gmx-genrestr - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-genrestr - צור מעצורי מיקום או מעצורי מרחק עבור קבוצות אינדקס

תַקצִיר

gmx genrestr [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.itp>]]
[-שֶׁל [<.ndx>]] [-fc ] [-הַקפָּאָה ]
[-[לא]שונה] [-disre_dist ] [-disre_frac ]
[-disre_up2 ] [-לחתוך ] [-[no]constr]

תיאור

GMX ז'אנר מייצר קובץ #include עבור טופולוגיה המכילה רשימה של מספרי אטומים
ושלושה קבועי כוח עבור ה x-, y-, ו z-כיוון המבוסס על התוכן של -f
קוֹבֶץ. ניתן לתת קבוע כוח איזוטרופי בודד בשורת הפקודה במקום שלושה
רכיבים.

אזהרה: מעצורי מיקום הם אינטראקציות בתוך מולקולות, ולכן הם חייבים להיות
נכלל בתוך הנכון [ סוג מולקולה ] חסימה בטופולוגיה. מדדי האטום
בתוך [ עצירות_עמדה ] בלוק חייב להיות בטווח של מדדי האטום עבור
אותו סוג מולקולה. מכיוון שמספרי האטומים בכל מולקולה בטופולוגיה מתחילים ב
1 והמספרים בקובץ הקלט עבור GMX ז'אנר מספר רצוף מ-1, GMX
ז'אנר ייצור רק קובץ שימושי עבור המולקולה הראשונה. ייתכן שתרצה לערוך את ה
קובץ האינדקס שהתקבל כדי להסיר את השורות עבור אטומים מאוחרים יותר, או לבנות אינדקס מתאים
קבוצה לספק לה כקלט GMX ז'אנר.

השמיים -שֶׁל option מייצר קובץ אינדקס שניתן להשתמש בו להקפאת אטומים. במקרה הזה,
קובץ הקלט חייב להיות א .pdb קובץ.

עם -דיסר אפשרות, נוצרת במקום חצי מטריצה ​​של מעצורי מרחק
מעצורי עמדה. עם המטריצה ​​הזו, זה בדרך כלל חל על אטומי קלפה ב-a
חלבון, אפשר לשמור על המבנה הכללי של חלבון מבלי לקשור אותו ל-a
עמדה ספציפית (כמו עם מעצורי עמדה).

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
קובץ מבנה: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.itp>] (posre.itp)
כלול קובץ לטופולוגיה

-שֶׁל [<.ndx>] (freeze.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות אחרות:

-fc (1000 1000 1000)
קבועי כוח (kJ/mol nm^2)

-הַקפָּאָה (0)
אם -שֶׁל אפשרות או זו ניתנת קובץ אינדקס ייכתב המכיל
מספרי האטומים של כל האטומים שיש להם גורם B קטן מהרמה הניתנת כאן

-[לא]שונה (לא)
צור מטריצת ריסון מרחק עבור כל האטומים באינדקס

-disre_dist (0.1)
טווח מרחק סביב המרחק בפועל ליצירת ריסון מרחק

-disre_frac (0)
חלק מהמרחק שישמש כמרווח ולא כמרחק קבוע. אם ה
חלק מהמרחק שאתה מציין כאן קטן מהמרחק הנקוב ב
האפשרות הקודמת, זו משמשת במקום זאת.

-disre_up2 (1)
המרחק בין הגבול העליון למגבלות מרחק, לבין המרחק שבו
הכוח הופך קבוע (ראה מדריך)

-לחתוך (-1)
צור רק מגבלות מרחק עבור זוגות אטומים בטווח חיתוך (ננומטר)

-[no]constr (לא)
צור מטריצת אילוצים במקום מגבלות מרחק. אילוצים מסוג 2
ייווצרו שאכן מייצרים אי הכללות.

השתמש ב-gmx-genrestr באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net