אופקית או אנכית.
מקטעים קבוצה של מלבנים מלאים המחוברים במוצק
שורות. משמש לתכונות מופרעות, כגון
יישורים מרווחים וקבוצות אקסון.
תמליל דומה לקטעים, אבל הקו המחבר הוא
צורת "כובע", והכיוון של
התעתיק מסומן על ידי חץ קטן.
transcript2 דומה לתמלול, אבל הכיוון של
תעתיק מסומן על ידי קטע טרמינלי
בצורת חץ.
primers שני חצים המצביעים פנימה המחוברים בקו. משמש עבור STSs.

אפשרות הבליטה היא האפשרות החשובה ביותר לשליטה במראה התמונה. אם מוגדר
ל-false (המספר 0), אז מותר לתכונות לחפוף. אם מוגדר כ-true (ה
מספר 1), אז התכונות ינועו אנכית כדי למנוע התנגשות. אם לא צוין,
bump מופעל אם המספר של כל סוג נתון של תכונת רצף גדול מ-50.

נתונים סעיף
קטע הנתונים יכול לעקוב אחר קטע התצורה או להמשיך. שני הסעיפים יכולים
גם להיות מעורבב. קטע הנתונים הוא קובץ מופרד בטאבים או ברווח לבן שאתה יכול
ייצוא מיישום גיליון אלקטרוני או קובץ מעבד תמלילים (הקפד לשמור כטקסט
רק!)

להלן קטע נתונים לדוגמה:

Cosmid B0511 . 516-619 Cosmid B0511 . 3185-3294 Cosmid
B0511 . 10946-11208 Cosmid B0511 . 13126-13511 Cosmid
B0511 . 66-208 Cosmid B0511 . 6354-6499 Cosmid B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 דג שוודי FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 תחום טרנסממברנלי
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 תחומי קינאז וסושי

כל שורה בקובץ מכילה חמש עמודות. העמודות הן:

עמודה # תיאור
--------------------

סוג תכונה אחד
שם תכונה 2
חוף 3
4 קואורדינטות
5 תיאור

סוג תכונה
סוג התכונה צריך להתאים לאחת מהכותרות [סוג תכונה] ב-
סעיף תצורה. אם לא, האפשרויות [כללי] יחולו על
תכונה בעת עיבודו. שם התכונה הוא שם לתכונה. תשתמש ב "." אוֹ
"-" אם זה לא רלוונטי. אם השם מכיל רווח לבן, הכנס יחיד או כפול
מרכאות ("") סביב השם.

גדיל
הגדיל מציין באיזה גדיל נמצא התכונה. זה אחד של "+" עבור קדימה
גדיל, "-" עבור הגדיל ההפוך, או "." עבור תכונות שאינן תקומות.

קואורדינטות
עמודת הקואורדינטות היא קבוצה של טווח אחד או יותר שהתכונה תופסת.
טווחים נכתבים באמצעות ".." כמו ב-start..stop, או עם מקפים, כמו ב-start-stop.
עבור תכונות המורכבות מטווחים מרובים &em; למשל תמלול זה
יש אקסונים מרובים &em; אתה יכול לשים את הטווחים על אותה שורה מופרדים על ידי
פסיקים או רווחים, או לשים את הטווחים על שורות בודדות ופשוט להשתמש באותה תכונה
שם והקלד כדי לקבץ אותם. בדוגמה שלמעלה, תכונות Cosmid B0511 משתמשות ב-
סגנון קו אינדיבידואלי, בעוד שתכונות FGENESH משתמשות בכל הטווחים-על-קו
סגנון.

תיאור
העמודה האחרונה מכילה טקסט תיאורי כלשהו. אם אפשרות התיאור מוגדרת ל
נכון, הטקסט הזה יודפס מתחת לתכונה בעיבוד.

לבסוף, אפשר לקבץ תכונות קשורות יחד. דוגמה לכך היא ESTs
yk53c10.5 ו-yk53c10.3, הקשורים ביניהם על ידי קריאות משני הקצוות של השיבוט
yk53c10. כדי לציין קשר זה, צור קטע שנראה כך:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

הקבוצה מסומנת על ידי קו שמכיל רק שתי עמודות המכילות את התכונה
סוג ושם ייחודי לקבוצה. בצע את הקו הזה עם כל התכונות היוצרות את
קבוצה, אך השאר את העמודה הראשונה (סוג התכונה) ריקה. הקבוצה תעובד על ידי
שרטוט קו מקווקו בין כל חברי הקבוצה. אתה יכול לשנות זאת על ידי
ציון אפשרות מחבר שונה בסעיף התצורה עבור תכונה זו
הקלד.

השתמש ב-frendp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net