gmx-h2order - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-h2order - חישוב הכיוון של מולקולות מים

תַקצִיר

gmx h2order [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-נ"מ [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ] [-d ]
[-סל ]

תיאור

GMX h2order מחשב את הכיוון של מולקולות מים ביחס לנורמה של
קופסא. התוכנית קובעת את הקוסינוס הממוצע של הזווית בין מומנט הדיפול של
מים וציר הקופסה. הקופסה מחולקת לפרוסות והכיוון הממוצע לכל
פרוסה מודפסת. כל מולקולת מים מוקצית לפרוסה, לפי מסגרת זמן, על סמך
מיקום החמצן. מתי -נ"מ משמש, הזווית בין דיפול המים ל-
ציר ממרכז המסה לחמצן מחושב במקום הזווית בין ה
דיפול וציר תיבה.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx)
קובץ אינדקס

-נ"מ [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xvg>] (order.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-d (ז)
קח את הנורמלי על הממברנה בכיוון X, Y או Z.

-סל (0)
חשב את פרמטר הסדר כפונקציה של אורך התיבה, תוך חלוקת התיבה במספר זה
של פרוסות.

ידוע סוגיות

· התוכנית מקצה מולקולות מים שלמות לפרוסה, על בסיס האטום הראשון מתוך שלושה
בקבוצת קבצי האינדקס. זה מניח סדר O,H,H. השם לא חשוב, אלא הסדר
הוא. אם הדרישה הזו לא נענתה, הקצאת מולקולות לפרוסות שונה.

השתמש ב-gmx-h2order באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net