זוהי הפקודה gmx-confrms שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
gmx-confrms - התאם שני מבנים ומחשב את ה-RMSD
תַקצִיר
gmx confrms [-F1 [<.tpr/.gro/...>]] [-F2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-לא [<.ndx>]] [-[עַכשָׁיו] [-[אף אחד] [-[לא]מוו] [-[no]pbc]
[-[לא מתאים] [-[ללא שם] [-[אין תווית] [-[no]bfac]
תיאור
GMX מאשרים מחשב את סטיית הריבוע הממוצעת (RMSD) של שני מבנים לאחר
ריבועים קטנים המתאימים למבנה השני על המבנה הראשון. שני המבנים לא
צריך להיות בעל אותו מספר של אטומים, רק שתי קבוצות האינדקס המשמשות להתאמה צריכות
להיות זהים. עם - שם ישמשו רק שמות אטומים תואמים מהקבוצות שנבחרו
עבור חישוב ההתאמה וה-RMSD. זה יכול להיות שימושי כאשר משווים מוטנטים של חלבון.
המבנים המועלים נכתבים לקובץ. ב .pdb קובץ שני המבנים יהיו
כתוב כדגמים נפרדים (שימוש רסמול -nmrpdb). גם ב א .pdb קובץ, גורמי B מחושבים
מהערכי MSD האטומיים ניתן לכתוב עם -bfac.
אפשרויות
אפשרויות לציון קבצי קלט:
-F1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-F2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
קובץ מבנה: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס
אפשרויות לציון קבצי פלט:
-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)
קובץ מבנה: gro g96 pdb brk ent esp
-לא [<.ndx>] (match.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס
אפשרויות אחרות:
-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים
-[אף אחד (לא)
כתוב רק את המבנה המותאם לקובץ
-[לא]מוו (כן)
התאמה במשקל המוני ו-RMSD
-[no]pbc (לא)
נסה להפוך מולקולות שלמות שוב
-[לא מתאים (כן)
עשה סופרפוזיציה של ריבועים קטנים של מבנה המטרה להתייחסות
-[ללא שם (לא)
השוו רק שמות אטומים תואמים
-[אין תווית (לא)
נוספו תוויות שרשרת A עבור הראשון ו-B עבור המבנה השני
-[no]bfac (לא)
פלט גורמי B מערכי MSD אטומיים
השתמש ב-gmx-confrms באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
