gmx-convert-tpr - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-convert-tpr - צור קובץ קלט הפעלה שונה

תַקצִיר

gmx convert-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-לְהַאֲרִיך ]
[-עד ] [צעדים ] [-time ]
[-[אין]אפס] [-[רוֹמָן] [-[לא]המשך]
[-init_fep_state ]

תיאור

GMX convert-tpr יכול לערוך קבצי קלט בארבע דרכים.

1. על ידי שינוי מספר השלבים בקובץ קלט הפעלה עם אפשרויות -לְהַאֲרִיך, -עד or
צעדים (nsteps=-1 פירושו מספר בלתי מוגבל של צעדים)

2. (מיושן) על ידי יצירת קובץ קלט הפעלה להמשך ריצה כאשר הסימולציה שלך קיימת
קרס עקב למשל דיסק מלא, או על ידי ביצוע קובץ קלט של המשך הריצה. אפשרות זו
הוא מיושן, מכיוון ש-mdrun כעת כותב וקורא קבצי מחסום. הערות שמסגרת עם
יש צורך בקואורדינטות ומהירויות. כאשר לחץ ו/או טמפרטורת Nose-Hoover
צימוד משמש ניתן לספק קובץ אנרגיה כדי לקבל המשך מדויק של
ריצה מקורית.

3. על ידי יצירת קובץ tpx עבור תת-קבוצה של קובץ ה-tpx המקורי שלך, וזה שימושי כאשר
אתה רוצה להסיר את הממס מקובץ ה-.tpx שלך, או כאשר אתה רוצה לעשות למשל טהור
קובץ Calpha .tpx. שים לב שייתכן שתצטרך להשתמש צעדים -1 (או דומה) כדי להגיע לזה
לעבוד. אזהרה: זֶה tpx פילה is לֹא לגמרי פונקציונלי.

4. על ידי הגדרת החיובים של קבוצה מוגדרת לאפס. זה שימושי כאשר עושים בחינם
הערכות אנרגיה בשיטת LIE (אנרגיית אינטראקציה לינארית).

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (אופציונלי)
מסלול דיוק מלא: trr CPT tng

-e [<.edr>] (ener.edr) (אופציונלי)
קובץ אנרגיה

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

אפשרויות אחרות:

-לְהַאֲרִיך (0)
הארך את זמן הריצה בסכום זה (ps)

-עד (0)
הארך את זמן הריצה עד לשעת הסיום הזו (ps)

צעדים (0)
שנה את מספר השלבים

-time (-1)
המשך מהמסגרת בזמן זה (ps) במקום מהמסגרת האחרונה

-[אין]אפס (לא)
הגדר את החיובים של קבוצה (מהמדד) לאפס

-[רוֹמָן (כן)
דורש מהירויות מהמסלול

-[לא]המשך (כן)
להמשך מדויק, אין להחיל את האילוצים לפני השלב הראשון

-init_fep_state (0)
מצב fep לאתחל ממנו

השתמש ב-gmx-convert-tpr באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net