gmx-helixorient - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-helixorient - חשב גובה / כיפוף / סיבוב / כיוון מקומי בתוך סלילים

תַקצִיר

gmx helixorient [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ציר [<.dat>]] [-אומרכז [<.dat>]] [-אוריז [<.xvg>]]
[-אורדיוס [<.xvg>]] [-אוטוויסט [<.xvg>]]
[-התנשאות [<.xvg>]] [-אוטיל [<.xvg>]] [-אורות [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ]
[-[אין]שרשרת צד] [-[אין] מצטבר]

תיאור

GMX helixorient מחשב את הקואורדינטות והכיוון של הציר הממוצע בתוך an
אלפא סליל, והכיוון/וקטורים של ה-Calpha וגם (אופציונלי) של שרשרת צד
אטום ביחס לציר.

כקלט, עליך לציין קבוצת אינדקס עם אטומי Calpha התואמים ל-an
אלפא סליל של שאריות רציפות. כיווני Sidechain דורשים קבוצת אינדקס שנייה של
באותו גודל, המכיל את האטום הכבד בכל שייר שאמור לייצג את
שרשרת צד.

הערות שתוכנית זו אינה מבצעת שום התאמה של מבנים.

אנחנו צריכים ארבע קואורדינטות קלפה כדי להגדיר את הכיוון המקומי של ציר הסליל.

ההטיה/סיבוב מחושב מסיבובי אוילר, שבהם אנו מגדירים את ציר הסליל כ
המקומי x-ציר, השרידים/וקטור Calpha as y, וה z-ציר מהצלב שלהם
מוצר. אנו משתמשים בסיבוב אוילר YZX, כלומר קודם כל מטים את ציר הסליל (1) מסביב
ו-(2) אורתוגונלית לוקטור השרידים, ולבסוף החל את הסיבוב (3) סביבו.
למטרות איתור באגים או למטרות אחרות, אנו כותבים גם את זוויות הסיבוב האמיתיות של אוילר כ
theta[1-3].xvg

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-ציר [<.dat>] (helixaxis.dat)
קובץ נתונים כללי

-אומרכז [<.dat>] (center.dat)
קובץ נתונים כללי

-אוריז [<.xvg>] (rise.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-אורדיוס [<.xvg>] (radius.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-אוטוויסט [<.xvg>] (twist.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-התנשאות [<.xvg>] (bending.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-אוטיל [<.xvg>] (tilt.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-אורות [<.xvg>] (rotation.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[אין]שרשרת צד (לא)
חשב גם כיווני שרשרת צד ביחס לציר הסליל.

-[אין] מצטבר (לא)
חשב סיבוב/הטיה אינקרמנטלית ולא כוללת.

השתמש ב-gmx-helixorient באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net