זהו הפקודה גנום-music-galaxyp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
גלקסיית המוזיקה הגנומית - הפעל את החבילה המלאה של כלי MuSiC ברצף.
גִרְסָה
מסמך זה מתאר גנום מוזיקת גלקסיית גרסה 0.04 (2016-01-01 בשעה 23:10:18)
תַקצִיר
גלקסיית המוזיקה הגנום [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-file=?
--reference-sequence=? --maf-file=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--show-disped]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--חיתוכים נפרדים] [--מיזוג-במקביל-השתקים] [--דילוג-לא-קידוד] [--דילוג-שקט]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--clinical-correlation-matrix-file=?]
כלי זה לוקח כפרמטרים את כל המידע הנדרש להפעלת הכלים הבודדים. א
שימוש לדוגמה הוא:
... נגן מוזיקה \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input/pathway_db \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--גן מסוג נתונים גנטי
נדרש טיעונים
באם-רשימת טקסט
רשימה מופרדת בטאבים של קובצי BAM [sample_name normal_bam tumor_bam]
חבילת פלט טקסט
מיקום שבו Galaxy רוצה שצרור יציאות המוזיקה יישמר
קובץ roi טקסט
רשימה מופרדת בטאבים של ROIs [chr start stop gene_name]
רצף התייחסות טקסט
נתיב לרצף הפניה בפורמט FASTA
קובץ maf טקסט
רשימת מוטציות באמצעות מפרטי TCGA MAF v2.3
קובץ מסלול טקסט
קובץ מופרד בטאבים של מידע מסלול
אופציונאלי טיעונים
פלט-dir
ספרייה שבה ייכתבו קבצי פלט וספריות משנה
ערך ברירת המחדל '' אם לא צוין
קובץ נתונים-מספריים-קליניים טקסט
טבלת דגימות (y) לעומת קטגוריית נתונים קליניים מספריים (x)
קובץ נתונים-קטגורי-קליני טקסט
טבלת דגימות (y) לעומת קטגוריית נתונים קליניים קטגוריים (x)
מוטציה-מטריצה-קובץ טקסט
אופציונלי לאחסן את מטריצת הדגימה לעומת הגן המשמשת במהלך החישובים.
תמורות מספר
מספר התמורות המשמשות לקביעת ערכי P
עומק נורמלי-דק מספר שלם
עומק הקריאה המינימלי כדי להתייחס לבסיס BAM רגיל כמכוסה
עומק גידול מינימלי מספר שלם
עומק הקריאה המינימלי לשקול בסיס גידול BAM כמכוסה
min-mapq מספר שלם
איכות המיפוי המינימלית של קריאה שיש לקחת בחשבון לקראת ספירת עומק קריאה
דילוג על הופעה בוליאני
דווח על כל מוטציה שדילג עליה, לא רק על כמה
ערך ברירת המחדל 'false' (--noshow-disped) אם לא צוין
אי-הופעה דילג בוליאני
הפוך את ההצגה שדילגת על 'שקר'
גנים להתעלם מהם טקסט
רשימה מופרדת בפסיק של גנים שיש להתעלם מהם עבור שיעורי מוטציות ברקע
bmr מספר
שיעור מוטציות רקע באזורי היעד
מקסימום קרבה טקסט
מרחק AA מקסימלי בין 2 מוטציות
bmr-modifier-file טקסט
רשימה מופרדת בטאבים של ערכים לכל גן שמשנים את BMR לפני בדיקת [שם_גן
bmr_modifier]
שיטת בדיקת נתונים מספריים טקסט
או 'cor' עבור מתאם פירסון או 'wilcox' עבור מבחן סכום הדירוג של Wilcoxon עבור
נתונים קליניים מספריים.
ערך ברירת המחדל 'cor' אם לא צוין
דלג-נמוך-מר-גנים בוליאני
דלג על בדיקת גנים עם MR נמוכים מ-MR ברקע
ערך ברירת המחדל 'true' אם לא צוין
noskip-low-mr-genes בוליאני
הפוך את הגנים לדלג-נמוך-mr 'שקרי'
max-fdr מספר
השיעור המרבי המותר לגילוי שווא עבור גן להיחשב SMG
ערך ברירת המחדל '0.2' אם לא צוין
גנטי-נתונים-סוג טקסט
הנתונים בקובץ המטריצה חייבים להיות נתונים מסוג "גן" או "וריאנטים".
wu-annotation-headers בוליאני
השתמש בזה כדי לברירת מחדל לכותרות של פורמט הערות wustl
nowu-annotation-headers בוליאני
הפוך את כותרות wu-annotation-'false'
bmr-groups מספר שלם
מספר אשכולות של דגימות עם BMRs דומות
ערך ברירת המחדל '1' אם לא צוין
חתכים נפרדים בוליאני
קבץ מוטציות חיתוך כקטגוריה נפרדת
ערך ברירת המחדל 'false' (--noseparate-truncations) אם לא צוין
חתכים נפרדים באף בוליאני
הפוך חיתוך נפרד ל'שקר'
מיזוג-במקביל-השתקים בוליאני
מוטציות מרובות של גן באותה דגימה מטופלות כאל 1
ערך ברירת המחדל 'false' (--nomerge-concurrent-muts) אם לא צוין
nomerge-concurrent-muts בוליאני
הפוך את המיזוג-במקביל-השתקים ל'שקר'
דילוג על אי קידוד בוליאני
דלג על מוטציות שאינן מקודדות מקובץ ה-MAF שסופק
ערך ברירת המחדל 'true' אם לא צוין
noskip-non-coding בוליאני
הפוך את הדילוג ללא קידוד ל'false'
דילוג-שקט בוליאני
דלג על מוטציות שקטות מקובץ ה-MAF שסופק
ערך ברירת המחדל 'true' אם לא צוין
noskip-silent בוליאני
הפוך 'שקר' לדלג-שקט
מיני-מוט-גנים-לנתיב מספר שלם
נתיבים עם פחות גנים שעברו מוטציה מזה יתעלמו
ערך ברירת המחדל '1' אם לא צוין
glm-model-file טקסט
קובץ המתאר את סוג המודל, משתנה התגובה, קווריאנטים וכו' עבור ה-GLM
אָנָלִיזָה. (ראה תיאור).
מעבדים מספר שלם
מספר המעבדים לשימוש ב-SMG (דורש חבילות 'foreach' ו-'doMC' R)
ערך ברירת המחדל '1' אם לא צוין
aa-טווח מספר שלם
הגדר כמה קרובה התאמה 'קרוב' בעת חיפוש חומצת אמינו ליד פגעים
ערך ברירת המחדל '2' אם לא צוין
טווח גרעיני מספר שלם
קבע כמה קרובה התאמה 'קרוב' בעת חיפוש מיקום נוקלאוטיד ליד פגעים
ערך ברירת המחדל '5' אם לא צוין
בניית התייחסות טקסט
שים "Build36" או "Build37"
ערך ברירת המחדל 'Build37' אם לא צוין
להראות ידועים בוליאני
כאשר ממצא חדש, הראה AA ידוע בגן זה
ערך ברירת המחדל 'true' אם לא צוין
להיטים ידועים ללא הופעה בוליאני
הפוך את הלהיטים הידועים ל"שקריים"
glm-clinical-data-file טקסט
תכונות קליניות, פרופילים מוטציות, נתונים קליניים מעורבים אחרים (ראה תיאור).
use-maf-in-glm בוליאני
הגדר את הדגל הזה לשימוש במטריצת הווריאציות שנוצרה מקובץ ה-MAF כקלט וריאנט
ניתוח GLM.
ערך ברירת המחדל 'false' (--nouse-maf-in-glm) אם לא צוין
nouse-maf-in-glm בוליאני
הפוך את use-maf-in-glm ל'false'
omimaa-dir נתיב
תיקיית מסד הנתונים של מוטציות חומצות אמינו של omim
cosmic-dir נתיב
תיקיית מסד הנתונים של מוטציות חומצות אמינו קוסמיות
מִלוּלִי בוליאני
הפעל כדי להציג פלט עבודה גדול יותר
ערך ברירת המחדל 'true' אם לא צוין
ללא מילים בוליאני
הפוך מילולי 'שקר'
קלינית-מתאם-מטריצה-קובץ טקסט
אופציונלי לאחסן את מטריצת הדגימה לעומת הגן בשימוש פנימי במהלך החישובים.
תיאור
ניתן להשתמש בפקודה זו כדי להפעיל את כל כלי הניתוח של MuSiC על קבוצת נתונים. אנא
עיין בכלים הבודדים לתיאור נוסף של הפרמטרים.
מחברים
תומס בי מוני, MS
קרדיטים
אנא ראה את הקרדיטים עבור גנום-מוזיקה(1).
השתמש ב-genome-music-galaxyp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
