gmx-nmtraj - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-nmtraj - צור מסלול נדנוד וירטואלי מוקטור עצמי

תַקצִיר

gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-זר ]
[-שלבים ] [-טמפ' ] [-אמפליטודה ]
[-nframes ]

תיאור

GMX nmtraj יוצר מסלול וירטואלי מוקטור עצמי, המקביל ל-a
תנודה קרטזית הרמונית סביב המבנה הממוצע. הווקטורים העצמיים צריכים
בדרך כלל להיות משוקלל המוני, אבל אתה יכול להשתמש בוקטורים עצמיים לא משוקללים כדי ליצור
תנועות אורתוגונליות. מסגרות הפלט נכתבות כקובץ מסלול המכסה שלם
תקופה, והמסגרת הראשונה היא המבנה הממוצע. אם תכתוב את המסלול ב-(או
להמיר ל) פורמט PDB אתה יכול להציג אותו ישירות ב- PyMol וגם לעבד תמונה ריאליסטית
סרט. אמפליטודות תנועה מחושבות מהערכים העצמיים וטמפרטורה מוגדרת מראש,
בהנחה של חלוקה שווה של האנרגיה על כל המצבים. כדי שהתנועה תהיה גלויה בבירור ב
PyMol אולי תרצה להגביר אותו על ידי הגדרת טמפרטורה גבוהה באופן לא מציאותי.
עם זאת, שים לב לכך שגם התזוזות הקרטזיות הליניאריות וגם שקלול המסה יהיו
להוביל לעיוות מבנה רציני עבור אמפליטודות גבוהות - זוהי פשוט מגבלה
של מודל המצב הקרטזיאני. כברירת מחדל הוקטור העצמי שנבחר מוגדר ל-7, שכן
ששת המצבים הנורמליים הראשונים הם דרגות החופש המתרגמות והסיבוביות.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
מסלול דיוק מלא: trr CPT tng

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr gro g96 pdb tng

אפשרויות אחרות:

-זר (7)
מחרוזת של וקטורים עצמיים לשימוש (הראשון הוא 1)

-שלבים (0.0)
מחרוזת שלבים (ברירת המחדל היא 0.0)

-טמפ' (300)
טמפרטורה (K)

-אמפליטודה (0.25)
משרעת עבור מצבים עם ערך עצמי <=0

-nframes (30)
מספר מסגרות להפקה

השתמש ב-gmx-nmtraj באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net