gmx-convert-tpr - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-convert-tpr - יצירת קובץ קלט הפעלה שעבר שינוי

תַקצִיר

gmx convert-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-לְהַאֲרִיך ]
[-עַד ] [צעדים ] [-time ]
[-[לא]אפס] [-[רוֹמָן] [-[אין]המשך]
[מצב_init_fep ]

תיאור

GMX להמיר-tpr יכול לערוך קבצי קלט ריצה בארבע דרכים.

1. על ידי שינוי מספר השלבים בקובץ קלט ריצה באמצעות אפשרויות -לְהַאֲרִיך, -עַד or
צעדים (nsteps=-1 פירושו מספר בלתי מוגבל של צעדים)

2. (מיושן) על ידי יצירת קובץ קלט ריצה עבור ריצת המשך כאשר הסימולציה שלך עברה
קריסה עקב, למשל, דיסק מלא, או על ידי יצירת קובץ קלט להרצת המשך. אפשרות זו
הוא מיושן, מכיוון ש-mdrun כעת כותב וקורא קבצי נקודת ביקורת. הערות שמסגרת עם
נדרשות קואורדינטות ומהירויות. כאשר לחץ ו/או טמפרטורת Nose-Hoover
כאשר נעשה שימוש בצימוד, ניתן לספק קובץ אנרגיה כדי לקבל המשך מדויק של
ריצה מקורית.

3. על ידי יצירת קובץ .tpx עבור תת-קבוצה של קובץ ה-tpx המקורי שלך, דבר שימושי כאשר
אתם רוצים להסיר את הממס מקובץ ה-.tpx שלכם, או כשאתם רוצים להכין למשל חומר טהור
קובץ Calpha .tpx. שים לב שייתכן שתצטרך להשתמש צעדים -1 (או דומה) כדי להגיע לזה
לעבוד. אזהרה: זֶה .tpx פילה is לֹא לגמרי פונקציונלי.

4. על ידי הגדרת המטענים של קבוצה מסוימת לאפס. זה שימושי בעת ביצוע פעולות חופשיות
אומדני אנרגיה באמצעות שיטת LIE (אנרגיית אינטראקציה לינארית).

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (אופציונלי)
מסלול דיוק מלא: trr CPT tng

-e [<.edr>] (ener.edr) (אופציונלי)
קובץ אנרגיה

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

אפשרויות אחרות:

-לְהַאֲרִיך (0)
הארכת זמן הריצה בכמות זו (ps)

-עַד (0)
הארכת זמן ריצה עד זמן סיום זה (ps)

צעדים (0)
שנה את מספר הצעדים

-time (-1)
המשך מהפריים בשלב זה (p) במקום מהפריים האחרון

-[לא]אפס (לא)
קבע את המטענים של קבוצה (מהאינדקס) לאפס

-[רוֹמָן (כן)
דרוש מהירויות מהמסלול

-[אין]המשך (כן)
להמשך מדויק, אין להחיל את האילוצים לפני השלב הראשון

מצב_init_fep (0)
מצב fep לאתחול ממנו

השתמש ב-gmx-convert-tpr באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net