gmx-rotacf - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-rotacf - חשב את פונקציית המתאם הסיבובי עבור מולקולות

תַקצִיר

gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[עַכשָׁיו] [-xvg ] [-[מָנוֹד רֹאשׁ] [-[אין]אבר]
[-acflen ] [-[לא]לנרמל] [-P ]
[-fitfn ] [-התחל כושר ] [-endfit ]

תיאור

GMX rotacf מחשב את פונקציית המתאם הסיבובי עבור מולקולות. שלישיות אטום
(i,j,k) יש לתת בקובץ האינדקס, להגדיר שני וקטורים ij ו-jk. הסיבוב
ACF מחושב כפונקציית המתאם האוטומטית של הווקטור n = ij x jk, כלומר
מכפלה צולבת של שני הוקטורים. מכיוון ששלושה אטומים משתרעים על מישור, סדר השלושה
אטומים לא חשובים. לחלופין, על ידי הפעלת ה- -d מתג, אתה יכול לחשב את
פונקציית מתאם סיבובית עבור מולקולות ליניאריות על ידי ציון זוגות אטומים (i,j) ב-
קובץ אינדקס.

דוגמאות

GMX rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n מדד -o rotacf-x-P1 -א expfit-x-P1 -התחל כושר 2.5
-endfit 20.0

זה יחשב את פונקציית המתאם הסיבובי באמצעות Legendre מסדר ראשון
פולינום של זווית וקטור המוגדר על ידי קובץ האינדקס. פונקציית המתאם
יותאם מ-2.5 ps עד 20.0 ps לאקספוננציאלי של שני פרמטרים.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

-n [<.ndx>] (index.ndx)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[מָנוֹד רֹאשׁ (לא)
השתמש בכפילות אינדקס (וקטורים) עבור פונקציית מתאם במקום בשלישיות (מישורים)

-[אין]אבר (כן)
ממוצע על מולקולות

-acflen (-1)
אורך ה-ACF, ברירת המחדל היא מחצית ממספר הפריימים

-[לא]לנרמל (כן)
נרמל ACF

-P (0)
סדר פולינום Legendre עבור ACF (0 מציין שאין): 0, 1, 2, 3

-fitfn (ללא)
פונקציית התאמה: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-התחל כושר (0)
זמן היכן להתחיל את ההתאמה האקספוננציאלית של פונקציית המתאם

-endfit (-1)
הזמן שבו לסיים את ההתאמה האקספוננציאלית של פונקציית המתאם, -1 הוא עד ל-
סוף

השתמש ב-gmx-rotacf באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net