זוהי הפקודה gmod_gff3_preprocessor.plp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
$0 - מכין קובץ GFF3 לטעינה בכמות גדולה למסד נתונים של צ'אדו.
תַקצִיר
% gmod_gff_preprocessor [אפשרויות] --gfffile
שורת הפקודה אפשרויות
--gfffile הקובץ המכיל GFF3 (אופציונלי, יכול לקרוא
מ-stdin)
--outfile ליבת השם שתשמש למתן שמות לקבצי תוצאות
--splitfile פצל את הקבצים לנתחים ניתנים לניהול, מתן
טיעון לשלוט בפיצול
--onlysplit פצל את הקבצים ואז צא (כלומר, אל תמיין)
--nosplit אל תפצל את הקבצים (כלומר, מיון בלבד)
--hasrefseq הגדר זאת אם הקובץ מכיל שורת רצף הפניה
(צריך רק אם לא מפצלים קבצים)
--dbprofile ציין שם פרופיל gmod.conf (אחרת השתמש בברירת המחדל)
--inheritance_tiers לכמה רמות של ירושה אתה מצפה לקובץ הזה
יש (ברירת מחדל: 3)
תיאור
splitfile - רק הגדרת הדגל הזה ל-1 תגרום לפיצול הקובץ על ידי הפניה
סדר פעולות. אם תספק טיעון אופציונלי, הוא יפוצל עוד בהתאם
הכללים האלה:
source=1 מפצל קבצים לפי הערך בעמודת המקור
source=a,b,c שם שורות עם מקורות התואמים (באמצעות ביטוי רגולרי)
'a', 'b' או 'c' בקובץ נפרד
type=a,b,c שם שורות עם טיפוסים התואמים ל-'a', 'b' או 'c' ב-
קובץ נפרד
לדוגמה, אם רצית שכל תוצאות הניתוח שלך ייכנסו לקובץ נפרד, אתה
יכול להצביע על '--splitfile type=match', וכל cDNA_match, EST_match ו-
תכונות cross_genome_match ייכנסו לקבצים נפרדים (מופרדים לפי רצף הפניות).
inheritence_tiers -- מספר רמות הירושה שיש לקובץ הזה. לדוגמה, אם
בקובץ יש גנים של "דוגמה מרכזית" (גן/mRNA/ אקסון, פוליפפטיד), ואז יש בו 3. למעלה
עד 4 נתמך אך ככל שהמספר גבוה יותר, כך הוא פועל לאט יותר. אם לא
יודע, 3 זה ניחוש סביר.
פאסטה רצף
אם קובץ GFF3 מכיל רצף FASTA בסוף, הרצף ימוקם ב-a
קובץ נפרד עם הסיומת '.fasta'. ניתן לטעון את קובץ ה-fasta הזה בנפרד לאחר מכן
קבצי GFF3 המפוצלים ו/או הממוינים נטענים, באמצעות הפקודה:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
השתמש ב-gmod_gff3_preprocessor.plp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
