gmx-rmsf - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-rmsf - חשב תנודות אטומיות

תַקצִיר

gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-שׁוֹר [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-אוד [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-די [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ] [-[לא]מיל]
[-[לא]אניסו] [-[לא מתאים]

תיאור

GMX rmsf מחשב את תנודת הריבוע הממוצעת של השורש (RMSF, כלומר סטיית תקן) של
עמדות אטומיות במסלול (מסופק עם -f) לאחר (אופציונלי) התאמה לא
מסגרת ייחוס (מסופק עם -s).

עם אפשרות -oq ערכי RMSF מומרים לערכי B-factor, שנכתבים ל-a
.pdb קובץ עם הקואורדינטות, של קובץ המבנה, או של א .pdb קובץ מתי -q is
נָקוּב. אוֹפְּצִיָה -שׁוֹר כותב את גורמי B לקובץ עם הקואורדינטות הממוצעות.

עם האופציה -אוד סטיית הריבוע הממוצעת של השורש ביחס למבנה הייחוס
מחושב.

עם האופציה -אניסו, GMX rmsf יחשב גורמי טמפרטורה אנזוטרופיים ואז זה
יציגו גם קואורדינטות ממוצעות וא .pdb קובץ עם רשומות ANISOU (המקביל ל
מה היא -oq or -שׁוֹר אוֹפְּצִיָה). שימו לב שערכי ה-U תלויים בכיוון, אז לפני כן
בהשוואה לנתוני ניסוי, עליך לוודא שאתה מתאים לניסוי
קואורדינטות.

כאשר ל .pdb קובץ הקלט מועבר לתוכנית ול- -אניסו הדגל מוגדר מתאם
תיווצר העלילה של ה-Uij, אם קיימים גורמי טמפרטורה אנזוטרופיים ב-
.pdb קובץ.

עם אפשרות -די המטריצה ​​הממוצעת של MSF (3x3) היא באלכסון. זה מראה את ההנחיות
בהם האטומים מתנודדים הכי הרבה והכי פחות.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (אופציונלי)
קובץ נתונים של חלבונים

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (אופציונלי)
קובץ נתונים של חלבונים

-שׁוֹר [<.pdb>] (xaver.pdb) (אופציונלי)
קובץ נתונים של חלבונים

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-אוד [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-די [<.log>] (rmsf.log) (אופציונלי)
קובץ לוג

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[לא]מיל (לא)
חשב ממוצעים עבור כל שאריות

-[לא]אניסו (לא)
חישוב גורמי טמפרטורה אנזוטרופיים

-[לא מתאים (כן)
בצע סופרפוזיציה של ריבועים קטנים לפני חישוב RMSF. בלי זה אתה חייב לעשות
ודא שמבנה ההתייחסות והמסלול תואמים.

השתמש ב-gmx-rmsf באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net