gmx-covar - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-covar - חשב ואלכסון את מטריצת השונות

תַקצִיר

gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-אָב [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-אתה ] [-xvg ] [-[לא מתאים]
[-[לא] ref] [-[לא]מווה] [-אחרון ] [-[no]pbc]

תיאור

GMX covar מחשב ואלכסון את מטריצת ה-covariance (במשקל מסה). את כל
מבנים מותאמים למבנה בקובץ המבנה. כשזו לא ריצה
מחזוריות קובץ הקלט לא תילקח בחשבון. כאשר קבוצות ההתאמה והניתוח
זהים והניתוח אינו משוקלל המוני, גם ההתאמה תהיה לא
במשקל המוני.

הווקטורים העצמיים נכתבים לקובץ מסלול (-v). כאשר אותם אטומים משמשים
את ההתאמה ואת ניתוח שיתוף הפעולה, מבנה ההתייחסות להתאמה נכתב תחילה
עם t=-1. הממוצע (או התייחסות מתי -ref נעשה שימוש) המבנה נכתב עם t=0,
הווקטורים העצמיים נכתבים כמסגרות עם מספר הווקטור העצמי כחותמת זמן.

ניתן לנתח את הווקטורים העצמיים באמצעות GMX anaeig.

אפשרות -ascii כותב את כל מטריצת השונות לקובץ ASCII. הסדר של ה
רכיבים הם: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

אפשרות -xpm כותב את כל מטריצת השונות ל-an .xpm קובץ.

אפשרות -xpma כותב את מטריצת השונות האטומית ל-an .xpm קובץ, כלומר לכל זוג אטומים
נכתב סכום השונות xx, yy ו-zz.

שימו לב שהאלכסון של מטריצה ​​דורש זיכרון וזמן שיגדל בשעה
לפחות מהר כמו הריבוע של מספר האטומים המעורבים. קל לגמור ממנו
זיכרון, ובמקרה זה ככל הנראה הכלי הזה ייצא עם 'תקלת סגמנטציה'. אתה צריך
שקול היטב אם קבוצה מצומצמת של אטומים תענה על הצרכים שלך עבור עלויות נמוכות יותר.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
מסלול דיוק מלא: trr CPT tng

-אָב [<.gro/.g96/...>] (average.pdb)
קובץ מבנה: gro g96 pdb brk ent esp

-l [<.log>] (covar.log)
קובץ לוג

-ascii [<.dat>] (covar.dat) (אופציונלי)
קובץ נתונים כללי

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (אופציונלי)
קובץ מטריצה ​​תואם X PixMap

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (אופציונלי)
קובץ מטריצה ​​תואם X PixMap

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-אתה (נ.ב)
יחידה לערכי זמן: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[לא מתאים (כן)
התאמה למבנה התייחסות

-[לא] ref (לא)
השתמש בסטייה מהקונפורמציה בקובץ המבנה במקום מה-
מְמוּצָע

-[לא]מווה (לא)
ניתוח שיתופיות משוקלל המוני

-אחרון (-1)
וקטור עצמי אחרון לכתוב (-1 הוא עד האחרון)

-[no]pbc (כן)
החל תיקונים עבור תנאי גבול תקופתיים

השתמש ב-gmx-covar באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net