זוהי הפקודה gmx-view שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
gmx-view - צפייה במסלול במסוף X-Windows
תַקצִיר
תצוגת gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-b ]
[-e ] [-dt ]
תיאור
GMX נוף הוא מציג המסלולים של GROMACS. תוכנית זו קוראת קובץ מסלול, ריצה
קובץ קלט וקובץ אינדקס ומשרטט מבנה תלת-ממדי של המולקולה שלך על גבי X סטנדרטי
מסך חלון. אין צורך בתחנת עבודה גרפית מתקדמת, זה עובד אפילו על מונוכרום.
מסכים.
התכונות הבאות יושמו: תצוגה תלת-ממדית, סיבוב, העברה וקנה מידה
של המולקולה/ות שלך, תוויות על אטומים, אנימציה של מסלולים, עותק פיזי ב-PostScript
פורמט, מסנני אטום מוגדרים על ידי המשתמש פועלים על MIT-X (X אמיתי), פתיחת חלונות ומוטיב, משתמש
תפריטים ידידותיים, אפשרות להסרת מחזוריות, אפשרות להצגת תיבת חישוב.
ניתן להשתמש בכמה מאפשרויות שורת הפקודה הנפוצות יותר של X: -בג, -fg לשנות צבעים, -גוֹפָן
שם גופן משנה את הגופן.
אפשרויות
אפשרויות לציון קבצי קלט:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד
-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס
אפשרויות אחרות:
-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול
-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול
-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)
ידוע סוגיות
· אפשרות הכדורים לא עובדת
· לפעמים משליך ליבה ללא סיבה טובה
השתמש ב-gmx-view באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
