זוהי הפקודה fuzztrane שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
fuzztran - חפש דפוסים ברצפי חלבונים (מתורגם)
תַקצִיר
fuzztran -סדר פעולות המשך -תבנית דפוס [-מִסגֶרֶת רשימה] [-שולחן רשימה] -תיק לדווח
fuzztran עזרה
תיאור
fuzztran היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "גרעין:מוטיבים,חלבון:מוטיבים".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות המשך
-תבנית דפוס
נעשה שימוש בקודי IUPAC הסטנדרטיים באות אחת עבור חומצות האמינו. הסמל 'x' הוא
משמש לעמדה שבה כל חומצת אמינו מקובלת. אי בהירות מסומנות על ידי
פירוט חומצות האמינו המקובלות עבור מיקום נתון, בין סוגריים מרובעים '[
]'. לדוגמה: [ALT] מייצג Ala או Leu או Thr. אי בהירות מסומנות גם על ידי
רישום בין זוג סוגריים מסולסלים '{ }' את חומצות האמינו שאינן מקובלות
בתנוחת גון. לדוגמה: {AM} מייצג כל חומצת אמינו מלבד Ala ו-Met.
כל אלמנט בדפוס מופרד מהשכן שלו על ידי '-'. (אופציונלי ב
fuzztran) ניתן לציין חזרה על אלמנט מהתבנית על ידי ביצוע זה
אלמנט עם ערך מספרי או טווח מספרי בין סוגריים. דוגמאות:
x(3) מתאים ל-xxx, x(2,4) מתאים ל-xx או xxx או xxxx. כש
התבנית מוגבלת למסוף N או C של רצף, דפוס זה
מתחיל בסמל '<' או מסתיים בסמל '>' בהתאמה. מסתיימת תקופה
הדפוס. (אופציונלי ב- fuzztran). לדוגמה, [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C
נוסף סעיף
-מִסגֶרֶת רשימה
ערך ברירת מחדל: 1
-שולחן רשימה
תְפוּקָה סעיף
-תיק לדווח
השתמש ב-fuzztrane באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
