זוהי הפקודה fuzztrane שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
fuzztran - חיפוש תבניות ברצפי חלבונים (מתורגם)
תַקצִיר
פוזטרן -סדר פעולות המשך -תבנית דפוס [-מִסגֶרֶת רשימה] [-שולחן רשימה] -תיק לדווח
פוזטרן עזרה
תיאור
פוזטרן היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זהו חלק מקבוצת הפקודות "Nucleic:Motifs,Protein:Motifs".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות המשך
-תבנית דפוס
נעשה שימוש בקודי IUPAC הסטנדרטיים באות אחת עבור חומצות האמינו. הסמל 'x' הוא
משמש לעמדה שבה כל חומצת אמינו מקובלת. אי בהירות מסומנות על ידי
פירוט חומצות האמינו המקובלות עבור מיקום נתון, בין סוגריים מרובעים '[
]'. לדוגמה: [ALT] מייצג Ala או Leu או Thr. אי בהירות מסומנות גם על ידי
רישום בין זוג סוגריים מסולסלים '{ }' את חומצות האמינו שאינן מקובלות
במיקום gven. לדוגמה: {AM} מייצג כל חומצת אמינו מלבד Ala ו-Met.
כל אלמנט בדפוס מופרד מהשכן שלו על ידי '-'. (אופציונלי ב
ניתן לציין חזרה על אלמנט של התבנית על ידי ביצוע הפעולות הבאות:
אלמנט עם ערך מספרי או טווח מספרי בין סוגריים. דוגמאות:
x(3) מתאים ל-xxx, x(2,4) מתאים ל-xx או xxx או xxxx. כש
התבנית מוגבלת למסוף N או C של רצף, דפוס זה
מתחיל בסמל '<' או מסתיים בסמל '>' בהתאמה. מסתיימת תקופה
התבנית. (אופציונלי ב-fuzztran). לדוגמה, [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C
נוסף סעיף
-מִסגֶרֶת רשימה
ערך ברירת מחדל: 1
-שולחן רשימה
תְפוּקָה סעיף
-תיק לדווח
השתמש ב-fuzztrane באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
