שום - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

שום - תוכנית להדמיה מולקולרית

תַקצִיר

שום [נָכוֹן שׁוּם אפשרויות] [X11 אפשרויות] [שם הקובץ]

תיאור

דף מדריך זה מתעד בקצרה שום, תוכנה חינמית להדמיה מולקולרית.
ניתן למצוא תיעוד מקיף בפורמט HTML ומקורות ב-garlic home,
<כתובת האתר:http://garlic.mefos.hr/garlic/מיקום פיזי: בית ספר לרפואה, אוניברסיטה
של אוסייק, קרואטיה, אירופה. חבילות מוקדמות עבור מספר הפצות גנו/לינוקס
זמינים. אלה כוללים את דביאן, SuSE, מנדריבה, Linspire ומספר יישומים אחרים
הפצות. ניתן להוריד ולפרק את תיעוד ה-HTML לשימוש מקומי (מומלץ
(שימוש). כאן תוכלו למצוא תיאור קצר מאוד של התוכנית ורשימת הפקודות
אפשרויות קו.

שום היא תוכנת ויזואליזציה מולקולרית שנכתבה במקור לחקירת
חלבוני ממברנה. כעת ניתן להשתמש בו כדי להמחיש ולערוך בקלות את כל החלבונים ו
מולקולות. גרסה זו מזהה את פורמט PDB גרסה 2.1; ראה את קובץ המקור pdb_atom.c
לפרטים על פורמט זה.

אפשרויות

ניתן לחלק את אפשרויות שורת הפקודה לשתי קבוצות: נָכוֹן (ספֵּצִיפִי) שום אפשרויות ו X11
אפשרויותניתן לתת אפשרויות בכל סדר שהוא. כל האפשרויות וערכי ברירת המחדל המקודדים הם
רשומים בטבלה שלהלן. עבור כל פרמטר, הערך המוגדר דרך שורת הפקודה הוא
בשימוש, אם זמין. אם לא, הערך המוגדר ב .garlicrc קובץ נמצא בשימוש. אם .garlicrc
הקובץ אינו זמין, או שאין ערך מתאים בקובץ זה, הקובץ המקודד בקפידה
נעשה שימוש בערך ברירת מחדל. הדוגמה .garlicrc הקובץ הכלול בחבילה המקורית מכיל
הערכים השווים לברירות מחדל קבועות.

שום אפשרויות:
-ח, - עזרה
הדפס עזרה וצא.

-ב, --גִרְסָה
גרסת הדפסה ויציאה.

-ר, --הירשם
רישום שום: הודע למחבר שהאתר שלך מותקן שום ושמישהו אחר
הולך להשתמש בתוכנית זו. על ידי הרשמה, אתה מעודד את המחבר
המשך פיתוח של שום. אתה יכול גם לעזור למחבר להבטיח תמיכה ב
פיתוח נוסף. אפשרות זו שולחת הודעת דוא"ל קצרה אחת, המכילה רק
כותרת הודעת הדוא"ל והמילה 'שלום!', אל[מוגן בדוא"ל]>. אנא
בצע את הפקודה garlic -r אם אתה מתכוון להשתמש בתוכנית זו. אם אינך מחובר ל
באינטרנט, שקול לשלוח הודעה קצרה ממערכת אחרת.

-נוסיס הסתר את סמל מערכת הקואורדינטות (בפינה השמאלית העליונה).

-ללא שליטה
הסתר את חלון הבקרה (פינה ימנית עליונה).

-סטרו
הצגת תמונה סטריאו.

-לוּחַ מצב
מצב ברירת מחדל של לוח. מצבי לוח זמינים הם: כבוי, מישורי (ברירת מחדל), כדורי,
חצי כדור, גליל וחצי גליל.

-דוֹהֶה מצב
מצב ברירת מחדל של דהיית צבע. מצבים זמינים: כבוי, מישורי (ברירת מחדל), כדורי,
חצי כדור, גליל וחצי גליל.

-כפי ש מספר
סגנון ציור אטום ברירת מחדל (ברירת מחדל בקידוד קשיח: 2).

-bs מספר
סגנון ברירת מחדל של שרטוט אג"ח (ברירת מחדל בקידוד קשיח: 2).

-פס מספר
מספר ברירת מחדל של משטחי דהיית צבע. מישורים מקבילים, כדורים קונצנטריים או
ניתן להשתמש בגלילים קונצנטריים כמשטחי דהייה. שלוש שלישיות RGB הן
מוקצה לכל משטח. המשטחים מפוזרים באופן שווה; לפחות אחד ולכל היותר
יש להגדיר שמונה. לפחות שלושה צבעים (שמאל, אמצעי וימין)
המוקצה לכל אטום נראה לעין. שלושת הצבעים הללו מבוססים על מיקום של
אטום נתון יחסית למשטח/ים הדהייה הקרוב/ים ביותר ועל צבעים שהוקצו לו
משטחים אלה. צבעים משולבים באמצעות שקלול ליניארי.

-lc צֶבַע
צבע שמאלי על המשטח ה-i; i נמצא בין אפס לשבע. מחרוזת הצבע
צריך להיות תואם לתקן X11R5. כחול, לדוגמה, עשוי להיות מוגדר ככחול או כ
RGB:0000/0000/FFFF וכו'. לדוגמה -lc4 RGB:BBBB/8888/4444 מגדיר את הצבע השמאלי
על פני השטח שהאינדקס שלו שווה לארבע.

-mc צֶבַע
צבע אמצעי במשטח ה-i.

-rc צֶבַע
צבע ימני במשטח ה-i.

-PC, --print-config
הדפס נתוני תצורה וצא.

-pcn הדפס שמות סמן ל-stdout וצא.

-עֵץ קובץ לוג
כתוב פקודות והודעות לקובץ יומן הרישום. הקובץ ייווצר בקובץ הנוכחי
ספריית עבודה. אם זה לא אפשרי, קובץ יומן יומן ייווצר בדף הבית של המשתמש
במדריך.

X11 אפשרות:
-לְהַצִיג הצג שם
שרת X ליצירת קשר.

-גֵאוֹמֶטרִיָה גיאום
גיאומטריית חלון (ברירת מחדל: כמעט כל המסך).

-בג צֶבַע
צבע רקע החלון הראשי (ברירת המחדל היא שחור).

-fg צֶבַע
צבע חזית החלון הראשי (ברירת מחדל: לבן).

-פני שם גופן
גופן טקסט; (ברירת המחדל היא 10x20).

-tbg צֶבַע
צבע רקע של טקסט (ברירת המחדל היא שחור).

-tfg צֶבַע
צבע טקסט (ברירת המחדל היא לבן).

-סַמָן שם קורס
שם הסמן; ראה /usr/include/X11/cursorfont.h עבור שמות; הסר את הקידומת XC_.

השתמש בשום באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net