זוהי הפקודה gt-chseqids שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
gt-chseqids - שנה מזהי רצף לפי המיפוי שניתן בקובץ מיפוי.
תַקצִיר
gt חסידים [אפשרות ...] mapping_file [GFF3_file]
תיאור
-סוג [כן|לא]
מיין את תכונות GFF3 לאחר שינוי מזהי הרצף (צריכת הזיכרון היא
פרופורציונלי לגודל קובץ הקלט) (ברירת מחדל: לא)
-v [כן|לא]
להיות מילולי (ברירת מחדל: לא)
-o [שם הקובץ]
הפנה פלט לקובץ שצוין (ברירת מחדל: לא מוגדר)
-gzip [כן|לא]
כתוב קובץ פלט דחוס של gzip (ברירת מחדל: לא)
-bzip2 [כן|לא]
כתוב קובץ פלט דחוס bzip2 (ברירת מחדל: לא)
כוח [כן|לא]
לכפות כתיבה לקובץ פלט (ברירת מחדל: לא)
עזרה
הצג עזרה וצא
-הפך
להציג מידע על הגרסה ולצאת
פורמט קובץ עבור mapping_file:
קובץ המיפוי שסופק מגדיר טבלת מיפוי בשם "chseqids". זה ממפה את
ערכי רצף-אזור שניתנו ב-GFF3_file לשמות אחרים. ניתן להגדיר זאת כ
התעופה
chseqids = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
כאשר נעשה שימוש בדוגמה זו, כל מזהי הרצף "chr1" ישתנו ל-"seq1" והכל
מזהה רצף "chr2" ל-"seq2".
דיווח באגים
דווח על באגים ל[מוגן בדוא"ל]>.
השתמש ב-gt-chseqids באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
