gmx-helix - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-helix - חשב תכונות בסיסיות של סלילי אלפא

תַקצִיר

gmx helix [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-צ [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-r0 ] [-[לא]ש] [-[לא]F]
[-[no]db] [-[לא]ev] [-ahxstart ] [-אהקסנד ]

תיאור

GMX חלזונית מחשב כל מיני מאפייני סליל. ראשית, הפפטיד נבדק כדי למצוא
החלק הסליל הארוך ביותר, כפי שנקבע על ידי קשרי מימן וזוויות phi/psi. הקטע הזה הוא
מותאם לסליל אידיאלי סביב z-ציר וממורכז סביב המקור. אז ה
המאפיינים הבאים מחושבים:

· רדיוס סליל (קובץ radius.xvg). זוהי רק סטיית ה-RMS בשני מימדים
עבור כל אטומי הקלפה. זה מחושב כ-sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i))))/N) כאשר N הוא
מספר אטומי עמוד השדרה. עבור סליל אידיאלי הרדיוס הוא 0.23 ננומטר.

· טוויסט (קובץ twist.xvg). זווית הסליל הממוצעת לכל שארית מחושבת. עבור א
אלפא-סליל זה 100 מעלות, עבור 3-10 סלילים זה יהיה קטן יותר, ול-5 סלילים
זה יהיה גדול יותר.

· עלייה לכל שארית (קובץ rise.xvg). העלייה הסלילית לכל שארית מסומנת כ-
ההבדל ב z-תיאום בין אטומי קלפה. עבור סליל אידיאלי, זה 0.15 ננומטר.

· אורך סליל כולל (קובץ len-ahx.xvg). האורך הכולל של הסליל בננומטר. זה
פשוט העלייה הממוצעת (ראה לעיל) כפול מספר השרידים הסליליים (ראה להלן).

· דיפול הליקס, עמוד שדרה בלבד (קובץ dip-ahx.xvg).

· סטיית RMS מהליקס האידיאלי, מחושבת עבור אטומי הקלפה בלבד (קובץ
rms-ahx.xvg).

· Calpha ממוצע - זווית דיהדרלית Calpha (קובץ phi-ahx.xvg).

· זוויות phi ו-psi ממוצעות (קובץ phipsi.xvg).

· אליפטיות ב-222 ננומטר לפי הירסט וברוקס.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

-n [<.ndx>] (index.ndx)
קובץ אינדקס

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-צ [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
קובץ מבנה: gro g96 pdb brk ent esp

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-r0 (1)
מספר השייר הראשון ברצף

-[לא]ש (לא)
בדוק בכל שלב איזה חלק ברצף הוא סליל

-[לא]F (כן)
החלף התאמה לסליל מושלם

-[no]db (לא)
מידע debug הדפס

-[לא]ev (לא)
כתוב קובץ 'מסלול' חדש עבור ED

-ahxstart (0)
שארית ראשונה בסליל

-אהקסנד (0)
שאריות אחרונות בסליל

השתמש ב-gmx-helix באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net